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稻瘟病菌阅读框架中SSR频率、分布及所在基因功能

文献类型： 中文期刊

作者： 李成云 1 ; 李进斌 1 ; 周晓罡 1 ; 张绍松 1 ; 董爱荣 1 ; 许明辉 1 ;

作者机构： 1.云南省农业科学院

关键词： 稻瘟病菌;基因组;微卫星序列;分布;蛋白质编码区;功能基因组学

期刊名称： 中国水稻科学

ISSN： 1001-7216

年卷期： 2005 年 19 卷 02 期

页码： 167-173

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 在对稻瘟病菌基因组中SSR分布进行了系统分析的基础上,对由1~6个碱基为重复单元的SSR在基因的蛋白质编码区中的分布进行了分析。结果表明,该病原菌的2 378 个基因的编码区中共分布有3 240 个SSR序列(标准是15bp以上,匹配值为80%)。在已经有注释的4 732个基因中,861个基因的编码区中有SSR。编码区中的SSR以三碱基重复和六碱基重复为主,其他类型的SSR则很少在编码区中出现。SSR在这些基因中很少有保守性,表明这些基因的高度变异,或者起源是较晚的。含有SSR的基因多为转录蛋白、信号传导的细胞调节基因这一现象表明,SSR在物种形成过程中有重要作用。利用基因编码区中丰富的SSR序列信息及其变化带来的功能变化的信息,将可以在该菌功能基因组的研究中发挥十分重要的作用。

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