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马铃薯晚疫病菌全基因组分泌蛋白的初步分析

文献类型： 中文期刊

作者： 周晓罡 1 ; 侯思名 2 ; 陈铎文 1 ; 陶南 1 ; 丁玉梅 1 ; 孙茂林 1 ; 张绍松 1 ;

作者机构： 1.云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所

2.昆明学院生命科学与技术系

关键词： 晚疫病菌;信号肽;分泌蛋白

期刊名称： 遗传

ISSN： 0253-9772

年卷期： 2011 年 33 卷 07 期

页码： 125-133

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用马铃薯晚疫病菌全基因组测序结果,结合计算机技术和生物信息学的方法,对马铃薯晚疫病菌的蛋白进行分析,为明确该病原菌与寄主互作的分子机制奠定基础。文章应用信号肽预测软件SignalP v3.0和PSORT,跨膜螺旋结构预测软件TMHMM-2.0和THUMBUP,GPI锚定位点预测软件big-PI Predictor,亚细胞器中蛋白定位分布预测软件TargetP v1.01,对已经公布的马铃薯晚疫病菌全基因组22 658个蛋白质氨基酸序列进行分析。结果发现,晚疫病菌全基因组编码蛋白中有671个为潜在的分泌型蛋白,占编码蛋白总数的3.0%。其中有45个分泌蛋白有功能方面的描述,其功能涉及细胞代谢、信号转导等方面;此外,还有一些与激发子类似的分泌蛋白,它们可能与晚疫病菌的毒性有关。

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