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稻瘟菌基因组规模分泌蛋白的预测分析

文献类型： 中文期刊

作者： 苏源 1 ; 李成云 1 ; 赵之伟 2 ; 周晓罡 3 ; 李进斌 4 ; 杨静 1 ; 刘林 1 ; 业艳芬 1 ;

作者机构： 1.云南农业大学生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室

2.云南大学省部共建生物资源保护与利用国家重点实验室培育基地

3.云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所

4.云南省农业科学院农业环境资源研究所

关键词： 稻瘟菌;基因组;信号肽;分泌蛋白

期刊名称： 云南农业大学学报

ISSN： 1004-390X

年卷期： 2006 年 21 卷 03 期

页码： 271-275+292

收录情况： CSCD

摘要： 利用信号肽分析软件S ignalP v3.0,亚细胞器蛋白定位软件TargetP v1.01,GPI-锚定位点软件b ig-PIPred ictor和跨膜螺旋结构软件THMM-2.0这4个软件分析预测稻瘟菌12 595个蛋白序列中有1 134个分泌蛋白。编码这些蛋白的可读框(ORF)最小值为78 bp,最大值为7 849 bp,平均1 231 bp。引导它们的信号肽长度介于15~45个氨基酸之间,平均为21个氨基酸。435个分泌蛋白具有功能描述,主要是与代谢有关的酶类。分析了其中降解细胞壁组分和与致病相关的酶类,提示在稻瘟菌侵染水稻不同阶段产生的关键酶及基因的功能需进一步研究。

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