文献类型： 中文期刊

作者： 刘林 ¹ ; 李成云 ¹ ; 杨静 ¹ ; 业艳芬 ¹ ; 李进斌 ² ; 周晓罡 ³ ; 王云月 ¹ ; 朱有勇 ¹ ;

作者机构： 1.云南农业大学教育部生物多样性与病虫害控制重点实验室

2.云南省农业科学院农业环境资源研究所

3.云南省农业科学院生物技术研究所

关键词： 微卫星或简单重复序列;频率;分布;分子标记

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2006 年 19 卷 01 期

页码： 131-135

收录情况： CSCD

摘要： 本研究利用已公布的灰盖鬼伞基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(microsatellite)或简单重复序列(simplesequence repeats,SSRs)进行了系统分析。结果表明,在已公布的36.2 Mb的基因组序列中,共有7 859个SSR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%)。SSR的碱基总数达143 kb,约占整个基因组碱基数的0.40%,平均4.61 kb中就有1个大于15 bp的SSR序列。其中数量最多的是3碱基SSR,数量达到3 033个,其次为6碱基重复序列(2 121个)、5碱基重复序列(1 820个),这3种SSR总数达6 974个,占SSR总数的84.9%,单碱基重复序列数量最少,仅有285个。与子囊菌中的稻瘟病菌和粗糙脉孢菌相比,灰盖鬼伞菌基因组中每百万碱基中的SSR数量和密度都较小。这些研究结果可为该担子菌基因组的特征描述、注释及分子标记的筛选提供基础信息。