文献类型： 中文期刊

作者： 李成云 ¹ ; 李进斌 ² ; 周晓罡 ¹ ; 张绍松 ¹ ; 许明辉 ¹ ;

作者机构： 1.云南省农业科学院生物技术研究所/农业部南方高原农业生物技术重点实验室

2.云南省农业科学院植物保护研究所

关键词： 粗糙脉孢菌;基因组;微卫星序列;频率;分布;遗传标记

期刊名称： 中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2004 年 37 卷 06 期

页码： 851-858

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用已经公布的粗糙脉孢菌基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(SSR)序列进行了系统分析。结果表明,在已经公布的38.0　Mb 的基因组序列中,共有14 788 个以1～6个核苷酸为基序的 SSR序列(长度大于15　bp,匹配值大于80%),其碱基总数占整个基因组碱基数的 0.95%,平均2.57　kb 就分布有一个大于15　bp的SSR。其中数量最多的三碱基 SSR,数量达到 4 729个,其次为六碱基 SSR　(2 940个)和单碱基 SSR(2 489 个),这3 类SSR 总数达10 158 个,占 SSR总数的68.7%。数量最少的是二碱基SSR,只有691 个。在可读框(ORF)中的SSR总数为 4 094个,共分布于2 373个 ORF中,其中只有1 个SSR 的ORF为 1 056个。与其它生物内 SSR的分布类似,在基因编码区中,以三碱基SSR和六碱基SSR占绝对优势,分别为基因组中三碱基和六碱基SSR总数的54.1%和48.8%,由于ORFs和编码区的碱基总数分别为该菌基因组碱基总数的约46%和38.3%,　所以这两种长度的SSR在编码区中的密度高于基因组中的平均密度。ORF上下游300　bp调控区域内是各类SSR相对的富集区。尤其是上游区域中的五碱基SSR,为平均密度的3倍,二碱基SSR和四碱基SSR的密度也是基因组中平均密度的2倍多。在下游调控序列中,五碱基、四碱基、二碱基、单碱基 SSR的密度,也大大超过了在基因?