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西洋参EST资源的SSR信息分析

文献类型： 中文期刊

作者： 杨维泽 1 ; 金航 1 ; 赵振玲 1 ; 杨美权 1 ; 张金渝 1 ;

作者机构： 1.云南省农业科学院药用植物研究所

关键词： 西洋参;EST;SSR信息

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2011 年 24 卷 01 期

页码： 275-278

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了进一步利用现有的西洋参EST-SSR资源,从NCBI公共数据库中下载了4988条西洋参EST,全长为2616.042 kb。含SSR的EST序列313条,共349个SSR,平均每相隔7.5 kb出现1个SSR。SSR出现的频率和平均长度分别为7.00%和24.4 bp。在1~6 bp的重复基元中,三核苷酸重复基元出现频率最高,为34.09%;其次为二核苷酸重复基元和单核苷酸重复基元,分别为32.09%和21.78%。出现最多的重复基元为A/T(20.9%),其次是AT/TA(16.9%)。结果显示,西洋参的EST数据库中SSR序列出现频率较高,类型较丰富、多态性较高,根据西洋参EST建立其EST-SSR标记是一条简便而又有效的途径。

  • 相关文献

[1]蒙古黄芪转录组SSR标记开发及遗传多样性研究. 贺润丽,韩毅丽,王芳,刘计权,王莉花. 2018

[2]基于茶树SNP的dCAPS标记体系研究. 张成才,王丽鸳,韦康,成浩,包云秀,刘本英,汪云刚. 2012

[3]基于差减cDNA文库EST信息的月季花香突变体SSR标记的开发. 晏慧君,张颢,谢吉容,李树发,蹇洪英,邱显钦,王其刚,王继华,唐开学. 2009

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