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马铃薯青枯病(Ralstonia solanacearum)质粒基因组分泌蛋白信号肽初步分析

文献类型： 中文期刊

作者： 周晓罡 1 ; 丁玉梅 1 ; 张绍松 1 ; 孙茂林 1 ; 李建平 2 ;

作者机构： 1.云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所

2.云南农业大学农业职业技术学院

关键词： 马铃薯青枯病Ralstonia solanacea rum GMI1000;信号肽;质粒基因组

期刊名称： 云南大学学报(自然科学版)

ISSN： 0258-7971

年卷期： 2008 年 S1 期

页码： 36-42

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 应用SignalP 3.0,TMHMM 2.0,THUMBUP,big-PI,TargetP 1.01,Lipop 1.0,TatP 1.0等7种软件分别对马铃薯青枯病菌Ralstonia solanacearum GMI1000质粒基因组1 681个氨基酸序列进行预测分析.结果表明,该物种质粒基因组分泌蛋白有85个,占其基因组编码蛋白的5.1%.通过对质粒分泌蛋白切割位点信号肽类型分析后发现具Ⅰ型信号肽的分泌蛋白有73个,Ⅱ型的有12个,所有分泌蛋白中具RR-motif信号肽结构的有3个,且均为Ⅰ型信号肽.质粒分泌蛋白中,59个具可预测功能,26个为未知功能蛋白.已知功能的分泌蛋白主要集中于细胞代谢,细胞调控及转运,细胞膜结构等领域.在质粒分泌蛋白中发现3个Ⅲ型信号肽分泌蛋白,该类蛋白是由hip基因编码产生,在植物及动物病原细菌中相当保守,负责将效应蛋白分子转运到寄主细胞中从而产生致病作用.这些功能是该物种在长期进化过程中与环境中各种因子发生互作,相互适应的结果.

  • 相关文献

[1]稻瘟菌基因组规模分泌蛋白的预测分析. 苏源,李成云,赵之伟,周晓罡,李进斌,杨静,刘林,业艳芬. 2006

[2]酿酒酵母分泌蛋白组的计算机分析. 杨静,李成云,王云月,朱有勇,李进斌,何霞红,刘林,业艳芬,周晓罡,唐萍. 2005

[3]马铃薯晚疫病菌全基因组分泌蛋白的初步分析. 周晓罡,侯思名,陈铎文,陶南,丁玉梅,孙茂林,张绍松. 2011

[4]稻瘟病菌含信号肽小蛋白的计算机分析. 业艳芬,李成云,杨静,王云月,李进斌,刘林,苏源,朱有勇. 2006

[5]粗糙脉孢菌基因组分泌蛋白的初步分析. 周晓罡,李成云,赵之伟,苏源,张绍松,李进斌,杨静,刘林,业艳芬. 2006

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