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盐胁迫条件下不同基因型籼稻表达谱芯片数据分析

文献类型： 中文期刊

作者： 刘慰华 1 ; 吕宏斌 1 ; 钱敏 2 ; 黄格 1 ; 郑爱清 1 ; 崔永祯 1 ; 赵红 1 ; 朱振华 1 ; 丁明亮 1 ;

作者机构： 1.云南省农业科学院粮食作物研究所

2.云南省农业科学院农业经济与信息研究所

关键词： 盐胁迫;基因芯片;数据挖掘

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2019 年 014 期

页码： 4513-4517

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 盐胁迫是制约水稻产量的主要逆境因素之一,特别是对幼穗分化期的水稻产量影响尤其显著.本研究以水稻Affymetrix表达谱芯片的数据为例,应用生物信息学方法进行数据挖掘,研究幼穗分化期籼稻耐盐品种FL478和感盐品种IR29在盐胁迫处理条件下的基因差异表达情况.芯片数据分析共筛选到差异倍数在2倍及以上的基因257个,以IR29为参照,FL478中上调基因138个,下调基因119个,主要涉及到β-丙氨酸生物合成、木糖降解、脂肪酸β氧化等生物学过程.通过这些数据挖掘,初步探讨籼稻抗盐胁迫的表达调控机理.本研究为进一步揭示籼稻耐盐性分子机制提供了科学依据.

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