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百合LoXTH23基因克隆、生物信息学分析及在鳞茎休眠解除过程中的表达动态
《云南农业大学学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：[目的]研究西伯利亚百合(Lilium oriental'Siberia')休眠解除过程中LoXTH23基因的作用.[方法]以西伯利亚百合鳞茎为试验材料,从前期转录组测序结果中筛选出 1个休眠解除期差异显著的XTH家族基因,利用RT-PCR技术扩增该基因cDNA全长序列,命名为LoXTH23.采用生物信息学软件对LoXTH23基因结构、理化性质等进行分析;采用荧光定量PCR技术测定LoXTH23基因在鳞茎休眠解除过程中的相对表达量.[结果]LoXTH23基因开放阅读框全长 858 bp,编码 285个氨基酸,包含GH16结构域,属于XTH家族基因;编码的蛋白相对分子量约为 3.19 ku,理论等电点为 6.19,是存在跨膜结构域和信号肽的不稳定亲水蛋白;二级结构中以随机卷曲为主,存在 30个磷酸化位点;荧光定量PCR结果显示:LoXTH23基因的表达量在鳞茎休眠完全解除10d时最高.[结论]LoXTH23可能在百合鳞茎休眠解除调控进程中起重要作用.
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百合AP2/ERF家族转录因子基因LoERF4的克隆和生物信息学分析
《云南农业大学学报(自然科学) 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：【目的】研究AP2/ERF家族成员ERF基因在百合休眠解除过程中的作用。【方法】以百合品种西伯利亚(Lilium oriental ‘Siberia’)的小鳞茎为试验材料，从前期试验获得的转录组测序数据中筛选得到1个在小鳞茎休眠解除过程中显著上调表达的ERF转录因子，结合RT-PCR技术扩增得到西伯利亚小鳞茎的ERF基因c DNA全长序列，命名为LoERF4；通过多种生物信息学软件对LoERF4的基因结构和理化性质等进行分析；利用荧光定量qRT-PCR技术检测LoERF4基因在小鳞茎休眠解除过程中的相对表达量。【结果】通过克隆得到LoERF4基因全长，该基因开放阅读框全长为606 bp，编码201个氨基酸，含有1个典型的保守AP2结构域；蛋白相对分子量约为21.52 ku，理论等电点为6.43，为亲水性蛋白，没有跨膜结构。qRT-PCR分析结果显示：在西伯利亚小鳞茎休眠解除过程中，该基因的表达量在第20天小鳞茎休眠解除、开始萌发时极显著升高。【结论】在百合中克隆得到的LoERF基因可能是参与调控百合小鳞茎休眠解除进程的关键因子之一。
关键词： 百合(Lilium spp.) LoERF4 基因克隆 生物信息学分析
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