科研产出
基于SSR的云南野生猕猴桃种质资源亲缘关系分析
《中国农学通报 》 2024 CSCD
摘要：为探讨云南猕猴桃属种质资源的亲缘关系,采用SSR分子标记方法对70份云南野生猕猴桃种质资源的亲缘关系进行分析.UPGMA聚类分析结果表明,70份猕猴桃种质资源在遗传相似系数0.17水平上可分为4个类群,类群Ⅰ共6份材料,包括滇东南麻栗坡的中越猕猴桃MLP001和MLP010、西畴的中越猕猴桃TSH-1和TSH-4,以及滇南屏边的中越猕猴桃PB001和PB005;类群Ⅱ共31份材料,主要包括滇东北的18份材料,滇西北的3份紫果猕猴桃TC-8、TC-1、TC-10,以及5份贡山猕猴桃CJ-11、CJ-13、CJ-7、CJ-3、CJ-2;类群Ⅲ共14份材料,主要包括滇东北的10份美味猕猴桃和中华猕猴桃系列材料,滇东的JZS-5、JZS-9及JZS-7,以及滇东南西畴的黄毛猕猴桃XPS-1;类群Ⅳ共19份材料,主要包括滇东北的16份材料,滇东南西畴的京梨猕猴桃XCFD-1及革叶猕猴桃XCFD-3,果实无被毛且果皮带斑点,果实较小,与其他类群具有较远的亲缘关系.SSR分子标记反映了云南猕猴桃属70份种质资源间的遗传亲缘关系,其中一些材料按种类、资源分布地及形态学性状特征形成明显有规律的聚类关系.
关键词： 野生猕猴桃 亲缘关系 云南 种质资源 SSR分子标记
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川滇蔷薇的种下分类系统和表型变异
《江苏农业科学 》 2018 北大核心
摘要：为明确川滇蔷薇种内的表型变异程度以及基于形态的种下分类系统是否真实反映了其遗传变异,用2个单拷贝核基因(GAPDH和ncp GS)和43个形态特征对川滇蔷薇(来自横断山地区的38个居群及来自安徽的1个居群)进行亲缘关系研究,同时研究其表型多样性和表型变异特征。结果表明:川滇蔷薇是横断山地区的特有种,安徽没有川滇蔷薇分布。分子和形态聚类中川滇蔷薇的居群并没有严格地按照地理距离或4个变种的种下分类系统进行聚类,说明川滇蔷薇的变种不是独立的演化单元,而是对横断山地区复杂多变的生境条件的表型可塑性反应。27个直接数量性状在居群间的差异均达到极显著水平(P<0.01),平均表型分化系数为66.36%,说明居群间的变异是川滇蔷薇表型变异的主要来源。
关键词： 川滇蔷薇 种下分类 表型变异 单拷贝核基因 形态特征 亲缘关系 地理距离
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基于红外光谱法的云南重楼及其近缘种的亲缘关系研究
《中草药 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：目的傅里叶变换红外光谱(fourier transform infrared spectroscopy,FTIR)结合化学计量学方法分析云南重楼Paris polyphylla var.yunnanensis及其近缘种的亲缘关系,为重楼属药用植物资源的开发利用提供理论依据。方法采集云南重楼、白花重楼Paris polyphylla var.alba、毛重楼Paris mairei、南重楼Paris vietnamensis、五指莲Paris axialis var.axialis共50份样品的红外光谱信息,对光谱数据进行自动基线校正、自动平滑、纵坐标归一化、多元散射校正、二阶求导等预处理,采用主成分分析(principal component analysis,PCA)、偏最小二乘判别分析(partial least squares discriminant analysis,PLS-DA)及系统聚类分析(hierarchical cluster analysis,HCA)分析光谱数据。结果原始红外光谱中,1 653、1 156、1 082、1 021、925、851、759、572、524 cm~(-1)等为重楼属植物的共有峰,主要归属为黄酮、淀粉和糖苷类成分的吸收峰;毛重楼和五指莲分别在1 535和1 369 cm~(-1)附近有特征吸收峰,可与另外3种重楼属植物相区分。以全波段光谱数据进行PLS-DA和PCA,PLS-DA对重楼属植物分类效果优于PCA,能够准确区分5种野生重楼属植物。系统聚类分析(HCA)及向量夹角余弦相关性分析能够反映5个重楼属植物的亲缘关系,云南重楼与白花重楼和南重楼的亲缘关系较近,与毛重楼和五指莲的关系较远。结论 FTIR结合化学计量学方法,能够快速区分不同种类重楼属植物,明确云南重楼及其近缘种之间的亲缘关系,为重楼属植物亲缘关系研究提供一种快速、有效的方法,同时为重楼种质资源开发和利用提供理论基础。
关键词： 傅里叶变换红外光谱 云南重楼 近缘种 亲缘关系 种质资源主成分分析 偏最小二乘判别分析 系统聚类分析
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利用FTIR和化学计量学对牛肝菌亲缘关系的研究
《河南农业科学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：采用傅里叶变换红外光谱结合化学计量学对不同种牛肝菌亲缘关系进行研究,为该种群亲缘关系鉴定提供依据,同时为人工栽培牛肝菌奠定理论基础。采集12个种类72份牛肝菌样品的红外光谱,采用二阶导数(2D)、标准正态(SNV)变量和小波压缩(WC)等方法对牛肝菌的原始红外光谱进行优化处理,结合偏最小二乘判别分析(PLS-DA)建立鉴别模型。将PLS-DA得到的前8个主成分数据作为提取数据代入系统聚类分析(HCA),获得亲缘关系树状图。结果显示:12种牛肝菌的原始红外光谱较为相似,共有峰主要归属为蛋白质、多糖、纤维素和氨基酸等物质中OH、C=O、C-O-H、C=O、C-C等官能团的吸收峰。对比不同优化处理的鉴别结果,发现2D+WC预处理方法对不同种类牛肝菌区分效果较好。HCA亲缘关系树状图表明,按照物种层面划分,中华牛肝菌和远东疣柄牛肝菌亲缘关系最近,且2种牛肝菌与圆花孢牛肝菌亲缘关系较近;深褐牛肝菌和美味牛肝菌亲缘关系较近;小美牛肝菌和美柄牛肝菌亲缘关系较近,且2种牛肝菌与栗色牛肝菌亲缘关系较近。傅里叶变换红外光谱法可应用于牛肝菌的亲缘关系分析,能为野生食用菌的亲缘关系研究提供一种新方法。
关键词： 傅里叶变换红外光谱 偏最小二乘判别分析 系统聚类分析 牛肝菌 亲缘关系
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红外光谱对三七及其野生近缘种亲缘关系研究
《光谱学与光谱分析 》 2016 EI SCI 北大核心 CSCD
摘要：野生近缘种在丰富种质资源以及改善栽培物种品质产量方面具有十分重要的意义和作用。采用傅里叶变换红外光谱对三七及其野生近缘种亲缘关系进行探讨,以期为三七的品种改良及种质资源开发利用提供理论基础。采集三七及其4个野生近缘种(珠子参、屏边三七、越南人参、羽叶三七)、三七总皂苷标准品红外光谱,将三七及其野生近缘种红外光谱进行自动基线校正、平滑、纵坐标归一化、二阶导数预处理,结合主成分分析、偏最小二乘判别分析及系统聚类分析进行亲缘关系研究。结果显示,三七与三七总皂苷标准品红外光谱在3 400,2 930,1 635,1 385,1 075,927 cm~(-1)等附近存在多个共有峰,推测这些共有峰强度与皂苷含量之间有一定关系;三七及其野生近缘种原始光谱较为相似,存在C-H,C=O,O—H,C—N,C—O等官能团吸收峰,不同物种的二阶导数红外光谱指纹区(1 800~500 cm~(-1))具有较大差异,如1 385和784 cm~(-1)等特征吸收峰差异明显;选取指纹区光谱数据进行主成分分析、偏最小二乘判别分析,通过比对两种方法的3D得分图,偏最小二乘判别分析对物种的区分效果优于主成分分析;前6个主成分数据的系统聚类分析表明,三七与越南人参、珠子参亲缘关系较近,与屏边三七、羽叶三七亲缘关系较远。利用傅里叶变换红外光谱结合化学计量学的方法能有效对三七及其野生近缘种进行亲缘关系分析,同时为药用植物种质资源相关研究提供借鉴与参考。
关键词： 傅里叶变换红外光谱 三七 野生近缘种 亲缘关系 种质资源
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基于系谱和SSR标记的高山杜鹃杂交种亲缘关系分析
《西北植物学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：该研究对高山杜鹃(Rhododendron L.)的总DNA提取方法进行了改良,然后综合利用高山杜鹃EST数据库和该实验室的马缨杜鹃高通量测序数据,引用已发表文献的SSR引物,从154对SSR引物中筛选出了26对多态性高、重复性好、条带清晰的SSR引物。再从中随机选择10对SSR引物进行荧光标记,对69份不同高山杜鹃的种质进行遗传多样性分析。结果表明,平均有效等位基因数6.959 2个;位点多态性信息含量(PIC)、观测杂合度(HO)、期望杂合度(HE)和Neis基因多样性(H)分别为0.795 2、0.543 5、0.826 5和0.820 2;杂交种间的非加权配对算术平均(UPGMA)聚类结果与其谱系分析结果基本一致,可实现对一些未知来源的育成品种资源进行祖先亲本类型的推测。
关键词： 高山杜鹃 DNA提取 SSR引物筛选 系谱 亲缘关系
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基于ISSR分子标记分析云南蚕区44份家蚕品种资源的亲缘关系
《蚕业科学 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：应用ISSR分子标记技术分析云南蚕区保存的44份家蚕品种资源的亲缘关系,为家蚕种质资源的合理保存、利用及育种亲本选择提供依据。以筛选的13条ISSR引物从44个家蚕品种的蛹基因组DNA中扩增得到116个条带,其中多态性条带98条,多态性比率为84.5%,表明44个家蚕品种间具有丰富的遗传多样性。44个家蚕品种间的遗传相似系数为0.517 2~0.905 2,平均遗传相似系数为0.711 2。基于品种间ISSR分子标记的遗传相似系数,采用UPGMA法进行聚类分析,供试品种首先按中系和日系形成2大类群,在遗传相似系数0.69处,2大类群又各自再分成2个组群。4个组群中,均是育种材料亲缘关系较近的品种聚在同一组群内。ISSR分子标记结果较好地揭示了云南蚕区44份家蚕品种资源之间的遗传差异和亲缘关系。
关键词： 家蚕品种资源 ISSR分子标记 遗传多样性 亲缘关系
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2种不同叶型屏边三七生理指标比较研究
《中国农学通报 》 2015 CSCD
摘要：为了研究屏边三七群体的亲缘关系远近,采用常规徒手切片法、分光光度法、蒽酮法、考马斯亮蓝G-250法、光合测定仪测定法对2种不同叶型屏边三七的生理指标进行比较研究。结果表明:全缘型叶片中的可溶性糖含量明显低于锯齿型叶片,二者之间的差异达到显著水平。全缘型叶片中的淀粉含量略高于锯齿型叶片,而可溶性蛋白质的含量又略低于锯齿型叶片,但这两者之间的差异均不显著。锯齿型屏边三七的净光合速率、气孔导度、胞间CO2浓度、蒸腾速率均不同程度地高于全缘型,而全缘型屏边三七的叶面饱和水汽压亏缺和水分利用率则高于锯齿型。
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云南三种野生稻遗传多样性和系统进化研究
《中国稻米 》 2014
摘要：采用ISSR标记,对云南三种野生稻遗传多样性进行研究,并以竹类、栽培稻粳稻02428和籼稻金刚30以及非洲长雄野生稻为对照进行聚类分析,探讨云南三种野生稻遗传进化方向。结果表明,33条ISSR引物,在所有的材料中总共扩增出464个等位基因,平均每条引物扩增出多态性条带14.1条;从总体水平上看,云南三种野生稻具有丰富的遗传多样性,三种野生稻的多态位点数NP、多态位点百分率p、有效等位基因数Na、观察等位基因数Ne、Nei基因多样性指数H和香农指数I分别为357、76.74%、1.7694±0.4217、1.3391±0.3637、0.2037±0.1851和0.3180±0.2532;三种野生稻品种间基因分化系数Gst为0.5194,品种间的基因流Nm为0.4627,说明三种野生稻之间基因交流水平低,品种间存在较大的遗传分化。UPGMA聚类分析表明,在三种野生稻的进化过程中,疣粒野生稻分化最早,其次为药用野生稻,普通野生稻分化最晚。
关键词： 野生稻 ISSR标记 亲缘关系 遗传多样性 遗传进化
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蓟马科部分种类mtDNA-COⅠ序列变异及系统发育分析
《应用昆虫学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：【目的】蓟马科是一类重要的经济昆虫,目前一些种类的传统形态系统分类还存在争议,本研究采用分子标记对蓟马科的系统发育进行探讨。【方法】对蓟马科9属27种蓟马的mtDNA-COⅠ基因的变异进行分析,采用邻接法、最大似然法和贝叶斯法构建系统发育树。【结果】研究表明在比对的432 bp的序列中,有207个保守位点,222个变异位点,3个缺失位点,序列A+T含量为68.3%,具有A、T偏倚性;蓟马种间的序列分歧度变化在15.6~40.0之间。【结论】系统进化树支持针蓟马亚科为蓟马科最为原始的类群;棍蓟马亚科与绢蓟马亚科、蓟马亚科形成姐妹群;绢蓟马亚科与蓟马亚科有较近的亲缘关系,支持Mound四亚科的分类系统。
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