科研产出
基于Label free定量蛋白质组学技术对马铃薯晚疫病菌氮饥饿条件下分泌蛋白组初步分析
《西南农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：[目的]探讨氮源是否影响马铃薯晚疫病菌分泌蛋白的致病性.[方法]应用蛋白质组学Label-free技术,对受氮饥饿处理24 h和未处理的马铃薯晚疫病菌分泌蛋白进行鉴定,并对其鉴定蛋白进行生物信息学分析.[结果]共发现61个蛋白质的表达量存在显著差异,其中41个蛋白质表达量上调,20个蛋白质表达量下调.经生物信息学分析表明它们95%定位于细胞核、细胞质、线粒体和分泌型,主要参与碳代谢、氨基酸的生物合成和核糖体代谢,参与的生物过程主要是细胞过程、代谢过程和细胞成分组织或生物起源.[结论]氮源提高致病性蛋白的分泌,影响马铃薯晚疫病菌的致病性.
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马铃薯晚疫病菌全基因组分泌蛋白的初步分析
《遗传 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：利用马铃薯晚疫病菌全基因组测序结果,结合计算机技术和生物信息学的方法,对马铃薯晚疫病菌的蛋白进行分析,为明确该病原菌与寄主互作的分子机制奠定基础。文章应用信号肽预测软件SignalP v3.0和PSORT,跨膜螺旋结构预测软件TMHMM-2.0和THUMBUP,GPI锚定位点预测软件big-PI Predictor,亚细胞器中蛋白定位分布预测软件TargetP v1.01,对已经公布的马铃薯晚疫病菌全基因组22 658个蛋白质氨基酸序列进行分析。结果发现,晚疫病菌全基因组编码蛋白中有671个为潜在的分泌型蛋白,占编码蛋白总数的3.0%。其中有45个分泌蛋白有功能方面的描述,其功能涉及细胞代谢、信号转导等方面;此外,还有一些与激发子类似的分泌蛋白,它们可能与晚疫病菌的毒性有关。
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氮胁迫条件下稻瘟病菌分泌蛋白与水稻悬浮细胞互作中“活性氧”变化分析
《西南农业学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：以CH-63和TH-16 2个致病性差异显著的稻瘟病菌株为材料,在氮胁迫培养条件下进行液体培养,经培养2 d后,采用铵盐沉淀及透析纯化提取稻瘟病菌培养滤液中的致病性分泌蛋白。以24个IRRI水稻抗稻瘟病单基因系和普感品种丽江新团黑谷(LTH)的成熟种胚为材料,诱导愈伤组织并构建水稻悬浮细胞系。以构建成功的感病品种LTH和抗病品种IRBL-9的水稻悬浮细胞系为材料,接种稻瘟病菌致病性分泌蛋白并对活性氧浓度变化进行检测。结果表明,感病与抗病品种在接种前12 h均出现活性氧迸发,且均出现2个峰值。比较稻瘟病菌株TH-16和CH-63分泌蛋白接种IRBL-9与LTH后H2O2浓度变化特征,发现分泌蛋白致病性强弱与H2O2浓度变化呈正相关,CH-63产生的强致病性分泌蛋白引起活性氧浓度的快速增加。TH-16产生的弱致病性分泌蛋白接种IRBL-9与LTH后活性氧浓度则增加不明显。上述研究对于深入了解稻瘟病菌与水稻之间的相互识别、信号传导和应答过程,阐明水稻对稻瘟病菌的抗性机制、水稻与稻瘟病菌互作的分子机理具有重要意义。
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氮胁迫条件下稻瘟病菌分泌蛋白致病性分析
《植物病理学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：以CH-63和TH-16 2个致病性差异的稻瘟病菌株为材料,在缺氮培养条件下进行液体培养。经培养2 d后,采用铵盐沉淀及透析纯化处理获得稻瘟病菌培养滤液中的分泌蛋白。分别采用致伤接种及浸泡处理对该蛋白作用水稻植株后的病理反应进行系统研究,结果表明经致伤接种的水稻叶片及茎杆接种斑处出现明显的坏死病斑,其病斑直径是对照的2~4倍。浸泡处理的水稻幼根出现严重褐化,植株生长矮小,株高仅为对照的1/2。对上述稻瘟病菌株分泌蛋白进行酶解处理后病症消失或减弱,进一步确证其为引起上述病理反应的主要因子。将该分泌蛋白接种24个水稻单基因系,接种后72 h根据病斑长度将24个IRRI水稻单基因系按抗、中、感病性状分组。对稻瘟病菌菌株CH-63和TH-16的缺氮分泌蛋白致病力强弱差异与菌丝块接种结果进行比较,结果表明CH-63致病力强于TH-16。
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粗糙脉孢菌基因组分泌蛋白的初步分析
《遗传 》 2006 北大核心 CSCD
摘要：利用信号肽预测软件SignalPv3.0和PSORT,跨膜螺旋结构预测软件TMHMMv2.0和THUMBUP,GPI锚定位点预测软件bigPIPredictor和亚细胞器中蛋白定位分布预测软件TargetPv1.01对粗糙脉孢菌全基因组数据库中已公布的10082个氨基酸序列进行预测分析。结果表明,在粗糙脉孢菌中有437个蛋白为分泌蛋白,编码这些蛋白最小的可读框(openreadingframe,ORF)为252bp,最大为6604bp,平均1433bp,分泌蛋白信号肽长度介于15～59个氨基酸之间。在437个分泌蛋白中,205个具有功能描述,主要包括各种酶类、细胞能量生成、运转以及自身修复、防卫等多种功能。这些蛋白所参与的生化过程可能发生在膜外的周质空间或是菌体外的场所,为该物种营养的摄取,以及对环境做出响应服务。
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稻瘟菌基因组规模分泌蛋白的预测分析
《云南农业大学学报 》 2006 CSCD
摘要：利用信号肽分析软件S ignalP v3.0,亚细胞器蛋白定位软件TargetP v1.01,GPI-锚定位点软件b ig-PIPred ictor和跨膜螺旋结构软件THMM-2.0这4个软件分析预测稻瘟菌12 595个蛋白序列中有1 134个分泌蛋白。编码这些蛋白的可读框(ORF)最小值为78 bp,最大值为7 849 bp,平均1 231 bp。引导它们的信号肽长度介于15~45个氨基酸之间,平均为21个氨基酸。435个分泌蛋白具有功能描述,主要是与代谢有关的酶类。分析了其中降解细胞壁组分和与致病相关的酶类,提示在稻瘟菌侵染水稻不同阶段产生的关键酶及基因的功能需进一步研究。
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酿酒酵母分泌蛋白组的计算机分析
《中国农业科学 》 2005 北大核心 CSCD
摘要：结合计算机技术和生物信息学的方法,采用组合的信号肽分析软件 SignalP v3.0、TargetP v1.01、Big-PI predictor 和 TMHMM v2.0 对已公布的 6 700 个酿酒酵母(Saccaromyces cerevieiae)基因的 N-端氨基酸序列进行信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构。结果表明,在 6 700 个酿酒酵母蛋白中,163 个为Sec-信号肽分泌蛋白,经 Sec 途径分泌。在 163 个分泌蛋白中,有 47 个的信号肽没有典型的 N-区,仅有 H-区和C-区,其余 116 个分泌蛋白的信号肽包含完整的 3 个区,即 N-区、H-区和 C-区。比较了酿酒酵母与白假丝酵母菌(Candida albicans)分泌蛋白信号肽的氨基酸组成顺序,表明酿酒酵母与白假丝酵母菌的信号肽的氨基酸组成和顺序差异很大,两者信号肽长度分布范围、氨基酸种类及其出现频率大体一致。在酿酒酵母分泌蛋白中出现了少数氨基酸组成完全一致的信号肽,为进一步确认具有相同信号肽的分泌蛋白是否具有同源性,分别采用 BLAST 2SEQUENECES 和 CLUSTAL W 对具有相同信号肽的分泌蛋白进行了序列比对。结果表明具有相同信号肽的分泌蛋白同源性非常高,氨基酸组成也非常保守。由此可以推断,编码这些分泌蛋白的基因属于旁系同源基因(paralogous)。酿酒酵母作为一种模式生物,以其诸多的优点,被认为是表达?
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