科研产出
茶组植物种间关系的cpDNA、rDNA ITS和mtDNA序列分析
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】DNA序列分析在物种系统进化、分类和鉴定等方面展示出了强大的生命力。【方法】本研究对来源于cpDNA、rDNA ITS和mtDNA序列的15对引物在茶组植物的5种2变种共16份资源中进行了种间关系研究。【结果】在15对引物中,来自cpDNA的6对引物有5对完成了扩增与测序,来自rDNA ITS的3对引物均未得到单一目的片度,来自mtDNA序列的6对引物中,共有4对完成了扩增与测序。对在种间存在位点差异的8对引物序列比对:序列长度最长的为390F-1326R(859 bp),最短的为orf25(446 bp);品种间变异位点最多的为rbcla-rev(24个),最少的为nad4L/orf25(2个)。位点变异率最高的为rbcla-rev(4.76%),最低为nad4L/orf25(0.37%),cpDNA的碱基变异率平均值(2.91%)要远高于mtDNA(0.55%);8对引物在茶变种内发生变异的位点共有9个,占总位点数的0.19%;不同变种间发生变异的位点有90个,占总位点数的1.85%;将8对引物测序得到的序列拼接,按照MP法构建了分子系统树,可以将参试的16份茶树资源分为3大类。【结论】本研究为DNA序列分析在茶组植物中的应用提供了参考。
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一种改良的水稻细胞质基因组制备方法
《云南农业大学学报(自然科学版) 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：水稻叶绿体和线粒体基因组较小,且均被测序清楚,可以作为研究细胞质遗传的良好材料,而如何快速有效地分离纯化获得高产量和高质量的细胞质基因组是从DNA水平上研究细胞质遗传变异的前提条件。本研究结合了蔗糖密度梯度离心法-全基因组DNA扩增法(whole genome amplification,WGA),对细胞质基因组的制备进行了改良。改良后的方法仅使用20 g的水稻叶片,即可在2 d时间内得到浓度达300 ng/μL以上,总量达40μg以上的高纯度(OD260/280值为1.8～2.0)、完整的叶绿体DNA(chloroplast DNA,cpDNA)和线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)。该法制备的细胞质基因组可以满足多种细胞质基因组实验的要求,包括Solexa全基因组测序技术的要求。
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亚洲栽培稻的核DNA、线粒体DNA和叶绿体DNA籼粳分化的比较研究
《作物学报 》 1998 北大核心 CSCD
摘要：本研究对来自12个国家的74份亚洲栽培稻(O,sativa L.)进行了核DNA、线粒体DNA(mtDNA)的RFLP分析和叶绿体DNA(cpDNA)的ORF100(Open Reading Frames 100,开放阅读框架100)的PCR分析,结果表明参试的74个栽培稻品种,除CR147(Bonsaj)的线粒体基因组的类型较为特殊外,其它73个品种的细胞核基因组、线粒体基因组、叶绿体基因组均可分为籼粳两种类型,可见籼粳分化是栽培稻核DNA、mtDNA和cpDNA遗传分化的主流,同一品种3个DNA的籼粳属性既有一致的(同型),又有不一致的(异型),但同型是主要的。73个品种中,细胞核与线粒体籼粳属性一致的有61个品种,占84％,细胞核与线粒体属性不一致的有12个品种,占16％;细胞核和叶绿体的籼粳属性一致(即同型)的有58个品种,占79％,两者籼粳属性不一致的15个品种,占21％;线粒体和叶绿体籼粳属性一致的有64个品种,占88％,籼粳属性不一致的有9个品种,占12％。根据栽培稻在3个DNA上的籼粳分化,提出了新的亚洲栽培稻分类体系。
关键词： 栽培稻 核DNA 线粒体DNA 叶绿体DNA 籼粳分化
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