科研产出
云南野桑蚕线粒体基因组特征及系统发育分析
《云南农业大学学报(自然科学版) 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】明确云南野桑蚕资源的进化地位，为云南野桑蚕资源的利用与有效保护提供遗传背景资料和理论依据。【方法】对云南野桑蚕的mtDNA进行测序，并与已报道的鳞翅目昆虫mtDNA进行系统发育分析。【结果】云南野桑蚕mtDNA长度为15 688 bp，包含37个基因和1个A+T丰富区，基因重叠区域共7处，基因间隔区域共21处，基因片段存在不同程度的插入和缺失。基因组拥有鳞翅目昆虫典型mtDNA的基因组成和顺序，A+T含量高达81.40%；基因组AT偏度为正值。系统发育分析发现：云南野桑蚕同家蚕和中国野桑蚕的亲缘关系较近。【结论】云南野桑蚕起源于中国北方野桑蚕。
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变灰青霉线粒体基因组特征及系统发育分析
《菌物学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：本研究对一株分离自细虫草上的变灰青霉SFY00C3菌株线粒体基因组进行测定,分析其组成特征,并探究其与青霉属真菌的系统发育关系.结果表明,SFY00C3的线粒体基因组是一条长度为28 301 bp的环状DNA分子,共编码42个基因(15个蛋白编码基因、2个rRNA基因和25个tRNA基因),其碱基组成有显著的A-T偏好性,25个tRNA基因均可形成典型三叶草结构,并存在32处G-U错配.通过青霉属物种间共线性分析发现其线粒体基因组发生了基因重排;共有的14个蛋白编码基因的Ka/Ks值均小于1,表明受到了纯化选择压力的影响;系统发育分析表明:SFY00C3在青霉属中是一个独立的分支,应该是6种青霉祖先的姊妹.本研究丰富了变灰青霉的线粒体基因组序列信息,为青霉属的系统发育、资源保护及遗传多样性研究提供基础数据.
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茶树菇复合群菌株内ITS序列异源特征分析
《西南林业大学学报(自然科学) 》 2021
摘要：ITS序列作为常用的分子标记,广泛应用于真菌系统学研究,然而在茶树菇类群分析中缺乏综合分析。结果表明:对茶树菇菌株ITS序列进行测序,从中发现了8个菌株ITS测序图谱存在套峰。各菌株分离的子代同核体群体中存在2种ITS序列类型,推测亲本由不同ITS类型同核体杂交而成。从混杂的ITS扩增产物里进行克隆测序后,发现ITS1和ITS2区域存在模板复制转换的现象。依据ITS和线粒体小亚基mtSSU构建的聚类树显示的拓扑结构不一致,部分来自于同一菌株的ITS序列聚类到不同的群中。因此,茶树菇的ITS序列显示出多样性且组成复杂,从ITS杂合菌株中直接进行克隆分析会产生不正确的序列信息,给菌株鉴定和系统分析造成错误的结果。
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茶组植物种间关系的cpDNA、rDNA ITS和mtDNA序列分析
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】DNA序列分析在物种系统进化、分类和鉴定等方面展示出了强大的生命力。【方法】本研究对来源于cpDNA、rDNA ITS和mtDNA序列的15对引物在茶组植物的5种2变种共16份资源中进行了种间关系研究。【结果】在15对引物中,来自cpDNA的6对引物有5对完成了扩增与测序,来自rDNA ITS的3对引物均未得到单一目的片度,来自mtDNA序列的6对引物中,共有4对完成了扩增与测序。对在种间存在位点差异的8对引物序列比对:序列长度最长的为390F-1326R(859 bp),最短的为orf25(446 bp);品种间变异位点最多的为rbcla-rev(24个),最少的为nad4L/orf25(2个)。位点变异率最高的为rbcla-rev(4.76%),最低为nad4L/orf25(0.37%),cpDNA的碱基变异率平均值(2.91%)要远高于mtDNA(0.55%);8对引物在茶变种内发生变异的位点共有9个,占总位点数的0.19%;不同变种间发生变异的位点有90个,占总位点数的1.85%;将8对引物测序得到的序列拼接,按照MP法构建了分子系统树,可以将参试的16份茶树资源分为3大类。【结论】本研究为DNA序列分析在茶组植物中的应用提供了参考。
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琥珀蚕线粒体全基因组测序及序列分析
《昆虫学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析昆虫的线粒体基因组能很好地指示昆虫物种的亲缘关系。本研究旨在探索琥珀蚕Antheraea assama线粒体基因组并在线粒体水平上了解大蚕蛾科(Saturniidae)属及种间的分子系统进化关系。【方法】采用PCR步移法并结合克隆测序的策略,测定了珍稀绢丝昆虫琥珀蚕的线粒体基因组全序列,分析其结构特点和碱基组成;采用邻近距离法(NJ)构建大蚕蛾科及外群共14种昆虫线粒体蛋白质编码基因的系统发育树,并分析琥珀蚕在大蚕蛾科中的系统发育关系。【结果】琥珀蚕线粒体基因组序列全长15 312 bp(Gen Bank登录号:KU301792),包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个核糖体rRNA基因和一段332 bp的A+T富集区,呈现典型的鳞翅目昆虫线粒体基因组的核苷酸组成及基因排布顺序。分析结果表明,琥珀蚕线粒体基因组中A+T含量高达80.18%,13个蛋白质编码基因中,除了COX1以CGA为起始密码子,其他均为典型的起始密码子ATN。COX1、COX2和ND5均以不完整的T为终止密码子,其余基因都是以典型的TAA或TAG为终止密码子。预测的22个tRNA二级结构中,除tRNASer(AGN)缺乏DHU臂外,其他21个tRNA均能形成典型的三叶草结构。由线粒体蛋白质基因串联序列构建的NJ系统发育树表明,琥珀蚕与柞蚕Antheraea pernyi、天蚕Antheraea yamamai、明目大蚕Antheraea frithi构成鳞翅目大蚕蛾科柞蚕属Antheraea这一分支。在9种大蚕蛾科昆虫中,琥珀蚕与柞蚕属的天蚕亲缘关系最近,与巨大蚕蛾属Attacus的乌桕大蚕Attacus atlas亲缘关系较远。【结论】琥珀蚕线粒体基因组的基因排列方式同其他已测定的鳞翅目昆虫的完全相同。基于线粒体基因组的大蚕蛾科昆虫系统发育关系与传统的形态分类学结果一致,即琥珀蚕隶属于柞蚕属Antheraea。
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一种改良的水稻细胞质基因组制备方法
《云南农业大学学报(自然科学版) 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：水稻叶绿体和线粒体基因组较小,且均被测序清楚,可以作为研究细胞质遗传的良好材料,而如何快速有效地分离纯化获得高产量和高质量的细胞质基因组是从DNA水平上研究细胞质遗传变异的前提条件。本研究结合了蔗糖密度梯度离心法-全基因组DNA扩增法(whole genome amplification,WGA),对细胞质基因组的制备进行了改良。改良后的方法仅使用20 g的水稻叶片,即可在2 d时间内得到浓度达300 ng/μL以上,总量达40μg以上的高纯度(OD260/280值为1.8～2.0)、完整的叶绿体DNA(chloroplast DNA,cpDNA)和线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)。该法制备的细胞质基因组可以满足多种细胞质基因组实验的要求,包括Solexa全基因组测序技术的要求。
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苹果绵蚜线粒体DNA的提取方法研究简报
《云南农业大学学报 》 2007 CSCD
摘要：获得高质量的线粒体DNA(m tDNA)是进行m tDNA研究的前提。本研究用碱裂解法和加热法均得到了满足RFLP分析要求的苹果绵蚜m tDNA。但只有碱裂解法提取的m tDNA满足克隆的需要。经分析认为,在实验过程中尽可能的避免核DNA的断裂,是获取高质量m tDNA的关键。
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亚洲栽培稻的核DNA、线粒体DNA和叶绿体DNA籼粳分化的比较研究
《作物学报 》 1998 北大核心 CSCD
摘要：本研究对来自12个国家的74份亚洲栽培稻(O,sativa L.)进行了核DNA、线粒体DNA(mtDNA)的RFLP分析和叶绿体DNA(cpDNA)的ORF100(Open Reading Frames 100,开放阅读框架100)的PCR分析,结果表明参试的74个栽培稻品种,除CR147(Bonsaj)的线粒体基因组的类型较为特殊外,其它73个品种的细胞核基因组、线粒体基因组、叶绿体基因组均可分为籼粳两种类型,可见籼粳分化是栽培稻核DNA、mtDNA和cpDNA遗传分化的主流,同一品种3个DNA的籼粳属性既有一致的(同型),又有不一致的(异型),但同型是主要的。73个品种中,细胞核与线粒体籼粳属性一致的有61个品种,占84％,细胞核与线粒体属性不一致的有12个品种,占16％;细胞核和叶绿体的籼粳属性一致(即同型)的有58个品种,占79％,两者籼粳属性不一致的15个品种,占21％;线粒体和叶绿体籼粳属性一致的有64个品种,占88％,籼粳属性不一致的有9个品种,占12％。根据栽培稻在3个DNA上的籼粳分化,提出了新的亚洲栽培稻分类体系。
关键词： 栽培稻 核DNA 线粒体DNA 叶绿体DNA 籼粳分化
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