科研产出
基于PacBio平台的紫娟茶树全长转录组分析
《基因组学与应用生物学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：紫娟(Camellia sinensis var. Asssamica (Masters) kitamura)是珍稀茶树种质的典型代表,其叶片色泽呈现紫色,富含花青素、儿茶素以及黄酮等活性成分.为探讨紫娟茶树叶片呈色以及次级代谢过程的遗传基础,以紫娟茶树为材料,采用Pac Bio平台进行全长转录组测序,最终获得Polished consensus序列205 911个.在NR数据库有163 519个同源序列比对到914个物种;有99 503个在KOG数据库得到注释,根据其功能分为26类;有76 829个得到GO注释,分为细胞组分、分子功能及生物学过程等3大类的54个功能组;根据KEGG数据库,109 748个被注释到216个代谢途径分支,其中氨基酸代谢的7 731个、类黄酮生物合成的有644个、单萜的合成的有57个、萜类化合物骨架生物合成487个、黄酮和黄酮醇的生物合成的有88个、花青素合成1个;同时预测到CDS有199 245个、转录因子有6 838个;此外,还检测到了180 293个SSR位点,其中以单碱基重复最丰富有103 535个,其次是双碱基43 240和三碱基30 883.本研究结果为开展紫娟茶树叶片呈色机理以及花青素、黄酮类等物质合成途径与调控机制和特异性状基因的标记性引物开发提供重要的数据支持.
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贵州地方水稻品种抗稻瘟病基因Pita功能区段序列变异分析
《分子植物育种 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为了揭示贵州水稻地方品种Pita基因序列变异类型和地理分布特点,以贵州省收集到的91份地方水稻品种为供试材料,设计抗稻瘟病Pita基因特异引物对Pita基因第二编码区功能位点区段进行PCR扩增及测序分析。研究表明,91份贵州地方水稻均持有抗稻瘟病Pita基因,DNA序列存在6个变异位点,氨基酸序列存在4个变异位点,归为7种DNA单倍型和5种蛋白型,其中Pita-H1(63.74%)、Pita-H2(18.68%)的频率较高,是贵州的优势单倍型,其他单倍型频率较低。携带Pita抗性基因(编码区第2 752位功能位点碱基为G)的品种仅6个,占供试材料的6.59%,且与越南抗性品种Tetep序列一致。Pita抗性基因在贵州省广泛分布不平衡,且频率较低。本研究为挖掘和利用贵州地方稻种的抗稻瘟病基因资源提供了参考。
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云南野生稻抗稻瘟病Pi-ta基因的检测及分析
《中国水稻科学 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：以16个不同来源的云南野生稻作为供试材料,用抗稻瘟病Pi-ta基因特异引物(KG2/KG4)进行PCR扩增,并对PCR产物进行克隆、测序及分析。结果表明,16个野生稻中7个品种持有抗稻瘟病Pi-ta基因,其中,来自云南景洪的紫秆普通野生稻中Pi-ta基因的编码区与原始型的抗稻瘟病Pi-ta基因的DNA序列完全相同。可见,云南可能是抗稻瘟病基因Pi-ta的起源地之一。
关键词： 野生稻 抗稻瘟病Pi-ta基因 克隆 测序分析
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