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基于PacBio平台的紫娟茶树全长转录组分析

文献类型： 中文期刊

作者： 夏丽飞 1 ; 孙云南 1 ; 宋维希 1 ; 朱兴正 1 ; 田易萍 1 ; 蒋会兵 1 ; 陈林波 1 ;

作者机构： 1.云南省农业科学院茶叶研究所

关键词： 紫娟茶树;全长转录组;测序分析;功能注释

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2020 年 006 期

页码： 2646-2658

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 紫娟(Camellia sinensis var. Asssamica (Masters) kitamura)是珍稀茶树种质的典型代表,其叶片色泽呈现紫色,富含花青素、儿茶素以及黄酮等活性成分.为探讨紫娟茶树叶片呈色以及次级代谢过程的遗传基础,以紫娟茶树为材料,采用Pac Bio平台进行全长转录组测序,最终获得Polished consensus序列205 911个.在NR数据库有163 519个同源序列比对到914个物种;有99 503个在KOG数据库得到注释,根据其功能分为26类;有76 829个得到GO注释,分为细胞组分、分子功能及生物学过程等3大类的54个功能组;根据KEGG数据库,109 748个被注释到216个代谢途径分支,其中氨基酸代谢的7 731个、类黄酮生物合成的有644个、单萜的合成的有57个、萜类化合物骨架生物合成487个、黄酮和黄酮醇的生物合成的有88个、花青素合成1个;同时预测到CDS有199 245个、转录因子有6 838个;此外,还检测到了180 293个SSR位点,其中以单碱基重复最丰富有103 535个,其次是双碱基43 240和三碱基30 883.本研究结果为开展紫娟茶树叶片呈色机理以及花青素、黄酮类等物质合成途径与调控机制和特异性状基因的标记性引物开发提供重要的数据支持.

  • 相关文献

[1]保护品种云茶1号茶树全长转录组测序分析. 朱兴正,夏丽飞,陈林波,田易萍,宋维希,蒋会兵. 2018

[2]紫娟茶树bHLH转录因子MYC1基因克隆及表达分析. 曲浩,刘悦,孙云南,尚卫琼,田易萍,陈林波. 2020

[3]云南野生稻抗稻瘟病Pi-ta基因的检测及分析. 赵国珍,蒋春苗,刘吉新,陈于敏,余腾琼,程在全. 2014

[4]贵州地方水稻品种抗稻瘟病基因Pita功能区段序列变异分析. 杨奕,马继琼,孙一丁,许明辉. 2018

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