科研产出
红带滑胸针蓟马(缨翅目:蓟马科)线粒体基因组全序列测定与分析
《南方农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：【目的】明确红带滑胸针蓟马（Selenothrips rubrocinctus）线粒体基因组结构特征，并基于线粒体基因组序列分析其系统发育关系，为滑胸针蓟马属昆虫的分子鉴定和系统发育研究提供分子生物学依据。【方法】利用第二代测序技术Illumina平台对红带滑胸针蓟马的线粒体基因组进行测序、组装和注释；基于18种蓟马科和1种管蓟马科外群昆虫的线粒体基因组13个蛋白质编码基因（PCGs）序列，采用最大似然法（ML）和贝叶斯法（BI）构建系统发育进化树，分析红带滑胸针蓟马与其他蓟马的系统发育关系。【结果】红带滑胸针蓟马线粒体基因组全长14984 bp，包含37个基因（13个PCGs、22个tRNA基因、2个rRNA基因）和1个控制区。基因间隔区有19处，最长间隔区长度为25 bp；基因重叠区有10处，最长重叠区长度为23 bp。基因组拥有缨翅目中大部分昆虫线粒体基因组的基因组成和排列顺序，AT含量为72.9%，具有明显的AT偏好性。13个PCGs中，除cox1以TTG为起始密码子外，其余均以ATN为起始密码子；nad6以TAG为终止密码子，nad2和cox2以不完整的T为终止密码子，其余10个基因以TAA为终止密码子。22个tRNA基因中，除trnR、trnS2和trnY缺少TΨC环，trnS1和trnV缺少DHU臂环外，其余17个基因具有完整的三叶草结构。系统发育分析结果显示，红带滑胸针蓟马与腹突皱针蓟马（Rhipiphorothrips cruentatus）聚在同一小分支上，二者的亲缘关系最近。【结论】红带滑胸针蓟马的线粒体基因组结构、组成和基因排列顺序较保守，与蓟马科其他物种线粒体基因组结构和排列一致。针蓟马亚科为单系性，其中，红带滑胸针蓟马与腹突皱针蓟马的亲缘关系最近。
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云南野桑蚕线粒体基因组特征及系统发育分析
《云南农业大学学报(自然科学版) 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】明确云南野桑蚕资源的进化地位，为云南野桑蚕资源的利用与有效保护提供遗传背景资料和理论依据。【方法】对云南野桑蚕的mtDNA进行测序，并与已报道的鳞翅目昆虫mtDNA进行系统发育分析。【结果】云南野桑蚕mtDNA长度为15 688 bp，包含37个基因和1个A+T丰富区，基因重叠区域共7处，基因间隔区域共21处，基因片段存在不同程度的插入和缺失。基因组拥有鳞翅目昆虫典型mtDNA的基因组成和顺序，A+T含量高达81.40%；基因组AT偏度为正值。系统发育分析发现：云南野桑蚕同家蚕和中国野桑蚕的亲缘关系较近。【结论】云南野桑蚕起源于中国北方野桑蚕。
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变灰青霉线粒体基因组特征及系统发育分析
《菌物学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：本研究对一株分离自细虫草上的变灰青霉SFY00C3菌株线粒体基因组进行测定,分析其组成特征,并探究其与青霉属真菌的系统发育关系.结果表明,SFY00C3的线粒体基因组是一条长度为28 301 bp的环状DNA分子,共编码42个基因(15个蛋白编码基因、2个rRNA基因和25个tRNA基因),其碱基组成有显著的A-T偏好性,25个tRNA基因均可形成典型三叶草结构,并存在32处G-U错配.通过青霉属物种间共线性分析发现其线粒体基因组发生了基因重排;共有的14个蛋白编码基因的Ka/Ks值均小于1,表明受到了纯化选择压力的影响;系统发育分析表明:SFY00C3在青霉属中是一个独立的分支,应该是6种青霉祖先的姊妹.本研究丰富了变灰青霉的线粒体基因组序列信息,为青霉属的系统发育、资源保护及遗传多样性研究提供基础数据.
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茶组植物种间关系的cpDNA、rDNA ITS和mtDNA序列分析
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】DNA序列分析在物种系统进化、分类和鉴定等方面展示出了强大的生命力。【方法】本研究对来源于cpDNA、rDNA ITS和mtDNA序列的15对引物在茶组植物的5种2变种共16份资源中进行了种间关系研究。【结果】在15对引物中,来自cpDNA的6对引物有5对完成了扩增与测序,来自rDNA ITS的3对引物均未得到单一目的片度,来自mtDNA序列的6对引物中,共有4对完成了扩增与测序。对在种间存在位点差异的8对引物序列比对:序列长度最长的为390F-1326R(859 bp),最短的为orf25(446 bp);品种间变异位点最多的为rbcla-rev(24个),最少的为nad4L/orf25(2个)。位点变异率最高的为rbcla-rev(4.76%),最低为nad4L/orf25(0.37%),cpDNA的碱基变异率平均值(2.91%)要远高于mtDNA(0.55%);8对引物在茶变种内发生变异的位点共有9个,占总位点数的0.19%;不同变种间发生变异的位点有90个,占总位点数的1.85%;将8对引物测序得到的序列拼接,按照MP法构建了分子系统树,可以将参试的16份茶树资源分为3大类。【结论】本研究为DNA序列分析在茶组植物中的应用提供了参考。
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琥珀蚕线粒体全基因组测序及序列分析
《昆虫学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析昆虫的线粒体基因组能很好地指示昆虫物种的亲缘关系。本研究旨在探索琥珀蚕Antheraea assama线粒体基因组并在线粒体水平上了解大蚕蛾科(Saturniidae)属及种间的分子系统进化关系。【方法】采用PCR步移法并结合克隆测序的策略,测定了珍稀绢丝昆虫琥珀蚕的线粒体基因组全序列,分析其结构特点和碱基组成;采用邻近距离法(NJ)构建大蚕蛾科及外群共14种昆虫线粒体蛋白质编码基因的系统发育树,并分析琥珀蚕在大蚕蛾科中的系统发育关系。【结果】琥珀蚕线粒体基因组序列全长15 312 bp(Gen Bank登录号:KU301792),包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个核糖体rRNA基因和一段332 bp的A+T富集区,呈现典型的鳞翅目昆虫线粒体基因组的核苷酸组成及基因排布顺序。分析结果表明,琥珀蚕线粒体基因组中A+T含量高达80.18%,13个蛋白质编码基因中,除了COX1以CGA为起始密码子,其他均为典型的起始密码子ATN。COX1、COX2和ND5均以不完整的T为终止密码子,其余基因都是以典型的TAA或TAG为终止密码子。预测的22个tRNA二级结构中,除tRNASer(AGN)缺乏DHU臂外,其他21个tRNA均能形成典型的三叶草结构。由线粒体蛋白质基因串联序列构建的NJ系统发育树表明,琥珀蚕与柞蚕Antheraea pernyi、天蚕Antheraea yamamai、明目大蚕Antheraea frithi构成鳞翅目大蚕蛾科柞蚕属Antheraea这一分支。在9种大蚕蛾科昆虫中,琥珀蚕与柞蚕属的天蚕亲缘关系最近,与巨大蚕蛾属Attacus的乌桕大蚕Attacus atlas亲缘关系较远。【结论】琥珀蚕线粒体基因组的基因排列方式同其他已测定的鳞翅目昆虫的完全相同。基于线粒体基因组的大蚕蛾科昆虫系统发育关系与传统的形态分类学结果一致,即琥珀蚕隶属于柞蚕属Antheraea。
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