科研产出
拟南芥图位克隆快速初定位系统的建立
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】拟南芥是研究植物基因功能的工具材料,在图位克隆进行基因定位时面对数千个分子标记常常让新的研究者无从下手。【方法】本文通过从先前筛选的44个分子标记,进一步筛选出了24个平均分布于拟南芥五条染色体上的遗传标记。【结果】这24个标记在PCR检测中易于扩增、实验条件相差小、电泳条带区分度好,是进行图位克隆的理想分子标记。【结论】利用这些标记,建立了拟南芥初定位快速图位克隆系统,大大提高了初定位的效率,并实现拟南芥盐敏感突变体S28的快速染色体初定位。
全文链接
请求原文
粗糙脉孢菌基因组中的微卫星序列的组成和分布
《中国农业科学 》 2004 北大核心 CSCD
摘要：利用已经公布的粗糙脉孢菌基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(SSR)序列进行了系统分析。结果表明,在已经公布的38.0 Mb 的基因组序列中,共有14 788 个以1～6个核苷酸为基序的 SSR序列(长度大于15 bp,匹配值大于80%),其碱基总数占整个基因组碱基数的 0.95%,平均2.57 kb 就分布有一个大于15 bp的SSR。其中数量最多的三碱基 SSR,数量达到 4 729个,其次为六碱基 SSR (2 940个)和单碱基 SSR(2 489 个),这3 类SSR 总数达10 158 个,占 SSR总数的68.7%。数量最少的是二碱基SSR,只有691 个。在可读框(ORF)中的SSR总数为 4 094个,共分布于2 373个 ORF中,其中只有1 个SSR 的ORF为 1 056个。与其它生物内 SSR的分布类似,在基因编码区中,以三碱基SSR和六碱基SSR占绝对优势,分别为基因组中三碱基和六碱基SSR总数的54.1%和48.8%,由于ORFs和编码区的碱基总数分别为该菌基因组碱基总数的约46%和38.3%, 所以这两种长度的SSR在编码区中的密度高于基因组中的平均密度。ORF上下游300 bp调控区域内是各类SSR相对的富集区。尤其是上游区域中的五碱基SSR,为平均密度的3倍,二碱基SSR和四碱基SSR的密度也是基因组中平均密度的2倍多。在下游调控序列中,五碱基、四碱基、二碱基、单碱基 SSR的密度,也大大超过了在基因?
关键词： 粗糙脉孢菌 基因组 微卫星序列 频率 分布 遗传标记
全文链接
请求原文
稻瘟病菌基因组中微卫星序列的频率和分布
《中国水稻科学 》 2004 北大核心 CSCD
摘要：利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果 ,对该植物病原真菌基因组中的微卫星 (SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析。在已经公布的 37.89Mb的基因组序列中 ,共有 16 398个由 1～ 6个核苷酸为基序的SSR序列 (匹配值为80 % ) ,其总长度占整个基因组碱基数的 0 .87% ,平均 2 .31kb碱基中就分布有 1个大于 15bp的SSR。其中数量最多的是单碱基重复 ,达到 4 392个 ,其次为三碱基重复序列 (35 86个 ) ,五碱基重复序列 (344 2个 ) ,这 3种SSR总数达 114 2 0个 ,占SSR的 6 9.7%。数量最少的是二碱基重复序列 ,只有 6 80个。在整个基因组中的主要基序有A ,AG ,AC ,ACG ,AGC ,AAG ,GGC ,ACCT ,ATCC ,AAAG ,AAAAG ,AAAAT ,AAAAC ,AAAAAG ,AAAAAT和AACTAG。有的基序类型则完全没有出现。对不同超级连锁群的分析结果表明 ,各连锁群之间的SSR分布有一定差异 ,但总体上仍是较为均衡的。这些结果为稻瘟病菌的基因标记、群体结构研究、非编码区DNA序列的结构及功能研究提供了一个较好的基础。
关键词： 稻瘟病菌 基因组 微卫星序列 频率 分布 遗传标记
全文链接
请求原文
首页上一页1下一页尾页
