科研产出
长尖叶蔷薇叶绿体基因组特征分析
《西南农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：[目的]分析长尖叶蔷薇(Rosa longicuspis)的叶绿体基因组特征,为蔷薇属植物的分类鉴定、遗传变异分析以及系统发育关系研究提供科学依据.[方法]采用Illumina NovaSeq测序平台,对长尖叶蔷薇进行基因组重测序,并组装其叶绿体基因组.借助GeSeq在线平台,绘制其叶绿体基因组图谱和基因功能注释.利用MISA2.1、CodonW 1.4.2和MEGA 6.06等软件,对长尖叶蔷薇叶绿体基因组基本结构和功能进行分析.[结果]长尖叶蔷薇叶绿体基因组是四分体结构,长度为156 659 bp.通过注释分析,共识别出140个基因,分别是蛋白质编码基因(92个)、rRNA基因(8个)和tRNA基因(40个),GC含量占比较高(37.22%).长尖叶蔷薇的叶绿体基因组中,有一些基因包含内含子,这些基因主要分为两类:一类是含有1个内含子的基因,共有8个;另一类是含有2个内含子的基因,数量为3个.此外,在基因组中存在20个基因的重复现象,这些重复基因主要集中在反向重复区域;光合作用信号转导途径相关的基因(44个),参与核糖体大、小亚基构成的基因(21个)均为蛋白质编码基因.长尖叶蔷薇叶绿体基因组中含有57个SSR位点,共2种类型.长尖叶蔷薇的叶绿体基因组中,总共发现31种偏好密码子.在这些密码子中,有13种以碱基A结尾,16种以碱基U结尾,而以碱基G和碱基C结尾的密码子各自仅有1种.系统发育分析结果显示,长尖叶蔷薇和毛萼蔷薇的亲缘关系最近,聚合在一个分支上.'月月粉'作为外类群,但没有单独形成1个分支,表明古老月季母性遗传相对稳定.[结论]长尖叶蔷薇叶绿体基因组具有高度保守的结构,注释得到的基因主要与光合作用和自我复制相关,以碱基A或碱基U结尾是长尖叶蔷薇叶绿体基因组的密码子偏好.分析得到的SSR大多为单核苷酸SSRs,系统发育分析表明长尖叶蔷薇与毛萼蔷薇的亲缘关系最近.本研究结果为蔷薇属植物的物种分类和亲缘关系分析提供了理论参考.
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VIGS技术初步鉴定RgMLO6和RlMLO7基因对白粉病的负调控功能
《云南大学学报(自然科学) 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了探讨蔷薇科植物MLO基因在抗白粉病中的作用,研究应用病毒诱导的基因沉默技术(virus induced gene silencing,VIGS)抑制了大花香水月季RgMLO6基因和长尖叶蔷薇RlMLO7基因的表达,随后接种白粉菌对这2个基因进行抗性鉴定.研究发现在VIGS载体转化植株叶片20 d后,RgMLO6和RlMLO7基因的相对表达量显著下降了80%~90%,沉默效果明显.分别对2个基因沉默后的嫩叶进行白粉病抗性鉴定,大花香水月季和长尖叶蔷薇的抗性水平较对照组均提高.显微镜观察白粉菌接种2个基因沉默后植株叶片中菌丝体的生长情况,整体表现出沉默植株叶表皮细胞上的白粉菌生长较对照组生长缓慢.结果表明RgMLO6与RlMLO7基因对蔷薇科植物的白粉病有负向调控作用.
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基于长尖叶蔷薇与大花香水月季转录组数据的MLO unigenes生物信息学及表达分析
《植物遗传资源学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：在对长尖叶蔷薇和大花香水月季转录组测序的基础上,利用生物信息学方法,从其转录组数据中共获得23条MLO unigenes并对其进行了分析。结果显示它们之间的氨基酸数量、碱基数、分子量差异较小,多数为疏水性蛋白,平均亲水系数为-0.157~0.190,富含亮氨酸和丝氨酸。亚细胞定位主要分布于质膜中,包含5~9个跨膜结构;二级结构主要由α-螺旋组成。其中,等电点小于7的仅有1条,2条蛋白具有信号肽。这23条MLO蛋白具有15个长度在15~50个氨基酸间的保守基序。它们的系统进化关系分析结果揭示了MLO基因在长尖叶蔷薇与大花香水月季间具有较高的同源性和保守性。将这23条unigenes与来自于月季和拟南芥的MLO基因进行聚类分析,确定了6条可能参与抗白粉病的候选基因,对这6条候选基因进一步分析发现仅有2条unigenes符合MLO型白粉病基因的典型结构特征。最后,通过q RT-PCR试验验证,结果表明:这2条候选基因的相对表达量,在受到白粉病菌侵染后呈积极上调趋势。上述研究结果表明这2条候选基因很可能参与了寄主—白粉病菌的互作过程。
关键词： 长尖叶蔷薇 大花香水月季 MLO基因 抗白粉病 生物信息学 q RT-PCR
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云南长尖叶蔷薇自然居群遗传多样性分析
《植物遗传资源学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：采用SSR标记对云南地区的8个长尖叶蔷薇天然居群进行了遗传多样性分析。结果显示:所选用的14对SSR引物,共检测到77个等位位点;在物种水平上,总居群的Nei's基因多样性指数(He)和香农指数(I)分别为0.3139和0.4747;该居群内遗传变异(65.47%)大于居群间遗传变异(34.53%),说明居群内变异是其居群的主要变异来源;利用Popgene计算出两两居群间的Nei's遗传一致度(I)和遗传距离(D),其范围分别为0.7879～0.8986和0.1070～0.2384,依据遗传距离可将8个居群分为3组,8个居群并没有严格依据地理距离的远近而聚类;海拔与Nei's基因多样性的相关系数为0.8771,呈显著正相关。研究结果表明,云南地区的长尖叶蔷薇居群遗传多样性较高,居群间遗传变异存在中度的遗传分化。基于得到的居群遗传信息,建议采取就地保护为主的保护策略,但当个别居群野外的生存环境被自然或者人为因素破坏时,建议采取迁地保护的保护策略。
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