科研产出
不同茶树品种新梢氮磷钾含量与根际土壤细菌群落多样性差异
《西南农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：[目的]研究不同茶树品种新梢高氮磷钾含量形成的机制和不同茶树品种根际土壤养分含量及细菌群落多样性的差异,揭示不同茶树品种新梢高氮磷钾含量与其根际土壤养分含量及细菌群落多样性的关系,为优化茶叶种植生产提供理论支撑.[方法]选择不同茶树品种,测定其新梢氮磷钾含量,结合16S rDNA高通量测序技术分析不同茶树品种的根际土壤理化性质及细菌群落多样性的差异,并对其做相关性分析.[结果]不同茶树品种新梢氮磷钾含量差异较大,氮含量高的茶树品种根际土壤的pH、有机质、全氮、水解性氮含量均较高,磷含量高的茶树品种根际土壤的全磷、有效磷含量均较高,钾含量高的茶树品种根际土壤的全钾、速效钾含量较高.群落结构分析表明,不同茶树品种根际土壤优势菌群在门水平为变形杆菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Ac-tinobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、浮霉菌门(Planctomycetes)、厚壁菌门(Firmicutes)等.根际土壤 pH、有机质、水解性氮、有效磷、速效钾含量对细菌群落结构影响较大,尤其是对变形杆菌门、放线菌门、绿弯菌门、浮霉菌门、厚壁菌门、蓝藻门影响较大.[结论]不同茶树品种中,新梢氮磷钾含量高的茶树土壤pH、有机质、全钾、有效磷、速效钾含量较高,进而引起细菌群落丰富度、多样性较大,是茶树养分差异形成的重要环境因子.不同茶树品种中,高养分含量茶树根际土壤中变形杆菌门、放线菌门、绿弯菌门、浮霉菌门、厚壁菌门、蓝藻门的细菌群落相对丰度较高.
关键词： 茶树品种 氮磷钾含量 根际土壤 细菌群落多样性 高通量测序
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灯盏花内生真菌多样性、群落结构及生态功能预测
《微生物学通报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【背景】灯盏花（Erigeron breviscapus）是国内知名的传统中药材，但关于灯盏花内生真菌多样性、群落结构和生态功能研究报道比较缺乏。【目的】探究灯盏花不同药用部位内生真菌多样性、群落结构组成及生态功能。【方法】采用ITS序列的高通量测序技术对比研究云南道地药材灯盏花根、茎、叶和花的内生菌群落结构及生物多样性差异，并利用FUNGuild数据库预测真菌群落生态功能。【结果】12个样品共获得540个操作分类单元（operationaltaxonomicunit,OTU），分属于5个门22个纲55个目114个科188个属。4个不同药用部位共有的OTU数目仅占14.45%，以根部独有OTU最多。各组织均以子囊菌门和担子菌门为优势菌门；其中，根部以子囊菌门为主，花部位以担子菌门为主。亚隔孢壳属（Didymella）为灯盏花植物的核心属，在各组织中均有分布；其余优势属尚有线黑粉菌属（Filobasidium）、Cystofilobasidium、织球壳属（Plectosphaerella），灯盏花4个组织中优势属和特有属分布各不相同。α多样性分析表明，根部内生真菌丰度显著高于其他组织，但多样性方面组织差异不明显。PCoA结果表明，根部菌落结构相对独立，而叶与茎中菌落结构较为相似。利用FUNGuild数据库分析发现，腐生真菌在各组织中占比较高，并含有大量未知功能菌群。【结论】灯盏花不同药用部位内生真菌群落组成存在明显差异，具有组织偏好。以上研究完善了灯盏花内生真菌资源的生物信息，为灯盏花内生真菌资源的开发利用提供了理论依据。
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诺邓火腿加工过程中细菌群落的动态变化
《食品工业科技 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为研究诺邓火腿内部细菌的群落组成及动态变化,本文利用高通量测序技术对诺邓火腿腌制期、风干期、发酵期和成熟期4个加工阶段的细菌16S rRNA V3-V4区进行扩增和测序,并对其群落结构多样性及其与火腿理化性质的关联性进行分析.结果表明,腌制期诺邓火腿细菌多样性最高;厚壁菌门、变形菌门、放线菌门、拟杆菌门等细菌为发酵过程中优势菌群;葡萄球菌属、嗜冷杆菌属及假单胞菌属等在4个加工阶段均有分布;整个加工过程中丰度占比最高的为葡萄球菌属.含水量对腌制期细菌群落影响最大,成熟期含水量下降至33.4%左右;含盐量对风干期和发酵期样本影响最明显,在这两个时期丰度占比最高的葡萄球菌属与含盐量显著正相关,成熟期含盐量增加至约6.7%;酸碱度及游离氨基酸含量与成熟期样本关联度最大,这个时期的酸碱度为6.05左右,游离氨基酸达1.86%.通过以上研究将为理解诺邓火腿特殊品质的微生物影响机制,开发能够改善肉制品品质、提高发酵效率的发酵剂提供参考.
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洱海流域稻油轮作农田土壤微生物多样性特征
《中国土壤与肥料 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：解析洱海流域水稻-油菜轮作农田土壤碳氮水解酶活性和微生物种群结构特征,为优化农田土壤微生物群落结构和调节群落功能,实现对农田生态系统的优化管理和合理保护提供依据。选取未施用任何有机碳源及化肥和施用化肥但未施用有机碳源的2个试验处理为研究对象,分析测试土壤β-1,4-葡萄糖苷酶（GC）和β-1,4-乙酰氨基葡萄糖苷酶（NAG）活性及微生物种群结构组成,解析土壤酶活性、微生物种群和土壤碳氮素间的关系。结果表明,土壤GC活性与土壤有机质含量正相关,土壤NAG活性与土壤全氮含量正相关,土壤碳氮比对水解酶活性变化的解释度最高。土壤细菌以变形菌门（Proteobacteria,32.58%～34.43%）、酸杆菌门（Acidobacteria,20.19%～22.38%）、绿弯菌门（Chloroflexi,15.39%～18.53%）、放线菌门（Actinobacteria,14.91%～18.58%）和芽单胞菌门（Gemmatimonadetes,3.39%～4.21%）5个菌门为主要种群,占总原核微生物群落丰度的91.54%～93.10%;真菌以子囊菌门（Ascomycota,76.75%～78.39%）、担子菌门（Basidiomycota,8.91%～11.54%）和接合菌门（Zygomycota,6.12%～7.49%）3个菌门为主要种群,占总真核微生物群落丰度的93.26%～96.63%;微生物种群多样性及门分类水平的种群相对丰度差异不显著（P≥0.05）。施用化肥导致部分微生物差异显著性物种种群丰度发生变化,而土壤较高碳氮含量是维持洱海流域水稻-油菜轮作农田土壤微生物多样性及酶活性稳定的主要环境因子。
关键词： 土壤碳氮 β-1,4-葡萄糖苷酶（GC） β-1,4-乙酰氨基葡萄糖苷酶（NAG） 高通量测序 微生物种群
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洱海流域油菜-水稻轮作农田土壤细菌多样性特征
《西南农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：[目的]解析洱海流域油菜-水稻轮作农田土壤细菌多样性特征,探讨水旱轮作对土壤微生物多样性的影响.[方法]运用微生物核糖体RNA基因靶向测序技术和荧光定量PCR技术,研究了连续7Y油菜-水稻种植后土壤细菌种群结构的组成、丰度和碳氮转化功能基因丰度变化特征,结合Perason相关性分析,解析细菌种群结构与土壤碳氮素之间的关系.[结果]土壤有机质(OM)和全氮(TN)与细菌种群中的变形菌门(Proteobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)的种群相对丰度呈显著负相关关系,与绿弯菌门(Chloroflexi)和放线菌门(Actinobacteria)的种群相对丰度呈显著正相关关系.在油菜和水稻种植季,不同处理间Clean tags数量、OTUs丰度及α多样性指数差异性不显著(P≥5),门分类水平上的优势细菌种群相对丰度差异性不显著(P≥5).土壤碳氮转化功能基因qPCR统计分析结果表明,处理间固碳基因cbbL-R和氨氧化基因amoA的拷贝数差异性不显著,有机碳源物料配施化肥显著提高固氮基因nifH和氨氧化基因amoA拷贝数(P<0.05).[结论]油菜和水稻种植季土壤细菌种群结构组成和碳氮转化功能基因丰度呈相似变化趋势,水旱轮作对土壤细菌种群多样性的影响不显著,其稳定性可能与土壤本底较高的碳氮素储量有关.
关键词： 油菜-水稻轮作 土壤细菌种群结构 高通量测序 碳氮转化功能基因 qPCR定量分析
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应用高通量测序分析云南昭通不同栽培模式苹果园根际土壤微生物种群
《西南农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探明云南昭通苹果栽培模式与根际土壤微生物菌群的关系。【方法】以云南昭通苹果主产区不同栽培和管理程度的苹果果园根际土壤为研究对象,测定土壤理化性质,应用高通量测序技术,测定土壤微生物16SrDNA、ITS序列,并分析微生物多样性。【结果】精品果园和普通果园根际土壤中的有机质、硝态氮、铵态氮、有效磷、速效钾、蔗糖酶、纤维素酶、脲酶的含量高于粗放果园,而碱性磷酸酶和过氧化氢酶的含量低于粗放果园。普通果园与精品果园根际土壤高频检测出的细菌属菌群亲缘关系比较接近,而与粗放果园高频检测出的细菌属菌群亲缘关系较远。三类果园根际土壤高频检出的真菌属的种群与果园类型相关,精品果园真菌属种亲缘关系更远。【结论】在三类果园根际土壤中明确存在有益微生物、有害微生物、中性微生物与未知微生物。不同栽培模式影响根际土壤微生物种群,从而影响苹果的生长。
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基于高通量测序筛选‘紫娟’花青素合成相关的miRNA
《茶叶科学 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为筛选调控紫娟茶树花青素合成相关miRNA,以茶树品种紫娟(ZJ)、云抗10号(YK)和福鼎大白茶(FD)为材料,构建了miRNA文库。鉴定出46种已知的miRNAs和67种新的miRNAs,预测到具有注释的靶基因765个。通过差异表达分析,筛选出在ZJ与YK、ZJ与FD共有差异表达的miRNA24个。通过对24个差异表达miRNA的靶基因分析,筛选出可能参与调控花青素合成的miRNA 4个,包括miR828a、miR845c、novel_14和novel_87,其预测的靶基因包括转录因子基因MYB4、MYB23、MYB26、MYB82、bHLH74以及4-香豆酰辅酶A链接酶(4CL)、二氢黄酮醇4-还原酶(DFR)和UDP-葡萄糖黄酮3-O-葡糖基转移酶(UFGT)等基因。利用RT-PCR分析8个差异表达的miRNA,其结果与转录组分析一致。本研究结果为进一步开展茶树花青素生物合成的调控机制研究奠定基础。
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大蜡螟触角转录组及嗅觉相关基因分析
《应用昆虫学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】大蜡螟Galleria mellonella Linnaeus是世界范围内蜂群中普遍存在的害虫,给世界养蜂业带来了巨大的危害。本研究旨在建立大蜡螟触角转录组数据库,挖掘大蜡螟嗅觉相关基因,为今后利用嗅觉基因靶标防治大蜡螟提供分子生物学信息数据。【方法】利用高通量测序平台(Illumina HiSeqTM 2500)对大蜡螟触角进行转录组测序和组装,通过筛选转录组数据库,鉴定出嗅觉相关基因。【结果】成功构建了大蜡螟触角转录组,经序列拼接获得188 278条unigenes,平均长度为781 bp,N50为1 161 bp。使用BLAST软件将大蜡螟触角unigenes序列与7大公共数据库比对,共注释到108 047条unigenes,其中NR数据库注释的unigenes最多,为78 746条,占41.82%,且NR注释的大蜡螟unigenes中与家蚕Bombyx mori类似基因最多,为18.4%。将unigenes与GO数据库比对发现,共有69 794条unigenes注释到GO数据库中,按照其所参与的生物过程、细胞组分和分子功能对其进行GO功能分类,共含有55个亚类,其中参与结合和催化功能及代谢过程的unigenes比例较大;KEGG代谢途径分析表明,14699条unigenes形成231条代谢通路,其中被注释在信号传导通路中的unigenes最多,为2 401条,占16.33%。进一步基因注释分析,鉴定得到226个候选嗅觉相关基因,包括52个气味结合蛋白(Odorant binding proteins,OBPs)基因,36个化学感受蛋白(Chemosensory proteins,CSPs)基因,80个气味受体(Odorant receptors,ORs)基因,56个离子型受体(Ionotropic receptors,IRs)基因和2个感觉神经元膜蛋白(Sensory neuron membrane proteins,SNMPs)基因;通过比较雌、雄大蜡螟转录组鉴定出114个差异表达基因,包括5个嗅觉相关基因(OBP8、OBP17、CSP3、CSP34和OR15);114个差异表达基因中,66个基因在雌蛾触角中高表达,48个基因在雄蛾触角中高表达。【结论】本研究获得了大蜡螟触角转录组数据,并鉴定出候选嗅觉相关基因,结果为进一步研究大蜡螟的基因功能及嗅觉感受机制奠定分子基础。
关键词： 大蜡螟 触角转录组 高通量测序 基因注释 嗅觉相关基因 差异表达基因
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