科研产出
云南大花蕙兰复合感染的ORSV和CyCMV病毒基因组序列特征分析
《园艺学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：从云南丽江采集了40个大花蕙兰（Cymbidium hybridum）感病样品，利用高通量转录组测序对其中的病毒种类进行分析，Blastn N比对发现样品中存在建兰花叶病毒（cymbidium mosaic virus,Cym MV）、齿兰环斑病毒（odontoglossum ringspot virus,ORSV）和建兰褪绿花叶病毒（cymbidium chlorotic mosaic virus,Cy CMV）。利用RT-PCR对样品中病毒分离物的CP序列进行扩增，10份样品为ORSV和Cy CMV复合侵染。为进一步明确ORSV和Cy CMV云南分离物（ORSV-DH和Cy CMV-DH）的序列特征，分别对其全基因组序列进行了扩增及克隆，结果表明：ORSV-DH基因组全长序列为6 611 nt(Accession No.OP644547),Cy CMV-DH基因组全长序列为4 083 nt(Accession NO.OP629812），将ORSV-DH和Cy CMV-DH分别与已报道的分离物的全基因组序列进行核苷酸序列分析，发现ORSV-DH与其他分离物的核苷酸相似性为97.69%～99.41%,Cy CMV-DH为89.84%～98.19%。根据病毒全基因组核苷酸序列分别构建了ORSV-DH和Cy CMV-DH与本属其他分离物的系统进化树，明确了其分别与日本分离物ORSV-Cy-1(S83257）、Cy CMV-Japan(NC＿027123）亲缘关系最近。
关键词： 大花蕙兰 齿兰环斑病毒 建兰褪绿花叶病毒 基因组序列特征 复合侵染
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TaqMan探针双重实时荧光定量PCR法同步检测兰花中的建兰花叶病毒和齿兰环斑病毒
《植物保护 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为建立一种同步定量检测建兰花叶病毒(cymbidium mosaic virus,CymMV)和齿兰环斑病毒(odontoglossum ringspot virus,ORSV)的高效检测方法,本研究根据CymMV和ORSV CP基因高度保守区分别设计引物和探针并筛选,获得156 bp和148 bp的靶标序列及对应的最优特异性引物探针组合,建立了基于TaqMan探针的双重实时荧光定量PCR方法.该方法最低检出限为1拷贝或6.2×10-3fg,最低稳定检出限为10拷贝或6.2×10-2 fg,是RT-PCR的10~100倍;构建的标准曲线线性关系良好,扩增效率分别为97.7%和100.2%,相关系数R2 分别为1.000和0.999;对其他5种常见病毒均无扩增曲线,检测特异性强;批组内与批组间重复性试验Ct值变异系数≤0.60%,重复性和稳定性好.利用该方法和基因芯片法分别对4个种属的66个兰花样品进行方法验证,该方法相较于基因芯片法检出率提高了 53.85%(CymMV)和162.5%(ORSV).综上所述,本方法可同时高通量检测CymMV和ORSV 2种病毒靶基因,结果可靠,应用前景广阔,可为开展病毒精准鉴定、科学防控以及从源头遏制病毒传播提供技术支撑.
关键词： 建兰花叶病毒 齿兰环斑病毒 TaqMan探针 RT-qPCR 兰花
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