科研产出
稻瘟病抗性对根际土壤微生物多样性的影响
《生态科学 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为了解稻瘟病抗性与根际土壤微生物之间的关系,在云南宜良大田条件下对6个稻瘟病单基因系Piz、Pib、Pikh、Pi19、Pi3、Pita和受体"丽江新团黑谷"(LTH)进行了诱发鉴定,利用ITS1和16S rDNA高通量测序技术对土壤根际真菌的ITS1序列以及细菌16S rDNA区片段进行了分析.结果显示单基因系Piz、Pib、Pikh表现抗病,Pi19、Pi3、Pita和LTH表现感病;子囊菌门(Ascomycota)是真菌的优势门(73.41%),变形菌门(Proteobacteria)是细菌的优势门(32.48%),7个土样在主要微生物种类组成上相似;抗、感单基因系根际土壤真菌在罗兹菌门(Rozellomycota)(分别为7.69%和14.66%,LTH为5.59%)及其下属的罗兹菌种(Rozellomycota_sp)(分别为6.97%和13.99%,LTH为5.59%)和担子菌门(Basidiomycota)的伞菌纲(Agaricomycetes)(分别为1.2%和0.7%,LTH为1.7%)及伞菌目(Agaricale)(分别为1.1%和0.5%,LTH为1.6%)上存在显著性差异(P<0.05);细菌在变形菌门(Proteobacteria)的 γ-变形菌纲未鉴定的目上存在显著性差异(P<0.05),相对平均丰度分别为10.02%和11.65%,受体LTH为8.55%,表明水稻抗性对根际土壤微生物丰度有影响.结果为探究稻瘟病的抗病机理和生物防治提供了线索.
关键词： 稻瘟病 单基因系 土壤真菌 土壤细菌 ITS1 16S rDNA
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云南省四个草地贪夜蛾种群肠道细菌群落多样性及差异分析
《植物保护学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为明确草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda肠道细菌与环境适应性的关系,采集云南省嵩明（Songming,SM）、彝良（Yiliang,YL）、勐海（Menghai,MH）和澜沧（Lancang,LC）4个县的草地贪夜蛾种群,利用16S rDNA测序分析其肠道细菌的组成以及结构,对其差异性进行分析,并预测菌群的潜在功能。结果显示,4个草地贪夜蛾种群肠道共获得399个OTU序列,分布于17门25纲41目63科105属149种。在属水平上,草地贪夜蛾肠道优势细菌是苍白杆菌属、埃希氏菌属、乳杆菌属、荚膜菌属、鞘氨醇单胞菌属和肠球菌属,所占比例分别介于43.82%～91.75%、0.55%～21.14%、0.16%～21.52%、0.30%～6.50%、0.20%～4.20%和2.19%～3.64%之间。草地贪夜蛾SM种群和YL种群、LC种群和MH种群肠道菌群的相似性较高。草地贪夜蛾肠道细菌主要参与了物质代谢的过程,且行使代谢功能的肠道细菌在LC种群和MH种群中的相对丰度较高,SM种群参与代谢的相对丰度最低,这可能与当地气候条件有关。
关键词： 草地贪夜蛾 肠道细菌 16S rDNA 群落多样性 聚类分析 相对丰度
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云南蔓草虫豆丛枝植原体16S rDNA和secY基因序列分析
《云南农业大学学报(自然科学) 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】为确定在云南元谋地区蔓草虫豆上发生的疑似丛枝病的病原种类。【方法】利用植原体16S rDNA基因及secY基因通用引物对蔓草虫豆感病植株总DNA进行直接PCR和巢式PCR扩增、克隆和测序,分别获得1.8 kb和1.7 kb的16S rDNA、secY基因片段。【结果】16S rDNA片段i PhyClassifier在线虚拟RFLP及系统进化分析表明:蔓草虫豆丛枝植原体属于16SrII-A亚组成员(相似系数为1.00),与候选种Candidatus Phytoplasma australasiae相关。基于secY基因同源性比对及构建的系统进化树,表明该株系与来源于云南、台湾的花生丛枝植原体组各株系的亲缘关系最近,确定了该株系属于16SrII-A亚组成员。该分类结果与基于16S rDNA基因的分析结果一致。【结论】本研究首次采用分子生物技术确定了云南元谋蔓草虫豆丛枝病的病原是植原体,明确了其分类地位,该结果可为该病害的早期诊断、检测提供理论依据。
关键词： 蔓草虫豆丛枝病 植原体 16S rDNA secY基因 序列分析
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基于16S rDNA序列分析研究根腐病三七根内可培养细菌的多样性
《中草药 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：目的分析根腐病三七根内可培养细菌的多样性。方法用牛肉膏蛋白胨培养基分离根腐病三七根内的细菌,经细菌通用引物27F/1492R扩增16S rDNA后,分别用Rsa I和Hin6 I限制性内切酶对扩增产物进行酶切,结合限制性片段长度多态性(RFLP)分析方法和DNA测序技术,对分离自根腐病三七根内的细菌进行初步鉴定。结果根腐病三七根内的细菌分属于8个类群,依占总菌数的比例分别是芽孢杆菌属Bacillus 22.47%、无色杆菌属Achromobacter 5.62%、寡养单胞菌属Stenotrophomonas 5.62%、类芽孢杆菌属Paenibacillus 4.49%、鞘氨醇杆菌属Sphingobacterium 1.12%、苍白杆菌属Ochrobactrum 1.12%、不动杆菌属Acinetobacter 1.12%及肠杆菌科的一些属58.43%。结论泛菌属和芽孢杆菌属是根腐病三七根中的两大优势细菌类群。
关键词： 三七 根腐病 细菌 限制性片段长度多态性分析 DNA测序 16S rDNA 泛菌属 芽孢杆菌
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云南花生丛枝植原体16S rRNA和核糖体蛋白基因序列分析
《植物病理学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：利用植原体16S rRNA基因及核糖体蛋白基因(ribosomal protein,rp)通用引物对发生在云南元谋的花生丛枝病病株DNA进行PCR扩增,并对扩增片段进行序列测定。扩增获得的云南元谋花生丛枝植原体(PnWB-YNym)16S rDNA、16S-23S rDNA和23S DNA片段总长1 806 bp,rp基因扩增片段长1 171 bp。云南株系与来源于台湾和海南的花生丛枝植原体均有较高同源性。比较16S rDNA片段,发现云南株系在5个位点上与来自台湾或海南的株系存在碱基差异,其中有1个位点的差异是云南元谋株系特异的;再分别比较核糖体蛋白rplV-rpsC 2个基因所编码的氨基酸序列,发现云南株系rpsC编码的第194位氨基酸与台湾和海南的株系存在差异。经16S rDNA片段系统进化及iPhyClassifier在线分析,表明PnWBYNym在分类上属于16SrII-A亚组成员,与候选种‘Cand/datus Phytoplasma australasiae'相关;基于rp基因构建的系统进化树表明,PnWB-YNym与16SrII-A亚组各成员聚为同一亚进化支(iii)。
关键词： 云南元谋花生丛枝 植原体 16S rDNA 核糖体蛋白基因 序列分析
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不同症状矮牵牛植株植原体16SrDNA片段的克隆及序列分析*
《华中农业大学学报 》 2005 北大核心 CSCD
摘要： 应用植原体 16SrRNA基因通用引物,分别对表现矮化和扁茎症状的矮牵牛植株进行巢式PCR检测,均得到约 1. 2kb的特异片段。将此特异片段与pGEM -TEasy载体连接并转化到大肠杆菌JM109感受态细胞中,通过PCR鉴定,序列测定及同源性比较分析,结果表明:这 2个植原体株系 16SrDNA片段G+C含量分别为47. 1%和 47. 0%,具有其他柔膜菌纲原核生物 16SrRNA基因碱基组成特征;与 16Sr组中的代表株系 (西方翠菊黄化,SAY)同源率达到最高,分别为 99. 1和 98. 6%,故认为这 2个株系为该组成员之一。
关键词： 矮牵牛 矮化 扁茎 16SrDNA序列 植原体病害
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黄槐丛枝病植原体的检测及鉴定
《植物病理学报 》 2005 北大核心 CSCD
摘要：应用植原体 16SrRNA基因通用引物,对自然表现丛枝的黄槐植株进行巢式PCR检测,得到约 1 2kb的特异片段,证明此植株中存在植原体。将此特异片段与pGEM TEasy载体连接并转化到大肠杆菌JM109感受态细胞中,通过PCR鉴定、序列测定及同源性比较分析,结果表明此植原体株系(STWB)16SrDNA片段G+C含量为 45 8%,与榆树黄化植原体组(Elmyellowsgroup, 16SrVgroup)中的各株系最高同源率可达 99 4%,而与其它组中的株系明显低于 97 0%,故认为该植原体株系为榆树黄化植原体组中的成员之一。
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