科研产出
云南烟草产区辣椒脉斑驳病毒的调查及其遗传多样性分析
《植物保护 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：明确辣椒脉斑驳病毒(chilli veinal mottle virus,ChiVMV)在云南6个州(市)烟草生产区的分布、遗传多样性和群体遗传结构,对病害的防控预警具有重要意义.本研究以2022年采集自云南6个州(市)不同烟草产区的96份疑似感染ChiVMV的烟草样品为试验材料,利用电子显微镜负染色观察和分子生物学方法对病毒进行检测和鉴定,获得21个ChiVMV云南烟草分离物的 cp基因序列.利用SDT、MEGA、RDP、DnaSP及Arlequin等生物学软件对21个云南烟草分离物及NCBI上下载的38个来自不同国家、地区及寄主的ChiVMV分离物cp基因序列的系统进化、遗传多样性和群体遗传结构特征进行分析.结果显示,从云南6个州(市)烟草生产区采集的96份烟草样品中,ChiVMV检出率为51.04%;序列比对发现,本研究获得的cp基因与NCBI中38个ChiVMV分离物cp基因的核苷酸一致性在84.1%以上;系统发育分析发现,59个ChiVMV分离物按照地理位置的远近被划分为4个分支,聚类结果具有明显的地理分布特征,而与寄主植物无关;遗传多样性和遗传分化分析表明,4个地理种群的ChiVMV cp基因遗传多样性水平均较高,中国种群与印度、泰国和其他国家种群间发生了很大的遗传分化且差异显著(P<0.05);遗传力分析显示,基因交流、遗传漂变和基因的负选择压力是ChiVMV分离物适应性进化的重要方式.
关键词： 辣椒脉斑驳病毒 云南 遗传多样性 遗传结构 cp基因
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贵州黔西南烟草中辣椒脉斑驳病毒的鉴定及遗传多样性分析
《植物病理学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为明确贵州黔西南烟草中辣椒脉斑驳病毒(chilli veinal mottle virus,ChiVMV)的遗传多样性和分子进化特征,本研究以2021-2022年采集自贵州省黔西南州兴义市的52份疑似感染ChiVMV的烟草样品为实验材料,利用马铃薯Y病毒属(Potyvirus)通用引物和ChiVMV特异性引物进行RT-PCR检测、克隆和测序,并结合GenBank中已公布的相关序列对分离获得的16个ChiVMV贵州烟草分离物进行基于外壳蛋白(coat protein,CP)CP基因的遗传多样性和分子进化分析.结果显示,所获得的ChiVMV贵州烟草分离物与GenBank中其他36个分离物CP基因的核苷酸一致性为84.79%~99.65%;基于ChiVMV CP基因的系统进化分析发现,52个不同来源的ChiVMV分离物在进化上可以聚为3个不同的分支,聚类结果具有明显的地理分布特征;遗传多样性和进化分析结果表明,各群体受到地理分布的影响而表现出较高的遗传多样性,各群体间的遗传分化显著且基因交流频率较低.研究结果为ChiVMV抗病品种的选育和该类病毒病的防治具有重要意义.
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滇黑两省黄瓜花叶病毒南瓜分离物外壳蛋白基因序列分析
《园艺学报 》 2006 北大核心 CSCD
摘要：利用免疫捕捉多聚酶链式反应(Immuno-Capture PCR,IC-PCR)方法从南瓜的两个黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)云南分离物(CMV-YN)和黑龙江分离物(CMV-HLJ)中扩增获得约700bp的外壳蛋白(Coat protein,CP)基因片段,并克隆到pGEM-T载体中。核苷酸序列测定表明,CMV-HLJ和CMV-YN两个分离物CP基因长为657bp,编码219个氨基酸,两个分离物的核苷酸和氨基酸同源性分别达到96.8%和97.4%。和国外CMV亚组Ⅰ6个分离物核苷酸序列同源性在90%以上,氨基酸同源性在97%以上,和亚组Ⅱ6个分离物的同源性分别为66.4%和73.4%。和国内亚组Ⅰ10个分离物的核苷酸同源性都在89.5%以上,氨基酸同源性在93%以上,而和亚组Ⅱ两个分离物的同源性分别为68.3%和73.5%。序列分析结果表明CMV-HLJ和CMV-YN两个分离物属于CMV亚组Ⅰ。
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