科研产出
云南水稻种质资源的遗传多样性分析
《植物遗传资源学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：利用基因芯片GSR40K评估了135份来自云南不同海拔地区水稻种质资源的遗传多样性和群体结构。结果显示云南不同海拔地区水稻种质资源具有较丰富的遗传多样性，利用SNP标记进行籼粳特性分型，将种质资源分为籼稻类型、偏籼类型、中间类型、粳稻类型和偏粳类型；利用单倍型标记和功能标记鉴定了与育种相关的82个基因，结果表明135份材料都含有非落粒性相关的基因，接近70%的水稻品种含有稻瘟病抗性基因，含有抗虫基因及香味基因的品种数量较少；利用聚类和主成分分析将135份材料分成7个亚群，通过遗传分化指数GST值评估每一个标记位点在7个亚群之间的分化程度，结果表明7个亚群间存在高度的遗传分化，且135份水稻品种基因组区域上至少有0.09%的区域是完全不一样的，而有0.08%的区域是频繁交流和固定的，因此不同亚群间的基因交流频率极低。利用亚群间海拔高度的差异，分析群体间的差异基因组区域，推测可能是与海拔适应性相关。本研究结果为云南地方水稻资源的有效保护和高效利用提供科学依据。
关键词： 遗传多样性 群体结构 基因芯片 SNP标记 遗传分化
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水稻Epagri108铁毒胁迫条件下表达谱芯片数据分析
《分子植物育种 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：铁是水稻必需的微量营养元素之一,但是土壤中积累过量亚铁盐会对水稻造成毒害作用。本研究通过生物信息学方法挖掘水稻Affymetrix表达谱芯片的数据,研究水稻种质Epagri108在铁毒胁迫处理和对照条件下的基因差异表达情况。结果显示,筛选到差异倍数在2倍及以上的基因407个,以对照处理组作为参照,铁毒胁迫条件下上调基因330个,下调基因77个。Gene Ontology和信号通路分析结果表明,这些差异表达基因主要涉及氧化还原反应、糖代谢、氨基酸代谢等生物学过程。本研究通过挖掘这些数据,初步探讨水稻在铁毒胁迫处理条件下的基因表达模式,为进一步揭示水稻耐受铁毒胁迫相关的分子机制提供了科学依据。
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盐胁迫条件下不同基因型籼稻表达谱芯片数据分析
《分子植物育种 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：盐胁迫是制约水稻产量的主要逆境因素之一,特别是对幼穗分化期的水稻产量影响尤其显著.本研究以水稻Affymetrix表达谱芯片的数据为例,应用生物信息学方法进行数据挖掘,研究幼穗分化期籼稻耐盐品种FL478和感盐品种IR29在盐胁迫处理条件下的基因差异表达情况.芯片数据分析共筛选到差异倍数在2倍及以上的基因257个,以IR29为参照,FL478中上调基因138个,下调基因119个,主要涉及到β-丙氨酸生物合成、木糖降解、脂肪酸β氧化等生物学过程.通过这些数据挖掘,初步探讨籼稻抗盐胁迫的表达调控机理.本研究为进一步揭示籼稻耐盐性分子机制提供了科学依据.
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疣粒野生稻应答黄单胞杆菌水稻致病变种(Xoo)的基因芯片
《植物生理学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：探讨疣粒野生稻应答黄单胞杆菌水稻致病变种(Xoo)的基因芯片制作,通过芯片杂交筛选抗病相关基因。芯片含有2436个片段,来自于应答Xoo的疣粒野生稻差减文库和cDNA文库,通过芯片杂交及微阵列分析基因表达,选其中800个样品点测序比对。其中,35个无同源序列,大部分有同源序列的功能未知,已知功能的序列中明显上调表达的基因有:富含脯氨酸蛋白、泛素连接酶、伸展蛋白、谷胱甘肽S-转移酶II、脂类转移酶等,明显下调表达的基因有:细胞色素P450单加氧酶、醛缩酶、金属硫蛋白、硫氧还蛋白、热激蛋白等,表达无明显变化的基因有:抗坏血酸过氧化物酶、转铜伴侣、脂酶、花丝温敏H2A蛋白等。高通量基因芯片的利用及微阵列分析是筛选抗病相关基因、获取大量抗病相关信息的有效手段。
关键词： 芯片制备 疣粒野生稻 微阵列 基因表达 黄单胞杆菌水稻致病变种
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不同生态条件下亚麻基因表达谱的基因芯片分析
《中国麻业科学 》 2011
摘要：云南种植的亚麻,其木质素含量比在湖南种植的显著升高。采用基因芯片技术,对湖南沅江和云南昆明栽培的亚麻茎皮组织基因差异表达进行了初步分析。以湖南沅江样品为对照,在9600个cDNA微矩阵点中,云南昆明样品有效差异表达Ratio值I≥2或≤0.5的cDNA序列共2051个,其中上调表达序列674个,下调表达序列1378个。按功能分类,这些差异表达序列主要为细胞结构,其次是能量和蛋白合成。表达差异在8倍以上的序列216个,其中已知功能序列76个,占总数的35.2%。这些高度差异表达序列中,有一些如几丁质酶、MYB转录因子R3是植物细胞壁合成过程的重要基因。
利用基因芯片分析非洲菊花序发育相关基因的表达
《西南农业学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：通过GenBank搜索已发布的花序发育基因序列,设计特异性的引物,采用PCR法扩增,获得了50个相应的基因片段,利用这些基因片段制备基因芯片。应用此芯片与已标记的非洲菊cDNA杂交,比较分析了同一基因在非洲菊不同发育时期的表达情况和同一基因在不同肥料条件下的表达情况。选取基因NM118013、AJ009726和AJ554702分别进行了RT-PCR验证,结果与芯片检测一致。本研究揭示了非洲菊花序基因时空和营养因子作用下的表达规律,有助于了解非洲菊花序的生长发育机理,进而指导非洲菊的遗传育种。
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