科研产出
三种人参属植物的EST-SSR信息分析及其在三七中的应用
《基因组学与应用生物学 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：为了解人参属植物EST中SSR分布特点及其在三七SSR标记中的应用,利用生物信息学方法,用primer3软件对dbEST数据库中人参属植物人参、西洋参和三七的EST序列进行搜索,发现人参属植物EST-SSR出现频率为11.54%,平均每4.39kb出现1个SSR。人参属植物单核苷酸重复基元占主导地位,其次为三核苷酸重复基元和二核苷酸重复基元,分别占总SSR的54.48%、17.31%和16.36%。人参属EST-SSR的优势类型为A/T和AT/TA,分别占54.73%和8.21%。根据人参属植物EST中的SSR设计48对引物,在合适的PCR扩增体系下,用5个三七样品的DNA为模板进行PCR扩增,引物有效扩增率85.42%,其中多态性引物占可扩增引物的70.73%。结果表明,利用人参属EST序列开发三七EST-SSR标记是可行的。
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EST-SSR分析云南茶树资源的遗传多样性和亲缘关系
《核农学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：利用EST-SSR标记对云南134份茶树资源遗传多样性和亲缘关系进行了分析。30对引物共检测到等位位点127个,平均每对引物产生4.23个;共检测到263个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有8.8个;遗传多态性信息含量平均达0.501,高于其它地区的相关研究结果,表明云南茶树资源具有丰富的遗传多样性。资源间的平均遗传距离和相似系数分别为0.413和0.597,说明资源间的遗传差异比较大,遗传基础较宽。聚类可将134份资源划分为4大组。8个种群间的遗传相似系数变异范围为0.753～0.981,平均遗传相似系数为0.891,表明不同种群间的遗传差异比较小。云南茶树资源间亲缘关系的揭示为今后茶树资源保存和新品种选育提供了一定理论依据。
利用ISSR和EST-SSR标记分析茶树遗传多样性的比较
《热带作物学报 》 2009 CSCD
摘要：为了比较EST-SSR和ISSR2种标记在茶树遗传多样性分析上的适用性,应用这2种技术分析了33份茶树资源的遗传多样性。12个ISSR引物共扩增出248条谱带,多态性比率为91.94%,平均多态信息量(PIC)为0.318。30对EST-SSR引物每个位点平均等位基因数为4.9个,平均多态信息量(PIC)为0.499。2种标记都能揭示茶树资源较高的遗传多样性,但从信息量上比较,ISSR标记比EST-SSR标记有较高的分析效率。ISSR和EST-SSR揭示的茶树遗传相似系数分别为0.709和0.734,二者接近。聚类分析表明二者有一定差异,遗传相似系数矩阵相关性分析结果表明2种标记间存在一定的正相关性(r=0.817,P<0.01)。因此,这2种标记均可适用于茶树遗传多样性分析。
基于差减cDNA文库EST信息的月季花香突变体SSR标记的开发
《遗传 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：在前期月季花香突变体差减文库EST序列信息的工作基础上,文章开发出新的与花香相关的SSR标记。从正反向差减文库391条EST中检索到10条含有10个SSR的序列,SSR的检出率为2.6%,EST-SSR的重复基元共搜索到10种。利用部分EST-SSRs序列设计了6对SSR引物,以花香突变体‘往日情怀’及其野生型‘金银岛’DNA为模板,对引物进行筛选,5对引物有扩增条带,其中3对引物有特异性扩增条带。同时利用这些可扩增的引物对典型芳香和无香两组月季栽培品种进行多态性检测,发现这5对引物均显示多态性。表明所建立的SSR标记是一种可行而有效的方法。
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