科研产出
基于EST-SSR标记的西双版纳苦茶资源遗传多样性分析
《山西农业科学 》 2020
摘要：丰富的遗传变异对提高作物的环境适应性和遗传改良进度至关重要。为了进一步了解西双版纳境内苦茶种质资源的遗传多样性,通过应用28对SSR引物对西双版纳傣族自治州境内的50份苦茶资源材料进行遗传多样性分析。结果表明,共检测到127个等位基因,平均每个位点为4.53;Shannon信息指数在0.92～1.70,最小为SSR01位点(0.92),最大为SSR09位点(1.70),平均每个位点为1.25;多态性信息含量在0.444～0.777,最小为SSR01位点(0.444),最大为SSR09位点(0.777),每个位点平均值为0.614。聚类分析结果显示,50份供试材料分成4个大类和多个亚群,其中有2个大类只有2份资源材料,其余46份材料分布在另2个大类多个亚群中。聚类结果与多态性信息含量和Shannon信息指数分析结果一致,表现出丰富的遗传多样性。研究结果可为西双版纳苦茶资源的育种和创新利用提供研究基础。
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基于EST-SSR标记的云南大叶茶资源遗传多样性分析
《山东农业科学 》 2018
摘要：丰富的遗传变异对提高作物的环境适应性和加快遗传改良进度至关重要。为进一步了解云南大叶茶种质资源的遗传多样性,利用28对SSR引物对94份大叶茶种质材料进行遗传多样性分析,结果共检测到等位基因128个,平均每个位点为4.57个;Shannon信息指数(I)在0.91~1.66之间,最小为5087位点0.91,最大为1696位点1.66,平均每个位点为1.30;多态性信息含量(PIC)数值在0.476~0.753之间,最小为5087位点0.476,最大为1696位点0.753,平均值为0.64;平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.71、0.70。通过对94份供试材料来源地遗传分化分析和聚类分析表明,材料的遗传变异主要存在于不同来源地之间而非同一来源地内。并且多数同一来源的材料分散在不同类群中,材料来源地间遗传距离与地理距离不存在显著的相关性。研究认为,聚类结果与多态性信息含量等参数值分析结果一致,表现出丰富的遗传多样性。这可为云南茶树资源的育种和创新利用提供研究基础。
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民族药青叶胆EST-SSR反应体系建立及引物筛选
《时珍国医国药 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：目的采用EST-SSR标记遗传多样性能研究。方法以青叶胆叶片为材料,采用改良CTAB法提取DNA,通过单因素筛选法及L16(45)正交试验对模板DNA、d NTPs、引物、Taq酶及Mg~(2+) 5个因素进行优化试验。结果最佳反应体系为(20μl):50 ng模板DNA,150μmol/L d NTPs,0.1μmol/L引物,1.5 U Taq酶,2.5μmol/L Mg2+。从52对引物中初步筛选出10对条带清晰、多态性好的引物。结论本实验获得的优化体系能稳定用于青叶胆EST-SSR分子标记,为遗传多样性、亲缘关系分析及遗传作图等研究工作奠定了重要基础。
关键词： 青叶胆 EST-SSR 正交设计 体系优化 引物筛选
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三种植物EST-SSR引物在滇重楼上的通用性分析
《西南农业学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：为了筛选适合用于滇重楼种质资源整理、评价和遗传研究的SSR标记,首次利用百合(35对)、延龄草(10对)、薯蓣(5对)的EST-SSR标记对5份滇重楼材料进行PCR扩增,分析3种植物引物在滇重楼中的通用性。结果显示,40对引物在滇重楼中能有效扩增,占引物总数的80.0%,其中32对引物具有多态性,占引物总数的64.0%,引物通用率较高;利用15对具有多态性的引物对35份滇重楼材料进行多态性检测,等位基因数(A)、有效等位基因数(Ae)、Nei’s基因多样性(H)、Shannon指数(I)及多态位点百分比(PPB%)分别为1.9955、1.2634、0.1811、0.3075和99.5%,滇重楼显示出较为丰富的遗传多样性。3种植物的ESTSSR引物在滇重楼中具有较高的通用性,通过对3种植物EST-SSRs引物的开发,有助于重楼属在遗传多样性、基因定位、连锁图谱的构建及比较基因组学等方面的研究。
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基于EST-SSR标记的云南大茶树遗传多样性分析
《华北农学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：应用EST-SSR标记技术对云南省不同区域采集的39份古茶树资源进行了遗传多样性和亲缘关系研究。结果表明:43对EST-SSR引物共扩增出121条多态性谱带,有效等位基因变异占比重的73.88%。多态性信息量PIC值为0.05~0.74,平均为0.469。基因多样性指数平均值为0.53,Shannon指数平均值为0.81,均高于0.5。遗传相似系数0.41~0.91,平均值为0.65,显示云南大茶树的遗传基础相对比较宽,具有较高的遗传多样性水平。SSR聚类分析表明,大茶树的遗传距离和亲缘关系与地理分布有一定的关系,在分子水平上显示了部分云南大茶树的亲缘关系,有助于今后野生大茶树的保护及利用研究。
基于EST-SSR标记的云南野生茶树遗传多样性分析
《江苏农业科学 》 2013 北大核心
摘要：通过使用27对EST-SSR引物对100份野生茶树资源和22份栽培品种进行了遗传多样性和亲缘关系的分析。结果表明:27对引物共检测到多态性带88条,有效等位基因变异所占比重为69.01%;基因型183个,基因型变幅在4~11之间,平均6.78个;Shannon指数在0.32~1.35之间,平均0.88;期望杂合度(0.52)与观测杂合度(0.52)一致;多态杂合率平均为0.48,接近0.50;Nei氏指数平均为0.51,高于0.50;多态信息量PIC值平均为0.52,高于0.50,说明云南野生茶树的遗传多样性丰富。122份材料聚类为14个组。亲缘关系树状图在分子水平上显示了我国云南野生茶树种质资源的亲缘关系,为今后种质资源的保存、开发和研究提供了一定的依据。
云南大茶树遗传多样性的EST-SSR分析
《第十五届中国科协年会第20分会场：科技创新与茶产业发展论坛论文集 》 2013 CSCD
摘要：应用EST-SSR标记技术对云南省不同区域采集的39份古茶树资源进行了遗传多样性和亲缘关系研究。结果表明:43对EST-SSR引物共扩增出121条多态性谱带,有效等位基因变异占比重的73.88%。多态性信息量PIC值在0.049～0.737之间,平均为0.469。基因多样性指数平均值为0.533,Shannon指数平均值为0.812,均高于0.5。遗传相似系数在0.414～0.907之间,平均值为0.653,显示云南大茶树的遗传基础相对比较宽,具有较高的遗传多样性水平。SSR聚类分析表明,大茶树的遗传距离和亲缘关系与地理分布有一定的关系,在分子水平上显示了部分云南大茶树的亲缘关系,有助于今后野...
虫草属EST-SSR标记系统的建立研究
《中国中药杂志 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：目的:通过球孢虫草、蛹虫草EST设计EST-SSR引物,建立虫草属EST-SSR标记系统。方法:从NCBI公共数据库下载获得虫草EST,利用Sequece Seiners 1.2软件去除冗余序列并设计引物,进行PAGE电泳。结果:通过去除EST总序列中低质量的和冗余的序列后,得到全长为2 953 173 bp的4 556条无冗余球孢虫草EST。从中发掘出718个EST-SSR,分布于616条EST中,出现频率是15.8%。平均分布频率是每4 096 bp出现1个,三核苷酸重复序列有419个,是出现最多的重复类型。蛹虫草EST去冗余后得到1 363条无冗余EST,共含有1 117个EST-SSR,出现频率为81.95%,出现最多的重复类型是A核苷酸重复。根据球孢虫草EST-SSR序列,设计合成50对引物,有扩增产物的引物为34对,占总设计引物数的68%。根据蛹虫草EST-SSR,设计合成40对引物,有扩增产物的引物为39对,占总设计引物数的97.5%。基于SSR标记进行聚类分析,7种虫草无性型均能分开,且分为4支。结论:虫草属EST-SSR出现频率较高、类型较丰富、多态性潜能较高,具有较高的利用价值。球孢虫草和蛹虫草EST开发的SSR标记在虫草属有较好的转移性与通用性,可以很好的应用于虫草种间遗传关系的研究。应用虫草物种EST建立分子标记是一条简便而又有效的途径。
关键词： 虫草属 球孢虫草 蛹虫草 EST-SSR 引物设计
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云南茶树资源遗传多样性分析(英文)
《西北植物学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：利用EST标记对云南134份茶树资源遗传多样性和亲缘关系进行了分析.结果显示:(1)30对引物共检测到等位位点127个,平均每对引物产生4.23个;共检测到263个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有8.8个,遗传多态性信息含量变异范围为0.014~0.736,平均达0.501.(2)资源间的平均遗传距离和相似系数分别为0.413和0.597,聚类可将134份资源划分为4大组.(3)8个种群间的遗传相似系数变异范围为0.753~0.981,平均遗传相似系数为0.891.结果表明,云南茶树资源间的遗传差异比较大,遗传基础较宽,具有丰富的遗传多样性,而不同种间的遗传差异比较小.
茶树EST-SSRs特点及应用
《西北农业学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：利用NCBI公共数据库下载获得的3 306条茶树EST,去除其中低质量和冗余的序列,得到全长为635.46 kb的1 335条无冗余EST,在这些序列中共发现216个SSR,分布于185个EST中,出现的频率为16.18%,平均每2.94 kb的表达序列中有1个SSR。茶树的EST-SSR类型丰富,其中二核苷酸重复出现的频率最高,占主导地位。利用Primer 5.0软件从185条含有SSR的EST中设计引物100对,从中随机选取60对引物检测EST-SSR在云南茶树资源中的多态性。结果表明,有30对引物在供试的63份茶树资源中得到有效扩增,并具有多态性;共检测到等位基因数71个,每对引物检测出的等位基因数2~8个,平均4.9个;多态信息量(PIC)变幅为0~0.731,平均为0.499;观察杂合度变幅为0~0.970,平均0.392。EST-SSR标记分析表明云南茶树资源具有较高的遗传多样性。
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