科研产出
滇龙胆居群遗传多样性和遗传结构分析
《中草药 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：目的 揭示不同分布区滇龙胆Gentiana rigescens的遗传多样性与遗传结构。方法 基于GBS（genotyping-by-sequencing）简化基因组（reduced-representation genome sequencing,RRGS）技术对采自云南、四川和贵州的19个居群147株滇龙胆进行测序；利用样本SNPs数据集结合聚类树分析、主成分分析、遗传结构分析、Mantel检验等方法，从基因组水平研究滇龙胆居群的遗传多样性与遗传结构；结果 聚类树分析、主成分分析及遗传结构分析显示，不同分布区采集的样品有明显的基因型差异；依据样品地理来源，19个居群大致可分为横断山区（分布于滇西北和川西南的居群）及云贵高原（分布于滇西、滇中、滇东南及贵州的居群）2个亚群。通过观测观测杂合度（observed heterozygosity,Ho）、期望杂合度（expected heterozygosity,He）、多态信息含量（polymorphic information,PIC）、Shannon多样性指数（shannon’s diversity index,I）、Nei’s多样性指数（Nei’s gene diversity,Nei’s）、核苷酸多样性（nucleotide diversity，π）比较，发现云贵高原的居群遗传多样性高于横断山区的居群(云贵高原居群遗传多样性参数均值：Ho=0.052,He=0.110,PIC=0.088,I=0.164,Nei’s=0.127，π=1.677×10-3；横断山区居群遗传多样性参数均值：Ho=0.051,He=0.098,PIC=0.077,I=0.144,Nei’s=0.114，π=1.175×10-3)；居群遗传分化系数（genetic differentiation index,FST）和基因流（gene flow,Nm）分析显示，滇龙胆居群间存在一定的遗传分化和基因流；遗传变异分析（AMOVA）显示滇龙胆种内变异主要来自居群内；基于23个环境变量的环境差异分析显示，横断山亚群与云贵高原亚群生境的热量与UV-B辐射存在差异；Mantel检验显示，居群间的遗传分化主要由环境差异导致，其中UV-B辐射与居群FST呈极显著正相关（P＜0.01）。结论 横断山区与云贵高原滇龙胆居群遗传结构和遗传多样性具有差异，分布区UV-B辐射变化可能是驱动滇龙胆居群遗传分化的重要因素。
关键词： 滇龙胆 遗传多样性 遗传结构 简化基因组测序 资源评价
全文链接
请求原文
191份云南野生甘蔗种质资源采集及遗传多样性分析
《南方农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】收集云南野生甘蔗种质资源，并进行遗传多样性分析，筛选出优异种质资源，为甘蔗遗传改良提供优良亲本，也为利用和保护甘蔗野生种质资源提供理论依据。【方法】甘蔗野生种质资源采集按每隔30 km或海拔落差100 m取样1次，记录考察采集路线地理信息，调查表型性状和采集图像，并取地下根茎（地下种芽）样本保存。通过遗传变异分析、相关分析及聚类分析对6个表型性状进行综合评价，并分析其遗传多样性。【结果】甘蔗野生资源考察队历时20 d途经11个县（市）51个乡镇，共采集到191份甘蔗野生种质资源，隶属于3个属5个种，其中滇蔗茅（Erianthusrockii）42份、割手密（Sacchuramspontaneum）53份、芒（Micanthussinensis）20份、斑茅（Erianthusarundinacius）35份、蔗茅（Erianthus fulvus）41份，主要分布于23°12′0″N～25°18′0″N,101°51′0″E～104°36′0″E和海拔208.45～2238.71 m地理区域。甘蔗野生资源种间表型性状变异丰富，表型性状的变异系数18.33%～51.76%，其中割手密的平均变异系数最高，为40.95%，其次为斑茅，平均变异系数为38.61%，芒的平均变异系数最小，为33.80%。纬度和海拔均与叶宽、株高和茎径呈极显著负相关（P＜0.01），而锤度与经度、纬度和海拔无显著相关性（P＞0.05）。通过聚类分析及优异资源筛选，发现滇蔗茅种质第Ⅲ类群（Er2021-29）、割手密种质第Ⅱ类群（Sp2021-25、Sp2021-26和Sp2021-21）、芒种质第Ⅱ类群（Ma2021-15），斑茅种质第Ⅳ类群（Ea2021-8）、蔗茅种质第Ⅰ类群（Ef2021-1）共7份材料产量性状和品质性状优良。【结论】此次野生甘蔗种质资源采集行动弥补国家甘蔗种质资源圃（开远）在云南省境内部分县（市）考察盲区系统调查的空白，且采集的191份甘蔗野生种质资源表型性状具有丰富的遗传多样性，部分特异材料具有其他甘蔗野生资源所不具备的优异性状，有7份种质综合表现优异，具有较大的利用潜力。
全文链接
请求原文
茶树品种紫娟及其诱变后代生化成分分析和聚类分析
《湖北农业科学 》 2022 北大核心
摘要：对茶树品种紫娟及其诱变后代进行生化成分分析和聚类分析.结果表明,春季、夏季紫娟及其诱变后代的生化成分含量各有差异,其中两季变异系数最大的是花青素含量,都达70%以上.通过微卫星标记进行遗传多样性分析,结果表明,紫娟与诱变后代相比,其遗传距离都大于0.7,其中亚群诱变后代ZJ07和ZJ15之间的遗传距离最大达0.9以上.生化成分分析和聚类分析都表明,紫娟及其诱变后代遗传多样性较丰富,特别是茶多酚的含量及变异系数,其中春茶的变异系数为13.99%,夏茶的变异系数较低,为6.57%,因此可以得出,样本间的遗传距离越大,茶多酚的含量越高.
全文链接
请求原文
基于SSR标记的花菜类作物遗传多样性及群体结构分析
《西南农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]为了解花菜类种质的遗传基础,分析种质群体的亲缘关系,为花菜育种提供参考.[方法]选用22对SSR引物,利用毛细管电泳荧光检测技术对96份花菜类种质材料进行遗传多样性分析,根据Nei's遗传距离和非加权配对法(UPGMA)进行聚类分析以及以Structure软件的混合模型聚类法推断材料构成群体的遗传结构.[结果]22对引物在96份材料中共扩增出91个等位位点,平均每对引物为4.136个.从22对引物中筛选出了 10对条带清晰、稳定性好的多态性引物,可用于花菜类作物种质资源的鉴定和研究.根据花球性状,将材料分为青花菜(24份)以及花椰菜(72份)2个组群,经多态性分析,2个组群的观察等位基因数值(Na)分别为2.727和3.091;有效等位基因数(Ne)分别为1.910和1.841;Shannon's指数(I)分别为0.675和0.667,说明这2个组群的遗传多样性均不够丰富.聚类分析也将96份材料分为2个组群,第I组为24份青花菜材料,包括1份西兰苔杂交种和23份青花菜杂交种;第Ⅱ组为72份花椰菜材料,包括29份花椰菜自交系、36份花椰菜杂交种和7份花椰菜主栽品种.花椰菜自交系被分到了 4个亚群,但在各亚群中材料之间的遗传距离较小,杂交组配时,选用不同亚群的自交系进行组配,以获得更大的杂交优势.群体结构分析中,当K=2时,AK出现明显的峰值,最大值为1658.48,为最佳群体组群数,与聚类分析结果基本一致.且96份材料的Q值均大于0.6,说明该花菜资源的遗传结构较为单一.[结论]所参试材料种质群体内遗传多样性不够丰富,遗传背景单一,亟需重视对遗传背景差异大、亲缘关系远的种质资源的发掘利用,加强种质材料共享和交流,促进花菜种业发展.
全文链接
请求原文
69份大果番茄种质资源的遗传多样性和聚类分析
《中国果菜 》 2022
摘要：为有效利用和开发大果番茄种质资源,以收集到的69份大果番茄为研究材料,对其相关的25个表型性状(14个质量性状和11个数量性状)进行遗传多样性和聚类分析.结果表明,在质量性状中多样性指数最高的是萼片形状(1.33);数量性状中最高的是果实纵径(2.03);变异系数最大的是果柄洼木栓化大小(46.32%);在欧氏距离12处将供试材料分为5个类群,第3类群的6个材料,果实最大,平均单果质量为215.78 g,无绿肩、无簇生花、无畸形果,田间表现最良好,可做优良的种质资源进一步应用于大果番茄的育种和生产中.
全文链接
请求原文
西南麦区96份小麦育种材料重要农艺性状的遗传多样性分析
《南方农业学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析西南麦区小麦育种材料的遗传多样性,为云南小麦育种的亲本选择及优质资源挖掘提供理论参考。【方法】对种植于云南楚雄的96份西南麦区小麦育种材料的11个数量性状和5个质量性状进行调查和测定,计算其变异系数和遗传多样性指数,并利用这些数量性状进行相关分析、主成分分析和聚类分析。【结果】96份小麦育种材料数量性状的平均变异系数和平均遗传多样性指数均大于质量性状;11个数量性状的平均变异系数为33.83%,其中白粉病的变异系数最高（70.28%）,生育期的变异系数最低（4.35%）;平均遗传多样性指数为1.6591,其中每穗粒数的遗传多样性指数最高（2.0701）,粒质和叶锈遗传多样性指数最低（0.9461）;5个质量性状的平均变异系数25.93%,其中粒色的变异系数最高（55.05%）,壳色的变异系数最低（0.00%）,平均遗传多样性指数为0.6383,其中穗型的遗传多样性指数最高（1.1892）,壳色的遗传多样性指数最低（0.0000）。相关分析结果显示,11个数量性状间存在不同程度的相关性,其中产量与每穗粒数和千粒重呈极显著正相关（r=0.452**和0.479**,P<0.01）,与分蘖数和叶锈病呈显著正相关（r=0.213*和0.245*,P<0.05,下同）,与白粉病呈显著负相关（r=-0.233*）,与其他性状均有一定的相关性但不显著（P>0.05）。主成分分析结果显示,主要信息集中在前4个主成分因子,累积贡献率达87.721%,因子1为产量相关因子,因子2和因子4为抗病性相关因子,因子3为生物量相关因子。聚类分析结果显示,在阀值为0.785处将供试材料分为六大类群,且不同类群表型性状存在一定差异,各类群均具有其独特的特征。【结论】不同地区的材料性状特征存在一定差异,但各地区间小麦育种材料的交流致使部分品种材料具有相同的性状特征。在育种实践中需在当地开展鉴定,分析所引进材料的特征特性,同时杂交组配时应优先考虑亲本的优势性状互补,其次才考虑地理来源。
全文链接
请求原文
21份余甘子果实品质性状的分析和评价
《中国热带农业 》 2021
摘要：为了给余甘子种质资源的品种改良和亲本选择提供科学依据,本研究对21份余甘子果实的10项指标进行测试分析。果实品质方面,变幅最大为维生素C,极差为1916,维生素C平均含量为1026.60nmol/g;变异最小的是总糖,变异系数为19.64%,平均含糖量为47.70mg/g鲜重,含量在72.91～31.10mg/g之间,极差为41.81。相关性分析结果显示,总酸与蛋白质、总酚相关显著,与果实纵径、单果重呈负显著相关,与果实横径、果肉厚呈负极显著相关;蛋白质与总酚成极显著相关,与果实横径、果肉厚成负显著相关;SOD活性与总酚含量成显著相关;果实的横径与纵径、单果重、果肉厚成极显著相关。主成分分析将10个性状指标综合为4个主成分,分别为果实横径、总酚、总酸和维生素C,4个主成分因子包含了同质园条件下余甘子果实品质性状的绝大部分信息,累计贡献率达93.3%以上。在欧式距离D=1.0处将21份资源分为3个类群:第Ⅰ类群有10份,包括9份广东卷叶种源和1份贵州种源;第Ⅱ类群有9份,包括7份云南永仁居群和2份贵州种源;第Ⅲ类群为大果,包括2份。结果表明余甘子果实品质方面表现出很大的变异;聚类分析能把云南、福建的种质很好的区分开,但两个省和贵州种质都有交集,推测余甘子资源的表型性状可能存在地带性。
全文链接
请求原文
云南地方糯玉米品种主要农艺性状遗传多样性
《热带农业科学 》 2021
摘要：为有效评价和利用云南糯玉米地方品种资源,从400余份云南地方品种糯玉米材料中,筛选出来自云南16个地州市的共48份材料,对其31个农艺性状进行了数量和质量性状遗传多样性、相关性分析、主成分和聚类分析。结果表明:19个数量性状中,变异系数大于10%的有散粉至吐丝（91.4%）,抽雄至散粉（55.2%）,秃尖长（47.1%）,穗位高（26.6%）,千粒重（16.7%）,穗行数（13.9%）,株高（12.6%）,吐丝至成熟（11.7%）,行粒数（11.7%）,轴粗（11.3%）,穗粗（10.8%）,出苗至抽雄（10.7%）,穗长（10.2%）,蛋白含量（10.1%）;12个质量性状的遗传多样性指数从大到小依次为花丝颜色（1.15）、粒色（1.02）、植株整齐度（0.82）、上位穗上叶叶色（0.72）、株型（0.69）、雄穗护颖颜色（0.67）、花药颜色（0.64）、幼苗强弱（0.5）、支持根发达程度（0.48）、轴色（0.38）、雌穗包被完整性（0.29）、子粒大小（0.29）;相关性分析结果表明,生育期与株高、穗位高、子粒大小呈极显著正相关,与蛋白含量（干基）呈极显著负相关;主成分分析的结果表明,前11个主成分累计贡献率达到78.56%;聚类分析结果表明,在遗传距离为11.5时,将48份玉米种质划分为3类。综合以上分析结果,共筛选出11份糯玉米资源,分别在熟期、株高、穗长、秃尖长、穗粗、穗行数、行粒数、千粒重等产量相关指标中具有优异性。
全文链接
请求原文
基于ISSR标记的云南桑褐斑壳丰孢菌遗传多样性分析
《蚕业科学 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为明确云南省桑褐斑病病原菌桑褐斑壳丰孢菌（Phloeospora maculans）的遗传多样性及亲缘关系,采用ISSR分子标记对分离自云南省不同县市的58株桑褐斑壳丰孢菌进行遗传多样性分析。结果显示,物种水平上,Nei’s多样性指数H为0.276 3,Shnanon信息指数I为0.421 0,表明云南桑褐斑病病原菌具有丰富的遗传多样性;遗传距离分析表明,保山和曲靖的菌株种群遗传相似系数最高为0.945 0,亲缘关系最近,保山和蒙自的菌株种群遗传相似系数最低为0.870 6,亲缘关系相对较远;居群每代迁移数Nm为1.889（>1）,表明不同地理种群间存在一定的基因流动;利用NTSYS软件按UPGMA方法聚类分析,58株桑褐斑壳丰孢菌的遗传相似系数在0.69～1.00之间,当相似系数为0.73时,可将58个供试菌株分为4个类群,但菌株并没有按地理来源聚为不同的组,表明菌株之间的遗传多样性与其地理来源无明显的相关性。
关键词： 桑褐斑病 桑褐斑壳丰孢 ISSR标记 遗传多样性 遗传分化
全文链接
请求原文
