科研产出
常绿杜鹃种质遗传多样性分析及SSR指纹图谱构建
《园艺学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：利用马缨杜鹃（Rhododendron delavayi Franch.）基因组测序数据进行genomic-SSR的分布特征分析和多态性SSR引物开发，并对61份常绿杜鹃种质进行亲缘关系分析和指纹图谱构建，以实现种质间亲缘关系聚类及其亲本来源推测。开发出了15对多态性高、稳定性好、亚属间通用性强的SSR引物，在61份种质中共检测到等位基因位点126个，每对引物的平均等位基因数（Na）为8.400，平均有效等位基因数（Ne）为3.4681，平均观测杂合度（H_o）和期望杂合度（He）分别为0.3421和0.5347，平均多态信息含量（PIC）为0.6338。群体遗传结构分析结果将61份常绿杜鹃种质分成3个亚类群，与亲缘关系聚类结果基本一致，结合已知谱系资料推测所引进日本品种的祖先亲本来源于两个不同的分布地，且包括自育品种在内的所有品种均是以常绿杜鹃亚属（subgen.Hymenanthes）常绿杜鹃组（sect.Ponticum）内物种为亲本的杂交种。利用5个SSR标记成功构建出61份常绿杜鹃种质的指纹图谱。
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云南烟草产区辣椒脉斑驳病毒的调查及其遗传多样性分析
《植物保护 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：明确辣椒脉斑驳病毒(chilli veinal mottle virus,ChiVMV)在云南6个州(市)烟草生产区的分布、遗传多样性和群体遗传结构,对病害的防控预警具有重要意义.本研究以2022年采集自云南6个州(市)不同烟草产区的96份疑似感染ChiVMV的烟草样品为试验材料,利用电子显微镜负染色观察和分子生物学方法对病毒进行检测和鉴定,获得21个ChiVMV云南烟草分离物的 cp基因序列.利用SDT、MEGA、RDP、DnaSP及Arlequin等生物学软件对21个云南烟草分离物及NCBI上下载的38个来自不同国家、地区及寄主的ChiVMV分离物cp基因序列的系统进化、遗传多样性和群体遗传结构特征进行分析.结果显示,从云南6个州(市)烟草生产区采集的96份烟草样品中,ChiVMV检出率为51.04%;序列比对发现,本研究获得的cp基因与NCBI中38个ChiVMV分离物cp基因的核苷酸一致性在84.1%以上;系统发育分析发现,59个ChiVMV分离物按照地理位置的远近被划分为4个分支,聚类结果具有明显的地理分布特征,而与寄主植物无关;遗传多样性和遗传分化分析表明,4个地理种群的ChiVMV cp基因遗传多样性水平均较高,中国种群与印度、泰国和其他国家种群间发生了很大的遗传分化且差异显著(P<0.05);遗传力分析显示,基因交流、遗传漂变和基因的负选择压力是ChiVMV分离物适应性进化的重要方式.
关键词： 辣椒脉斑驳病毒 云南 遗传多样性 遗传结构 cp基因
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云南蚕区家蚕微孢子虫遗传多样性分析
《生物技术进展 》 2024
摘要：家蚕微孢子虫（Nosema bombycis）是蚕业生产上一种重要病害——微粒子病的病原体。探讨家蚕微孢子虫种内的遗传多样性，可为云南蚕区家蚕微粒子病的防控提供参考依据。从云南省不同养蚕地区收集了感染微孢子虫的病蚕样品，分离纯化家蚕微孢子虫并提取基因组，克隆SSU rDNA(small subunit ribosomal DNA)和ITS(internal transcribed spacer)序列并进行生物信息学分析。结果发现，云南蚕区Nosema bombycis分离株SSU rDNA序列同源性高达99%以上，遗传距离小于0.006，它们在长度和多个位点存在差异，呈现不同程度的多态性；ITS遗传差异较为显著，序列中存在多碱基的插入或缺失、单碱基的转换和颠换。基于SSU rDNA和rDNA-ITS序列构建系统发生树，结果显示，云南蚕区家蚕微孢子虫分离株系间存在遗传分化，种群间亲缘关系与地理位置无直接联系。研究结果丰富了云南蚕区家蚕微孢子虫的种内遗传多样性。
关键词： 家蚕微孢子虫 遗传多样性 核糖体小亚基 转录间隔区
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云南紫色种皮稻种资源的遗传多样性及其色素含量分析
《江苏农业科学 》 2024 北大核心
摘要：云南紫米资源丰富多样，收集来自云南省11个地州40多个县和地区的紫色稻米资源材料141份，对其农艺性状及紫色种皮中的总黄酮、花青素含量等进行测定，并对来自不同地州的紫米资源的遗传多样性进行分析，以及种皮的色素含量与遗传多样性的相关性进行了研究。结果表明，在县(市)分析单元内云南紫色米地方稻种资源的遗传多样性丰富。利用分布于水稻11条染色体上的40对SSR引物检测出151个等位基因，平均每对引物2.425个，每个标记的基因型多样性指数(H′)平均值为1.946 9,变幅为1.411 9～3.106 9,筛选出4个评价云南地方紫色米资源的理想SSR标记。云南地方不同品种的紫米种皮中总酚、类黄酮含量的离散程度较低；云南地方紫米种皮中总酚、类黄酮、花青素含量之间的相关性达极显著水平，表明它们关系较紧密；但花色素的含量与总酚、类黄酮、花色素含量相关性不显著；云南地方紫米种皮中总酚、类黄酮、花青素和花色素含量与苯丙氨酸酶的活性相关性不显著；而各色素成分的含量与酪氨酸酶活性具有一定的负相关性；总酚、类黄酮、花青素含量与多酚氧化酶的活性达显著或极显著相关，但花色素含量与多酚氧化酶的活性呈负相关。综上所述，本研究对云南紫色种皮稻种资源主要农艺性状、遗传多样性以及色素含量进行分析和评价，将有利于初步探索云南优异紫色种皮的形成机制，为紫色水稻种质资源的利用与创新提供优异的种质。
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云南野生猕猴桃资源不同居群遗传多样性及遗传演化关系
《中国南方果树 》 2024 北大核心
摘要：应用SSR分子标记研究云南10个地理居群野生猕猴桃的遗传多样性及遗传演化关系.结果表明,不同地理居群间的遗传多样性水平差异不大;居群间的遗传一致度在0.989 9~0.999 1之间,遗传分化系数(Gst)在0.001 1~0.174 3之间.威信居群与彝良居群间的遗传一致度最高,遗传距离最小,亲缘关系最近;永善居群与云龙居群间的遗传一致度最低,遗传距离最大,亲缘关系最远.10个居群可分为两大类群,师宗、绥江、西畴和永善4个居群聚为类群Ⅰ,麻栗坡、屏边、云龙、镇雄、彝良和威信6个居群聚为类群Ⅱ.类群Ⅰ内的遗传演化关系可分为2个进化层次,师宗居群与绥江居群之间以及西畴居群与永善居群之间的遗传进化关系最近.类群Ⅱ内的遗传演化关系可分为5个进化层次,麻栗坡居群与屏边居群之间的遗传进化关系最近,云龙居群与威信居群之间的亲缘关系较远.研究结果可为加快云南猕猴桃属种质资源的研究利用提供参考.
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利用SSR标记分析普通野生稻遗传多样性
《广东农业科学 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】揭示中国云南景洪、云南元江、江西东乡、缅甸普通野生稻(Oryza rufipogen Griff.)遗传多样性，以及云南景洪和元江普通野生稻原、异位保存下变异情况。【方法】利用36对SSR标记对来自云南景洪异位保护与原位保护区、云南元江异位保护与原位保护区、江西东乡及缅甸共102份普通野生稻进行检测，开展不同地理来源及不同保存方式下普通野生稻居群遗传多样性比较与聚类分析。【结果】供试普通野生稻检测出等位变异(Na)110个，平均3.056个，变幅为1～5个；Nei's基因多样性指数(I)平均为0.448。不同地理来源Nei’s基因多样性指数大小为：缅甸(0.561)>云南景洪(0.437)>云南元江(0.236)>江西东乡(0.230)，云南景洪和元江的普通野生稻Nei’s基因多样性指数均表现为异位保护区大于原位保护区(云南景洪：0.498>0.131，云南元江：0.264>0.035)。聚类与遗传分化分析显示，供试材料平均遗传相似系数为0.772，变幅0.260～1.000；在遗传相似系数0.635处可将供试材料划分为云南景洪、云南元江、江西东乡及缅甸居群。云南景洪原位保护区与缅甸的普通野生稻遗传距离较近(0.560)，云南元江原位保护区与江西东乡的普通野生稻遗传距离较近(0.552)；而云南元江原位保护区与景洪原位保护区的普通野生稻遗传距离为0.748，表明云南元江和景洪普通野生稻有明显的遗传分化。【结论】不同地区的普通野生稻遗传分化有明显的地域性，云南景洪和元江普通野生稻遗传多样性因原生境居群减少而下降。
关键词： 普通野生稻 SSR标记 遗传多样性 居群 原位保护 异位保护 遗传分化
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玉米种质资源抗两种镰孢穗腐病的大规模鉴定
《植物遗传资源学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：玉米穗腐病是一种主要由拟轮枝镰孢和禾谷镰孢引起的真菌性病害，严重威胁国家粮食安全。随着气候和耕作制度的变化，穗腐病已成为玉米生产上发生最普遍、危害最重的病害之一，大规模的抗病种质资源鉴定有利于解决因优良抗病种质资源缺乏而导致的抗病品种培育困难的问题。本研究在建立了玉米穗腐病高通量抗性鉴定平台的基础上，采用滚动式抗源鉴定策略，在初级鉴定阶段采用单环境、单重复的策略对大量种质进行初步筛选，随后对初级鉴定中的高抗种质进行多重复、多环境、多年份的次级鉴定，逐步淘汰感病种质。2018-2020年间对10524份玉米种质资源进行了抗镰孢穗腐病的初级鉴定，共筛选到191份高抗种质，进一步对高抗种质进行滚动式次级鉴定，最终筛选出18XDHNAM11-20、H5084、M C303等59份具有稳定抗性的种质，其中24份种质在5年的鉴定中均表现为抗病。从59份抗病种质的杂种优势类群看，抗病种质可分为5个类群：温热互导群、国内Reid群、NSS群、SS群及黄改群，基本涵盖国内最主要的杂种优势类群，其中来自温热互导群的抗病材料有24份，占抗病材料总数的41%。本研究抗病种质资源的发掘为玉米抗穗腐病育种提供了重要资源。
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三江并流区域中华蜜蜂遗传多样性分析
《蜜蜂杂志 》 2024
摘要：为探究三江并流区域中华蜜蜂种群遗传多样性,采集了该区域5个采样点41群中华蜜蜂样本.以线粒体DNACOX1基因片段为分子标记实施检测,以已发表的中华蜜蜂线粒体DNA同源序列为参考数据,利用生物信息学软件进行序列比对及遗传多样性分析.分析结果表明(1)序列的A+T碱基平均含量为74.4%,呈现显著的A+T偏倚性;(2)发现32个变异位点,其中转换变异位点31个,转换/颠换变异位点1个,共定义了 34种单倍型;(3)三江并流区域中华蜜蜂种群中存在尚未见报道的独特线粒体DNA单倍型,同时该区域与我国其他地区间存在较多基因交流.
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贵州黔西南烟草中辣椒脉斑驳病毒的鉴定及遗传多样性分析
《植物病理学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为明确贵州黔西南烟草中辣椒脉斑驳病毒(chilli veinal mottle virus,ChiVMV)的遗传多样性和分子进化特征,本研究以2021-2022年采集自贵州省黔西南州兴义市的52份疑似感染ChiVMV的烟草样品为实验材料,利用马铃薯Y病毒属(Potyvirus)通用引物和ChiVMV特异性引物进行RT-PCR检测、克隆和测序,并结合GenBank中已公布的相关序列对分离获得的16个ChiVMV贵州烟草分离物进行基于外壳蛋白(coat protein,CP)CP基因的遗传多样性和分子进化分析.结果显示,所获得的ChiVMV贵州烟草分离物与GenBank中其他36个分离物CP基因的核苷酸一致性为84.79%~99.65%;基于ChiVMV CP基因的系统进化分析发现,52个不同来源的ChiVMV分离物在进化上可以聚为3个不同的分支,聚类结果具有明显的地理分布特征;遗传多样性和进化分析结果表明,各群体受到地理分布的影响而表现出较高的遗传多样性,各群体间的遗传分化显著且基因交流频率较低.研究结果为ChiVMV抗病品种的选育和该类病毒病的防治具有重要意义.
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