科研产出
基于SNP芯片的云南玉米自交系遗传多样性和群体遗传结构分析
《南方农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：[目的]对107个云南玉米自交系进行遗传多样性和群体遗传结构分析,为云南省玉米种质创新、遗传改良、品种管理等提供理论依据,也为今后深入挖掘优良性状相关基因打下基础.[方法]以云南当地推广的107个优良玉米自交系为供试材料,以45个我国常用玉米骨干自交系作为杂种优势群划分的参照,在Axiom?Maize56K SNP Array平台上利用玉米SNP芯片(56K)进行玉米全基因组扫描,并使用Treebest的NJ-tree模型构建系统发育进化树,利用GCTA(全基因组复杂性状分析)工具进行主成分分析,揭示其遗传多样性与群体遗传结构.[结果]从107个云南玉米自交系中检出5533个均匀分布的高质量SNP分子标记位点.基于这些SNP分子标记位点分析结果可知,107个云南玉米自交系的Nei's基因多样性指数(H)为0.2981~0.5000,平均为0.4832;多态信息含量(PIC)为0.2536~0.3750,平均为0.3662;最小等位基因频率为0.5000~0.8178,平均为0.5744.群体遗传结构分析结果显示,K=6时△K最大即供试自交系可划分为六大类群,分别为塘四平头血缘类群、PB血缘类群、335母本血缘类群、自330和旅大红骨血缘类群及2个未知类群,无自交系划分到其他杂交优势群,其中,2个未知类群共37个云南玉米自交系,未能与我国目前已知的10个杂种优势群归在一类.主成分分析结果显示,107个云南玉米自交系与45个我国常用玉米骨干自交系能明显区分,大部分云南玉米自交系集中在我国常用玉米骨干自交系附近,但少数云南玉米自交系与我国常用玉米骨干自交系距离较远.[结论]云南地区玉米种质资源遗传多样性较丰富,含有多个杂种优势群,育种亲本遗传基础丰富,与我国常用玉米骨干自交系能明显区分,且部分与骨干自交系遗传距离较远,可创建新的杂交优势群,具有良好的应用潜力.
关键词： 玉米 SNP芯片 群体遗传结构 遗传多样性 主成分分析
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基于荧光SSR标记的鳄梨种质资源遗传多样性
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：本试验对滇缅地区鳄梨种质资源遗传多样性进行了研究,为鳄梨种质资源保存、评价与利用提供了参考.本研究对采自中国云南德宏、保山、西双版纳、普洱、红河、缅甸克钦邦和掸邦地区共90份鳄梨资源利用毛细管电泳法进行荧光SSR-PCR产物检测,并利用所得结果评价鳄梨遗传多样性水平.7对SSR引物对90份鳄梨资源进行扩增,得到72个等位基因,不同引物扩增的等位基因差异较大,从5到14个不等,平均每个位点含10.29个等位基因.主要等位基因频率在0.238 9~0.811 1之间,平均值为0.434 9;观测杂合度在0.022 2~0.766 7之间,平均值为0.431 7;期望杂合度在0.314 1~0.877 0之间,平均值为0.692 7;多态性信息指数在0.273 2~0.859 9之间,平均值为0.653 5.UPMGA聚类分析表明,遗传相似系数介于0.1~1.0之间,平均值为0.46,在阈值0.41处可分为4大类群.本研究为新品种选育促进产业健康发展和开发利用该地区独特鳄梨资源提供帮助.
关键词： 鳄梨(Persea americana Mill.) SSR 聚类分析 遗传多样性
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90份鳄梨种质资源AFLP遗传多样性分析
《福建农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：【目的】本研究对采自中国云南德宏、保山、西双版纳、普洱、红河和缅甸克钦邦、掸邦地区共90份鳄梨种资资源进行遗传多样性分析,为其新品种选育和种质创新提供参考依据。【方法】采用CTAB法提取鳄梨叶片基因组DNA,利用扩增片段长度多态性分子标记技术,对90份种质资源的基因组DNA进行酶切、连接、预扩增、选择性扩增,电泳分离,银染显色。电泳结果得到"0,1"矩阵,使用POPGENE 32软件计算每对引物的多态性条带、多态性比率、有效等位基因数、遗传多样性指数等指标,同时使用NTSYSpc-2.11F计算种质间遗传相似系数,根据相似性系数进行UPGMA聚类分析和PCA主效应分析,对鳄梨种质资源进行分类。【结果】从24对AFLP引物组合中,筛选出8对扩增条带清晰、多态性高的引物组合,8对引物共扩增出1 165个条带,其中多态性条带有1 163个,多态位点百分率为99.83%;有效等位基因数(Ne)平均1.294 4个;Nei’s基因多样性指数(H)平均0.209 5;Shannon信息指数(I)平均0.353 0。根据遗传相似系数进行聚类分析,在遗传相似系数0.752处可划分为4个类群,第Ⅰ类群有1份保山种质70号;第Ⅱ类群有24份种质;第Ⅲ类群有1份西双版纳种质59号;第Ⅳ类群有64份种质。在遗传相似系数0.763处可将第Ⅳ类群划分为3个亚群(A、B和C)。用PCA法对90份鳄梨种质AFLP标记结果进行主效应分析,显示了不同种质的分类位置,主效应分析结果与分子聚类结果基本一致,呈一定的地域性分布规律。【结论】90份种质资源的遗传多样性较为丰富,59号和70号相对特殊,在种质创新中应给予重点关注。
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中国普通野生稻重要农艺性状的遗传多样性研究
《植物遗传资源学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)是水稻(O.sativa L.)的野生近缘种,是水稻遗传改良的重要资源.本研究以覆盖除云南外的中国普通野生稻分布区的1777份种质资源为对象,进行抽穗期、花药长度、粒长、粒宽和粒重5个重要农艺性状的遗传多样性、主成分和方差分析.结果 表明,中国普通野生稻具有丰富的遗传多样性,抽穗期、花药长度、粒长、粒宽和粒重的变异系数分别是6.36%、17.10%、7.32%、8.86%和15.90%,多样性指数分别是1.30、1.47、1.45、1.39和1.33.主成分分析表明第1和第2主成分主要与产量性状有关,累计贡献率达到83.31%;第3主成分主要与抽穗期有关,前3个主成分的累积贡献率约为95.46%.主成分分析结合聚类分析,发现普通野生稻群体可以分成3个类群,类群1主要来自江西和湖南,类群2主要来自于广西和广东大部分区域和福建,类群3主要来自于海南和广东南部区域的湛江市,样品的聚类关系和地理位置成正相关.以地理群为因素对5个重要农艺性状进行方差分析,结果显示花药长度、抽穗期和粒长变异在不同地理群间的变异占总变异的比例分别为69.09%、57.98%和77.56%,而粒宽变异所占比例为6.20%,花药长度、抽穗期和粒长变异在普通野生稻地理群间差异起决定作用.
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睡莲种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
《热带作物学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：利用ISSR分子标记技术对从国内外引种的46份睡莲种质资源进行遗传多样性分析,并对其中的原生种及原生变种构建DNA指纹图谱,旨在阐明其亲缘关系基础上,为睡莲分类鉴定、杂交育种、功能基因的挖掘和利用及图位克隆等提供理论依据。结果表明:从100条ISSR引物中筛选出10条多态性高、重复性好的引物,在46份睡莲种质资源中共扩增出281条带,平均每条引物扩增条带数为28.1条,多态性条带281条,多态性比例为100%;平均Shannon信息指数(Ⅰ)为0.4197,平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.2657,平均有效等位基因数(N)1.4139,表现出丰富的遗传多样性;遗传相似系数值在0.51～0.98之间,基于遗传相似系数建立了聚类树状图,揭示了46份睡莲种质资源的亲缘关系,并在相似系数水平为0.68时,可将所有供试材料聚为6类。对总计24个睡莲原生种及原生变种构建了DNA指纹图谱,依据图谱差异可鉴定不同的睡莲种质。
关键词： 睡莲种质资源 ISSR分子标记 遗传多样性 DNA指纹图谱
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云南地方茶树种质资源生化成分多样性分析
《山东农业科学 》 2020
摘要：以51份云南地方茶树种质资源为试验材料,对其生化成分遗传多样性进行分析与比较,结果表明:51份云南地方茶树种质资源的主要生化成分之间表现出了不同程度的变异,变异系数2.34%~15.92%;基于茶多酚、氨基酸、咖啡碱、水浸出物的聚类分析结果显示,在遗传距离为20处聚为3类,第Ⅰ类群氨基酸含量较高,第Ⅱ类群具有较高的水浸出物和高茶多酚含量,第Ⅲ类群表现出咖啡碱含量较低.云南地方茶树资源的儿茶素组分有较大的变异区间,变异系数为13.1%~60.2%;基于儿茶素类及没食子酸含量的聚类分析结果显示,在遗传距离为20处聚为2类,第Ⅰ类群的儿茶素总量及GA、D,L-C、EGCG、EC、ECG含量都高,EGC含量较低,第Ⅱ类群表现为儿茶素总量、EGC含量和ECG含量都较低.在51份云南地方茶树种质材料中,有5份材料红绿茶皆适制,有46份材料适制绿茶.
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利用AFLP标记分析云南红花优异种质资源的遗传多样性
《山西农业科学 》 2019
摘要：在云南红花优异种质筛选研究基础上,从DNA水平分析和探讨云南优异红花种质的遗传多样性,为云南红花种质资源的保护、评价和红花新品种选育提供理论依据.利用108对AFLP标记引物及POPGENE 3.2,NTsys2.2软件对50份云南优异的红花种质资源材料,通过多态性检测、聚类分析,计算遗传距离、遗传一致度及Nei指数,揭示云南红花种质资源的遗传分化和遗传多样性.结果表明,利用AFLP标记筛选出8对引物,共扩增331条带,142条多态性带,多态位点百分率为33.42%~55.80%,平均多态性为42.42%.根据UPGMA聚类分析,在遗传相似系数0.64~0.66,把50份红花材料分为4个组,与传统形态学分类相似,但略有不同.在群体遗传分化研究中,群体总基因多态性为0.283 3,群体内基因多态性为0.157 4,其中,群体间遗传分化系数为0.444 5,总基因流为0.624 8;6个群体间的遗传一致度为0.747 9~0.909 0,条纹壳群体和抗锈病群体间的一致度最高,为0.909 0,而黄花群体和大粒群体的遗传一致度最低,为0.747 9,说明50份云南优异红花种质资源在种内遗传变异丰富.这6个群体得到的等位基因观察数分布在1.250 0~1.675 0,全部群体则达到了1.800 0.有效等位基因数分布在1.120 4~1.426 9,全部群体则达到了1.4334.Nei指数分布在0.077 1~0.251 3,其值由大到小顺序为条纹壳群体>高亚油酸群体>抗锈病群体>无刺群体>大粒群体>黄花群体.Shannon指数分布在0.120 0~0.373 8,其值由大到小为条纹壳群体>抗锈病群体>高亚油酸群体>无刺群体>大粒群体>黄花群体.说明云南红花群体具有复杂的遗传分化和丰富的遗传多样性,遗传变异主要在群体间,应注重群体保护,同时AFLP标记技术能有效地揭示红花种质资源的遗传多样性,为红花种质资源保护、品种选育及分子进化研究提供依据.
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42份云南玉米自交系基于SSR荧光标记的遗传多样性分析
《江西农业学报 》 2019
摘要：通过分析云南常用42份玉米自交系品种的遗传多样性,以及云南近些年新育成自交系的遗传背景,为云南地区玉米育种提供参考依据.利用30对SSR多态性引物,对42个玉米自交系品种进行等位基因多样性和聚类分析,共检测到277个等位基因变异,平均每个位点检测到的等位基因数为9.2个,变化范围4~17个,片段大小介于86~434 bp之间,每个SSR位点的多肽信息量(PIC)在0.7008~0.9979之间,平均为0.9712.基于UPGMA进行遗传聚类分析,供试材料分类不明显,遗传相似系数均大于0.82,遗传相似度较高.目前由于大部分的玉米自交系品种都由骨干自交系而来,品种资源狭窄、遗传多样性不够丰富,导致新育成的玉米品种遗传背景相似,血缘关系相近,因此亟需在品种资源的有效利用、资源评价、材料共享和交流等方面开展相关工作,促进玉米种业发展.
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云南水稻种质资源的遗传多样性及群体结构分析
《西北农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：利用SSR分子标记对覆盖云南16个州(市)的908份水稻种质资源进行遗传多样性及群体结构分析。结果表明,22对SSR标记共检测到193个等位基因,每对标记的等位基因数为4～18,平均8.78;主要等位基因的频率为0.204 8～0.794 1,平均0.380 3;基因多样性指数为0.347 7～0.887 6,平均0.730 7;多态信息含量为0.320 2～0.877 7,平均0.698 6。以地理来源进行分类并分析其遗传多样性,结果表明,云南水稻种质资源在不同州(市)间的遗传差异较大,其中普洱市水稻种质资源的多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性及Shannon’s指数最高,而迪庆州和楚雄州相对较低,说明普洱市水稻种质资源的遗传多样性最丰富,而迪庆州和楚雄州相对较低;遗传距离和遗传一致度分析表明,普洱市与西双版纳州水稻种质资源的遗传距离最小、遗传一致度较高,亲缘关系最近,而昆明市与楚雄州水稻种质资源的遗传距离最大、遗传一致度较低,亲缘关系最远。遗传分化分析显示,908份水稻种质资源的遗传变异主要来源于种质内个体间,且种质间的基因流为2.838 8,该值大于1,说明云南水稻种质资源间存在频繁的基因交流现象;NJ聚类分析、PCA主成分分析及Sturcture群体遗传结构分析均将供试材料分为2大类群,其中NJ聚类分析和PCA分析又在2大类群的基础上分为4个亚群,908份云南水稻种质资源并没有按照地理来源进行聚类,交错分布于各个类群中。表明云南水稻种质资源具有极其丰富的遗传多样性,且不同州(市)水稻种质资源的遗传差异较大,将为今后水稻新品种选育提供宝贵的资源材料。
关键词： SSR分子标记 云南 水稻种质资源 遗传多样性 群体结构
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云南地方有色米种质资源多样性及Rc基因的遗传变异分析
《西南农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】云南省作为中国最大的稻种遗传多样性中心和生态多样性中心,蕴含丰富的有色米种质资源。但云南有色米种质资源的鉴定依旧停留在外部形态及地域分类阶段,因此有必要利用现代分子生物学手段对云南有色米种质资源进行深度评价及功能基因鉴定。【方法】以来自云南省23个州、县的35份地方水稻种质资源为研究对象,利用分子标记技术对其进行遗传多样性分析;同时探究已报导的Rc基因在上述35份种质材料中的遗传变异。【结果】在云南地方有色米品种中粳稻间的遗传差异较籼稻更大。且总体来看云南地方种质资源中,同一来源地的地方品种遗传相似性不高。35份云南地方水稻资源中,红米Rc基因表现为野生型,白米rc基因表现为突变型,且突变类型与已报导的突变位点一致,均表现为第6外显子内的14 bp缺失。【结论】云南地方有色米品种中粳稻间的遗传差异较籼稻地方种更大,且同一来源地的地方品种遗传相似性不高。红米白米的颜色差异是由Rc基因第六外显子缺失突变产生。
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