三七病原根结线虫核糖体基因ITS区段的克隆测序及其在检测中的应用

杨佩文; 冯光泉; 董丽英; 陈昱君; 刘树芳; 刘云芝; 李家瑞; 崔秀明; 《江西农业大学学报 》 2008 北大核心 CSCD

摘要：根据NCBI基因库中根结线虫属rDNA序列,设计通用引物M18s/M28s,对采自云南文山、砚山、马关、蒙自等地的4个三七病原根结线虫种群(Meloidogyne hapla)rDNA区段进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,并将扩增到的目的片段克隆到pGEM-T载体上。对重组克隆进行测序和序列分析,结果表明:4个种群rDNA同源性为100%,ITS区序列长度为479 bp,其中ITS1序列长度为213 bp,5.8S序列长度为159 bp,ITS2序列长度为107 bp。根据此序列设计-对特异性寡聚核苷酸引物Mhf/Mhr,应用PCR技术,以北方根结线虫(Meloidogynehapla)、南方根结线虫(Meloidogyne incognita)、花生根结线虫(Meloidogyne arenaria)和爪哇根结线虫(Meloido-gyne javanica)全基因组DNA为对照,对三七病原根结线虫全基因组DNA进行特异性扩增。结果表明,该对引物能从供试的北方根结线虫和三七病原根结线虫种群全基因组DNA中扩增到462 bp长度的分子片段,而南方根结线虫、花生根结线虫和爪哇根结线虫则无扩增产物。该引物可用于三七病原根结线虫的检测。

关键词： 三七病原根结线虫 rDNA 序列分析 检测

家蚕淀粉酶基因(Bmamy2)的分子克隆及表达特征和序列分析

董占鹏; 刘俊凤; 刘彬斌; 鲁成; 《蚕业科学 》 2008 北大核心 CSCD

摘要：淀粉酶在生物体内的碳水化合物代谢中起重要作用。根据预测的基因序列设计引物,克隆了一个家蚕淀粉酶基因(Bmamy2),获得完整的编码区序列(全长1 752 bp,编码583个aa)。用推导的氨基酸序列与其它物种的淀粉酶基因作相似性比较和系统发育分析,发现所克隆的Bmamy2基因是一个起源很早的拷贝,在细菌、果蝇、非洲蟾蜍、人和鸡等多种生物中存在与之同源的基因。该基因编码蛋白的功能结构域预测有2个起催化作用的关键氨基酸发生突变,推测该基因可能失去了催化水解碳水化合物的功能。RT-PCR和基因芯片检测结果表明,该基因在家蚕5龄第3天幼虫的中肠和脂肪体中表达,且在中肠中的表达丰度较高。

关键词： 家蚕 淀粉酶基因 克隆 组织表达 序列分析

番木瓜环斑病毒南瓜分离物外壳蛋白基因的克隆及序列分析

杨国慧; 张仲凯; 崔崇士; 《植物保护学报 》 2007 北大核心 CSCD

摘要：利用电镜和酶联免疫法在云南省采集到的5份南瓜病样中检测到番木瓜环斑病毒(Papayaring spot virus,PRSV)。为了进一步从分子水平确定云南省南瓜病毒病原种类,并为下一步转基因育种提供抗性基因,采用反转录PCR(RT-PCR)方法扩增了5个分离物的外壳蛋白(coat protein,CP)基因片段,并克隆到pGEM-T载体中。核苷酸序列测定表明,番木瓜环斑病毒石屏分离物(PRSV-SP)和番木瓜环斑病毒蒙自分离物(PRSV-MZ)的CP基因长873nt,编码290个氨基酸,番木瓜环斑病毒峨山分离物(PRSV-ES)、番木瓜环斑病毒版纳分离物(PRSV-BN)和番木瓜环斑病毒宾川分离物(PRSV-BC),3个分离物CP基因长867nt,编码288个氨基酸。PRSV5个分离物核苷酸序列的同源性在94%以上,氨基酸序列的同源性在96%以上。与国内外17个分离物相比,核苷酸序列同源性为89.6%~98.7%,氨基酸序列同源性为86.5%~99.6%。其中PRSV-SP和来自于越南分离物PRSV-V47无论是核苷酸序列,还是氨基酸序列同源性都达到了最高,而5个分离物与来自于巴西(PRSV-BR)、美国(PRSV-USA)、墨西哥(PRSV-Y)核苷酸序列同源性均低于90%。

关键词： 南瓜 番木瓜环斑病毒 外壳蛋白基因 序列分析

水杨酸诱导的烟草抗性相关序列的分离

董霞; 李文正; 付坚; 兰建强; 李正风; 刘世贵; 《植物生理学通讯 》 2007 北大核心 CSCD

摘要：通过已分离鉴定的水杨酸诱导烟草‘云烟85’中与抗性相关的差异表达基因,采用差示筛选和反式Northern检测以及序列分析得到94个烟草差异表达的EST序列。经测序及同源性比较,其中87个有同源序列,7个为新序列;有51个与抗性相关,占总序列的54.3%,其中有系统获得抗性蛋白基因和病程相关蛋白基因等。

关键词： 水杨酸 烟草 差示筛选 序列分析 抗性相关基因

矮牵牛花色CHS-A基因启动子(Pchsa)的克隆及序列分析

夏江东; 程在全; 黄兴奇; 季鹏章; 熊华斌; 《西南农业学报 》 2006 CSCD

摘要：根据国外报道,矮牵牛花色相关基因CHS-A的启动子Pchsa具有花期特异性启动子的活性,人工合成2个特异性引物并从矮牵牛基因组中经PCR分离出长约500 bp的DNA片段,经纯化后测序得到499 bp的目的片段。在NCBI中通过BLAST程序与序列号为S52984的PchsA比较,其同源性为95.73%。应用DNAMAN软件进行序列分析,结果表明该片段除含有启动子的保守序列TATA-box、CAAT-box、GC-box、G-box外,还含有花期特异表达的启动序列TACPyAT-box。这为该序列在花卉改良中的进一步运用奠定了基础,同时也证明不同品种间的PchsA存在差异。

关键词： 矮牵牛 CHS-A基因启动子 克隆 序列分析

马铃薯A病毒云南分离物外壳蛋白基因的克隆与序列分析

丁铭; 方琦; 张丽珍; 李婷婷; 董家红; 张仲凯; 《西南农业学报 》 2006 CSCD

摘要：根据马铃薯病毒A(Potato virusA,PVA)外壳蛋白(CP)基因序列设计合成的一对引物,以带病毒植株总RNA为模板,RT-PCR扩增得到长约800 bp的目的片段。将目的片段克隆至pGEM-T Easy载体并进行了序列测定,测得全长为807 bp的PVA CP基因。测序结果与PVA其他分离物CP基因序列比较,其氨基酸同源性最高可达98.5%。根据GenBank中PVA CP氨基酸序列建立了病毒的系统进化树并对PVA不同分离物CP氨基酸序列差异性进行了分析。

关键词： 马铃薯A病毒 云南分离物 外壳蛋白基因 序列分析

云南五个不同地区烟草花叶病毒外壳蛋白基因的序列比较

丁铭; 方琦; 张丽珍; 杨录明; 汪继玲; 李滟芳; 张仲凯; 《中国病毒学 》 2004 CSCD

关键词： 烟草花叶病毒 外壳蛋白基因 克隆 序列分析