科研产出
国外引进甘蔗材料白叶病植原体巢式PCR检测及其序列分析
《植物保护 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：为有效防止引起重要危险性检疫病害甘蔗白叶病(SCWL)的植原体病原随引进甘蔗材料侵入我国,确保我国甘蔗生产安全,本研究对从缅甸、菲律宾、法国和泰国引进的22个甘蔗材料进行了SCWL植原体巢式PCR检测,并对阳性样品的巢式PCR产物进行了测序及序列分析。结果表明,18个甘蔗材料呈SCWL植原体阳性,阳性检出率为81.8%。所有SCWL阳性样品的16S-23S基因间隔区片段长210bp,与GenBank中已有的其他SCWL植原体分离物(登录号HQ917068、AB646271)的同源性为99.8%~100%,并在系统发育树中聚为一个类群。根据SCWL的巢氏PCR检测及其序列分析结果,对呈阳性的材料及时进行了集中销毁处理。
关键词： 国外甘蔗材料 甘蔗白叶病 巢式PCR检测 序列分析
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茶树‘紫娟’肉桂酰辅酶A还原酶基因(CCR)克隆及序列分析
《西北农业学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：通过克隆茶树肉桂酰辅酶A还原酶基因(CCR)的cDNA序列,为研究其蛋白结构和功能奠定基础。对利用cDNA-AFLP技术获得的‘紫娟’茶树成熟叶片上调的差异表达片段TDF,设计特异引物,利用RACE末端扩增技术,分别扩增出5′端和3′端目的片段,测序后进行拼接获得茶树肉桂酰辅酶A还原酶基因(CCR)cDNA全长序列,并进行序列分析。结果表明:克隆的茶树CsCCR基因cDNA全长1 259bp(GenBank登录号为KJ995737),其中开放阅读框957bp。同源比对发现,与蓖麻、丹参、草莓、番茄的CCR蛋白同源性分别为67%、68%、69%和70%。
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滇龙胆GrWRKY5基因的克隆和植物表达载体构建
《广西植物 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：WRKY蛋白是目前被广泛研究的一类DNA特异结合转录因子,在植物次生代谢物生物合成、植物生长和发育及衰老等生理过程以及生物、非生物防御反应中起重要的调控作用。该研究从滇龙胆幼叶中克隆萜类合成的关键转录因子基因Gr WRKY5,并利用生物信息学方法对基因功能进行预测,构建植物过表达载体。结果表明:根据三年生滇龙胆转录组Gr WRKY5基因序列,设计特异性引物,通过RT-PCR扩增Gr WRKY5 ORF序列,并进行TA克隆、测序和序列分析;构建入门载体p ENTRTM2B-Gr WRKY5,经LR反应后构建植物过表达载体。Gr WRKY5 ORF全长591 bp,编码196个氨基酸,Gen Bank登录号为KF922375,其中第167与170之间的色氨酸(W)、精氨酸(R)、赖氨酸(K)、酪氨酸(Y)组成WRKY蛋白所特有的"WRKY"结构。序列分析表明Gr WRKY5是WRKY超家族的成员。经生物信息学在线软件分析发现,Gr WRKY5的等电点为6.29,脂肪族指数为61.37,不稳定指数为57.80。总平均疏水性为-0.708,为亲水蛋白;含有20种氨基酸,其中天冬氨酸(Asp)和脯氨酸(Pro)含量最高,为8.1%;半胱氨酸(Cys)含量最低,仅为1.0%。氨基酸序列系统发育分析表明,Gr WRKY5与拟南芥中WRKY家族中遗传距离最接近的是WRKY27,属于Ⅱe类成员;与Cr WRKY22和Vv WRKY22蛋白的亲缘关系较近;与Jc WRKY47和Tc WRKY27亲缘关系较远;BLASTp结果显示,Gr WRKY5与欧洲油菜Bn WRKY27-1的同源性最高(为69%);与拟南芥Aa WRKY22的一致性最低(仅为31%)。以Gateway入门载体p ENTR2B和目的载体p K2GW7为基础,成功构建了植物过表达载体p K2-35S-Gr WRKY5,该载体的成功构建为该基因在拟南芥、滇龙胆等植物中的遗传转化奠定了基础,同时为WRKY基因功能的深入研究提供依据。
关键词： 滇龙胆 Gr WRKY5 基因克隆 序列分析 植物表达载体构建
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蓖麻蚕微孢子虫孢壁蛋白NpSWP12基因的克隆分析与原核表达
《中国病原生物学杂志 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：目的克隆并表达蓖麻蚕微孢子虫孢壁蛋白NpSWP12。方法根据家蚕微孢子虫基因组数据库信息设计简并引物进行PCR扩增,克隆得到蓖麻蚕微孢子虫孢壁蛋白NpSWP12基因。利用生物信息学软件对NpSWP12的基因与蛋白序列进行分析与结构功能预测。将该蛋白基因克隆到原核表达载体pET-30a(+)中,转化表达载体至大肠埃希菌BL21(DE3)菌株,经IPTG诱导后进行SDS-PAGE与Western blot检测。结果蓖麻蚕微孢子虫孢壁蛋白NpSWP12基因长687bp,编码228个氨基酸残基(基因登录号:KT287071),预测蛋白质分子质量单位为26.6ku,等电点(pI)为5.96。蓖麻蚕微孢子虫孢壁蛋白NpSWP12基因结构为单外显子结构,编码的蛋白中α螺旋占77.19%。该编码蛋白含有1个BAR结构域(Bin/Aphiphysin/Rvs domain),属BAR结构域蛋白质超家族成员。NpSWP12与家蚕微孢子虫孢壁蛋白NbSWP12核苷酸序列序列相似性为95.2%,氨基酸序列相似性为96.9%。表达载体NpSWP12/pET-30a(+)转入BL21(DE3)菌株,IPTG诱导,得到的重组蛋白rNpSWP12与理论蛋白分子质量大小(30ku)相符。Western blot鉴定。结论成功克隆了蓖麻蚕微孢子虫孢壁蛋白NpSWP12基因,构建的NpSWP12/pET-30a(+)重组原核表达载体表达预期分子质量的融合蛋白,该蛋白能被相应抗体识别,为进一步研究NpSWP12的细胞定位和功能奠定了基础。
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茶树糖转运蛋白CsPLt基因的克隆与序列分析
《湖南农业科学 》 2014
摘要：对利用cDNA-AFLP技术所获得茶树应答低温诱导的差异表达片段TDF(transcript derived fragment,TDF),采用RACE技术克隆了茶树糖转运蛋白基因全长cDNA,命名为CsPLt(GenBank accession No.AFI61955)。序列分析结果表明:该cDNA全长1 865 bp,开放阅读框1 596 bp,编码532个氨基酸。应用生物信息学软件对编码蛋白的理化性质、结构和功能进行了分析和预测,该蛋白结构中含有两个MFS(major facilitator super-family)结构域,属于MFS家族的糖转运子(sugar transporter)亚族。
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滇龙胆1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶基因GrDXR的克隆、序列分析与原核表达
《中草药 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：目的从滇龙胆Gentiana rigescens幼叶中克隆萜类合成关键酶1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶基因GrDXR,进行序列分析和原核表达。方法根据滇龙胆转录组中GrDXR基因序列,设计引物,通过RT-PCR扩增得到GrDXR开放阅读框(ORF)序列,并进行TA克隆、测序和序列分析;构建原核表达载体pGEX-4T-1-GrDXR,转入大肠杆菌Rosetta(DE3)中,在IPTG诱导下进行表达。结果 GrDXR ORF全长1 425 bp,编码474个氨基酸。序列分析表明,GrDXR基因是DXR家族成员;蛋白质序列系统发育分析表明,GrDXR与萝芙木RvDXR、橡胶树HbDXR和长春花CrDXR亲缘关系较近。构建pGEX-4T-1-GrDXR重组质粒,获得稳定的原核表达体系。SDS-PAGE结果表明所表达蛋白与预期蛋白大小一致。结论克隆了GrDXR基因,建立其稳定的原核表达体系,为进一步纯化GrDXR蛋白,研究其结构和功能奠定基础。
关键词： 滇龙胆 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶基因 基因克隆 序列分析 原核表达
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滇龙胆GrGPPS基因的克隆及其序列分析与原核表达
《中草药 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：目的从滇龙胆Gentiana rigescens幼叶中克隆单萜化合物合成的关键酶牻牛儿基焦磷酸合成酶基因GrGPPS,进行序列特征分析和原核表达。方法根据三年生滇龙胆转录组GrGPPS基因序列,设计特异性引物,通过RT-PCR扩增得到GrGPPS cDNA序列,并进行TA克隆、测序及序列分析;构建原核表达载体pGEX-4T-1-GrGPPS,转入Escherichia coli Rosetta(DE3)中,在37℃、1.0 mmol/L IPTG诱导下进行表达。结果 GrGPPS cDNA全长1 107 bp,编码369个氨基酸;序列分析表明,GrGPPS基因是异戊烯基合成酶家族的成员;氨基酸序列系统发育分析表明,GrGPPS与金鱼草AmGPPS亲缘关系最近;构建pGEX-4T-1-GrGPPS重组质粒,获得稳定的pGEX-4T-1-GrGPPS原核表达体系。SDS-PAGE结果表明所表达蛋白与预期蛋白大小一致。结论克隆了GrGPPS基因,建立pGEX-4T-1-GrGPPS稳定的原核表达体系,为进一步纯化和鉴定GPPS蛋白并研究其结构和功能奠定基础。
关键词： 滇龙胆 牻牛儿基焦磷酸合成酶基因 基因克隆 序列分析 原核表达
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滇龙胆GrSLS1基因的克隆与原核表达
《西北植物学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：以滇龙胆转录组为基础,采用RT-PCR技术克隆了滇龙胆幼叶裂环番木鳖苷合酶基因,命名为GrSLS1(GenBank登录号KF941191)。序列分析结果显示,GrSLS1基因开放阅读框长1 560bp,编码519个氨基酸;GrSLS1蛋白相对分子量为59.33kD,pI为8.96。生物信息学分析结果表明,GrSLS1蛋白属于SLS家族成员,其N端含有一跨膜螺旋区域(10~32);二级结构分析结果表明,GrSLS1蛋白主要由α-螺旋和无规则卷曲组成;系统发育分析表明,GrSLS1与帽柱木MsSLS2蛋白亲缘关系最近。构建原核表达载体pGEX-4T-GrSLS1,对GrSLS1基因进行原核表达,SDS-PAGE结果表明所表达蛋白与预期蛋白大小一致。该研究为进一步研究GrSLS1基因功能及通过在龙胆中过表达该基因提高龙胆苦苷含量奠定基础。
关键词： 滇龙胆 GrSLS1基因 基因克隆 序列分析 原核表达
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云南花生丛枝植原体16S rRNA和核糖体蛋白基因序列分析
《植物病理学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：利用植原体16S rRNA基因及核糖体蛋白基因(ribosomal protein,rp)通用引物对发生在云南元谋的花生丛枝病病株DNA进行PCR扩增,并对扩增片段进行序列测定。扩增获得的云南元谋花生丛枝植原体(PnWB-YNym)16S rDNA、16S-23S rDNA和23S DNA片段总长1 806 bp,rp基因扩增片段长1 171 bp。云南株系与来源于台湾和海南的花生丛枝植原体均有较高同源性。比较16S rDNA片段,发现云南株系在5个位点上与来自台湾或海南的株系存在碱基差异,其中有1个位点的差异是云南元谋株系特异的;再分别比较核糖体蛋白rplV-rpsC 2个基因所编码的氨基酸序列,发现云南株系rpsC编码的第194位氨基酸与台湾和海南的株系存在差异。经16S rDNA片段系统进化及iPhyClassifier在线分析,表明PnWBYNym在分类上属于16SrII-A亚组成员,与候选种‘Cand/datus Phytoplasma australasiae'相关;基于rp基因构建的系统进化树表明,PnWB-YNym与16SrII-A亚组各成员聚为同一亚进化支(iii)。
关键词： 云南元谋花生丛枝 植原体 16S rDNA 核糖体蛋白基因 序列分析
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茶树CsAP2基因的全长cDNA克隆与序列分析
《茶叶科学 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：利用c DNA-AFLP技术研究了紫娟茶树幼嫩叶和成熟叶之间的基因表达差异,获得在幼嫩叶中高表达的差异片段TDF(Transcript derived fragment),再利用RACE方法首次从茶树中克隆了APETALA2(AP2)转录因子基因的全长c DNA,其开放阅读框编码518个氨基酸,含有2个AP2结构域,与多种植物APETALA2蛋白具有高度同源性,属于AP2亚族,命名为Cs AP2。茶树APETALA2(AP2)转录因子基因的克隆为进一步研究该基因在茶树花发育调控中的作用奠定了基础。
关键词： 茶树 APETALA2转录因子 基因克隆 序列分析
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