文献类型: 中文期刊
作者: 单建伟 1 ; 索海翠 1 ; 王丽 1 ; 安康 1 ; 刘计涛 1 ; 李成晨 1 ; 白建明 2 ; 李小波 1 ;
作者机构: 1.广东省农业科学院作物研究所/广东省农作物遗传改良重点实验室
2.云南省农业科学院经济作物研究所
关键词: 马铃薯;遗传多样性;群体结构;SNP标记;ddRADseq
期刊名称: 广东农业科学
ISSN: 1004-874X
年卷期: 2021 年 48 卷 012 期
页码: 120-128
收录情况: 北大核心 ; CSCD
摘要: [目的]收集国内外马铃薯品种(系)资源,研究马铃薯种质群体结构和遗传多样性,开发SNP分子标记,为马铃薯品种鉴定、分子标记辅助选择育种奠定基础.[方法]提取马铃薯嫩芽基因组DNA,利用限制性内切酶MseI和SacI进行双酶切建库,质量检测合格后用Illumina HiSeq平台进行双末端测序,用BWA软件将测序数据与马铃薯参考基因组进行比对,采用GATK软件进行SNP和InDel变异位点检测,利用ANNOVAR软件进行变异注释,并基于上述变异信息对群体结构进行Structure分析、主成分分析(PCA)和遗传多样性分析.[结果]通过简化基因组测序共获得7.50×108条测序reads和2.04×1011个碱基,共检测到39038个变异位点,其中SNP位点36267个,InDel位点2771个;基于上述变异位点的Structure和PCA分析均将研究群体划分为两个亚群,群体系统发生分析表明,G2亚群中的个体聚类在一起,亲缘关系较近,但与其他个体相比G2亚群中的分枝距离中心较远,积累了更多的变异量;群体的平均多态性信息含量PIC=0.3107,期望杂合度He=0.3932,观测杂合度Ho=0.1852,群体自交系数Fis=0.553,表明马铃薯品种(系)间遗传多样性较低;开发了覆盖马铃薯12条染色体且包含120个SNP标记的SNP-Panel,并选取其中的60个标记在46个样品中进行了验证.[结论]研究结果为马铃薯遗传多样性研究、分子标记辅助选择育种、分子身份证开发、遗传图谱构建奠定了一定基础.
- 相关文献
作者其他论文 更多>>
-
烘焙程度对小粒咖啡5-羟甲基糠醛生成的影响
作者:刘兴勇;陈兴连;林涛;王丽;汪禄祥;李茂萱;邵金良
关键词:小粒咖啡;烘焙程度;美拉德反应;5-羟甲基糠醛
-
环境中毒死蜱的酶联免疫分析方法研究
作者:魏茂琼;兰珊珊;王丽;林昕;张玉玲;刘宏程
关键词:毒死蜱;土壤;水体;酶联免疫吸附法(ELISA);农药残留
-
基于顶空固相微萃取-气相色谱-质谱法鉴别3种葡萄香气特征成分
作者:王文治;陈璐;米艳华;杨旭昆;李茂萱;苏雯;王丽;孙永斌;李林泽
关键词:鲜食葡萄;香气物质;气相色谱-质谱法;主成分分析
-
追施尿素对云南省冬小春马铃薯'云薯902'生长和产量的影响
作者:梁淑敏;尹自友;王颖;康桂辉;谢家华;李明福;文建斌;岳红林;白建明;隋启君
关键词:马铃薯;云薯902;提苗肥;施用量;追施时间;
-
鲜食、淀粉兼用型马铃薯新品种'云薯113'
作者:李燕山;隋启君;蒋伟;杨琼芬;白建明
关键词:马铃薯;鲜食;淀粉;品种
-
攀枝花市马铃薯优质新品种引进筛选试验
作者:孙强;白建明;李再胜;蒋加奇;补雪梅
关键词:攀枝花市;马铃薯;引种;产量;品质;抗性
-
不同温度对半夏倒苗的影响
作者:马聪吉;张智慧;王丽;石亚娜;袁理春
关键词:半夏;温度;倒苗