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基于RNA-Seq技术的茶树花转录组分析

文献类型： 中文期刊

作者： 夏丽飞 1 ; 朱兴正 1 ; 梁名志 1 ; 马伟 1 ; 宋维希 1 ; 田易萍 1 ; 周萌 1 ; 陈林波 1 ;

作者机构： 1.云南省农业科学院茶叶研究所/云南省茶树种质资源创新与配套栽培技术工程研究中心

关键词： 茶树;转录组测序;不育基因;分子标记

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2016 年 29 卷 09 期

页码： 2058-2062

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究利用RNA-seq技术对父本、母本、子代不育茶树花三个样本花的转录组进行测定,经组装分析获得403 469条高质量的Unigenes。将获得的Unigenes与SWISS-PROT、TREMBL、CDD、PFAM、NR和KOG库进行blast,共注释到307 291条Unigenes。KOG功能分类显示,有23 739个Unigenes被分为25类。KEGG通路分析表明,共识别出26 967个Unigenes涉及的pathway有328个。SSR查找发现,从403 469个Unigenes中找到46 440个含有SSR序列。这些信息为茶树不育基因筛选、不育机理研究以及分子标记开发奠定了基础。

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