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茶树EST-SSRs特点及应用

文献类型： 中文期刊

作者： 刘本英 1 ; 孙雪梅 1 ; 蒋会兵 1 ; 李友勇 1 ; 宋维希 1 ; 马玲 1 ; 矣兵 1 ; 汪云刚 1 ; 王平盛 1 ;

作者机构： 1.云南省农业科学院茶叶研究所

关键词： 茶树;云南;EST-SSRs;多态性

期刊名称： 西北农业学报

ISSN： 1004-1389

年卷期： 2011 年 20 卷 03 期

页码： 161-167

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用NCBI公共数据库下载获得的3 306条茶树EST,去除其中低质量和冗余的序列,得到全长为635.46 kb的1 335条无冗余EST,在这些序列中共发现216个SSR,分布于185个EST中,出现的频率为16.18%,平均每2.94 kb的表达序列中有1个SSR。茶树的EST-SSR类型丰富,其中二核苷酸重复出现的频率最高,占主导地位。利用Primer 5.0软件从185条含有SSR的EST中设计引物100对,从中随机选取60对引物检测EST-SSR在云南茶树资源中的多态性。结果表明,有30对引物在供试的63份茶树资源中得到有效扩增,并具有多态性;共检测到等位基因数71个,每对引物检测出的等位基因数2~8个,平均4.9个;多态信息量(PIC)变幅为0~0.731,平均为0.499;观察杂合度变幅为0~0.970,平均0.392。EST-SSR标记分析表明云南茶树资源具有较高的遗传多样性。

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