文献类型： 中文期刊
作者： 陈林波 1 ; 夏丽飞 1 ; 周萌 1 ; 宋维希 1 ; 李晓霞 1 ; 焉文光 1 ; 梁名志 1 ;
作者机构： 1.云南省农业科学院茶叶研究所云南省茶树种质资源创新与配套栽培技术工程研究中心
关键词： 茶树;RNA-Seq;转录组测序;SSR
期刊名称： 分子植物育种
ISSN： 1672-416X
年卷期： 2015 年 10 期
页码： 2250-2255
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 本研究基于RNA-seq技术对"紫娟"茶树芽、第二叶、开面叶、成熟叶四个时期的转录组进行测序以及生物信息学相关分析。研究结果表明,经组装分析获得268 172条transcript,进一步处理transcript获得206 210条Unigene,将获得的Unigene与Nr、SWISS-PROT、Tr EMBL、Cdd、pfam和KOG库进行blast,有19 379个Unigene被注释上25种KOG分类,注释到KEGG的Unigene个数为13 608,涉及的pathway有302个。SSR查找发现,从268 172个transcript中找到35 509个SSR位点。研究结果可为研究"紫娟"茶树叶片在不同生长期的差异基因表达和开发紫色基因的分子标记奠定基础。
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