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苦荞种皮转录组SSR位点信息分析及其分子标记的开发

文献类型： 中文期刊

作者： 贺润丽 1 ; 尹桂芳 1 ; 李春花 1 ; 王莉花 1 ; 马颖榆 1 ; 王梦莹 1 ; 阎仕豪 1 ;

作者机构： 1.山西中医药大学中药与食品工程学院;云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所云南省农业生物技术重点实验室农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室

关键词： 苦荞;转录组;测序;SSR

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2020 年 018 期

页码： 6085-6092

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为开发苦荞新的SSR标记,本研究利用MISA软件对苦荞种皮转录组测序数据进行SSR位点信息搜索,利用Primer 3设计引物并随机选择53对引物进行验证.结果表明:苦荞种皮转录组数据库中共搜索到9 094个SSR位点,其中,单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸重复类型占优势,占总SSR的63.99%、19.35%、15.49%;共发现70种重复基元,其中A/T、AT/AT、AAG/CTT基元是优势基元.设计合成的53对引物中,41对引物(77.36%)获得有效扩增,21对引物具有多态性.本研究从转录组序列中大规模开发的SSR分子标记将有助于苦荞遗传多样性与分子育种研究.

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