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茶树‘紫娟’肉桂酰辅酶A还原酶基因(CCR)克隆及序列分析

西北农业学报 2016 北大核心 CSCD

摘要:通过克隆茶树肉桂酰辅酶A还原酶基因(CCR)的cDNA序列,为研究其蛋白结构和功能奠定基础。对利用cDNA-AFLP技术获得的‘紫娟’茶树成熟叶片上调的差异表达片段TDF,设计特异引物,利用RACE末端扩增技术,分别扩增出5′端和3′端目的片段,测序后进行拼接获得茶树肉桂酰辅酶A还原酶基因(CCR)cDNA全长序列,并进行序列分析。结果表明:克隆的茶树CsCCR基因cDNA全长1 259bp(GenBank登录号为KJ995737),其中开放阅读框957bp。同源比对发现,与蓖麻、丹参、草莓、番茄的CCR蛋白同源性分别为67%、68%、69%和70%。

关键词: 茶树 肉桂酰辅酶A还原酶 基因克隆 序列分析

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基于RNA-Seq技术的“紫娟”茶树转录组分析

分子植物育种 2015 北大核心 CSCD

摘要:本研究基于RNA-seq技术对"紫娟"茶树芽、第二叶、开面叶、成熟叶四个时期的转录组进行测序以及生物信息学相关分析。研究结果表明,经组装分析获得268 172条transcript,进一步处理transcript获得206 210条Unigene,将获得的Unigene与Nr、SWISS-PROT、Tr EMBL、Cdd、pfam和KOG库进行blast,有19 379个Unigene被注释上25种KOG分类,注释到KEGG的Unigene个数为13 608,涉及的pathway有302个。SSR查找发现,从268 172个transcript中找到35 509个SSR位点。研究结果可为研究"紫娟"茶树叶片在不同生长期的差异基因表达和开发紫色基因的分子标记奠定基础。

关键词: 茶树 RNA-Seq 转录组测序 SSR

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