科研产出
马铃薯晚疫病菌全基因组分泌蛋白的初步分析
《遗传 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：利用马铃薯晚疫病菌全基因组测序结果,结合计算机技术和生物信息学的方法,对马铃薯晚疫病菌的蛋白进行分析,为明确该病原菌与寄主互作的分子机制奠定基础。文章应用信号肽预测软件SignalP v3.0和PSORT,跨膜螺旋结构预测软件TMHMM-2.0和THUMBUP,GPI锚定位点预测软件big-PI Predictor,亚细胞器中蛋白定位分布预测软件TargetP v1.01,对已经公布的马铃薯晚疫病菌全基因组22 658个蛋白质氨基酸序列进行分析。结果发现,晚疫病菌全基因组编码蛋白中有671个为潜在的分泌型蛋白,占编码蛋白总数的3.0%。其中有45个分泌蛋白有功能方面的描述,其功能涉及细胞代谢、信号转导等方面;此外,还有一些与激发子类似的分泌蛋白,它们可能与晚疫病菌的毒性有关。
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马铃薯青枯病(Ralstonia solanacearum)质粒基因组分泌蛋白信号肽初步分析
《云南大学学报(自然科学版) 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：应用SignalP 3.0,TMHMM 2.0,THUMBUP,big-PI,TargetP 1.01,Lipop 1.0,TatP 1.0等7种软件分别对马铃薯青枯病菌Ralstonia solanacearum GMI1000质粒基因组1 681个氨基酸序列进行预测分析.结果表明,该物种质粒基因组分泌蛋白有85个,占其基因组编码蛋白的5.1%.通过对质粒分泌蛋白切割位点信号肽类型分析后发现具Ⅰ型信号肽的分泌蛋白有73个,Ⅱ型的有12个,所有分泌蛋白中具RR-motif信号肽结构的有3个,且均为Ⅰ型信号肽.质粒分泌蛋白中,59个具可预测功能,26个为未知功能蛋白.已知功能的分泌蛋白主要集中于细胞代谢,细胞调控及转运,细胞膜结构等领域.在质粒分泌蛋白中发现3个Ⅲ型信号肽分泌蛋白,该类蛋白是由hip基因编码产生,在植物及动物病原细菌中相当保守,负责将效应蛋白分子转运到寄主细胞中从而产生致病作用.这些功能是该物种在长期进化过程中与环境中各种因子发生互作,相互适应的结果.
关键词： 马铃薯青枯病Ralstonia solanacea rum GMI1000 信号肽 质粒基因组
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稻瘟菌基因组规模分泌蛋白的预测分析
《云南农业大学学报 》 2006 CSCD
摘要：利用信号肽分析软件S ignalP v3.0,亚细胞器蛋白定位软件TargetP v1.01,GPI-锚定位点软件b ig-PIPred ictor和跨膜螺旋结构软件THMM-2.0这4个软件分析预测稻瘟菌12 595个蛋白序列中有1 134个分泌蛋白。编码这些蛋白的可读框(ORF)最小值为78 bp,最大值为7 849 bp,平均1 231 bp。引导它们的信号肽长度介于15~45个氨基酸之间,平均为21个氨基酸。435个分泌蛋白具有功能描述,主要是与代谢有关的酶类。分析了其中降解细胞壁组分和与致病相关的酶类,提示在稻瘟菌侵染水稻不同阶段产生的关键酶及基因的功能需进一步研究。
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稻瘟病菌含信号肽小蛋白的计算机分析
《生物技术通报 》 2006 CSCD
摘要：结合计算机技术和生物信息学的方法,采用组合的信号肽分析软件SignalPv3.0、TargetPv1.1、Big-PIpredictor、TMHMMv2.0和SecretomeP对已公布的1486个稻瘟菌(magnaporthegrisea)小蛋白基因的N-端氨基酸序列进行信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构。分析结果表明,在1486个稻瘟病菌小蛋白中,119个具有N-端信号肽的典型分泌蛋白。其中116个具有分泌型信号肽,1个具RR-motif型信号肽,2个具信号肽酶II型信号肽。在稻瘟病菌基因组中,分泌型小蛋白的序列是高度趋异的,仅出现少数氨基酸组成完全一致的信号肽,为进一步确认具有相同信号肽的分泌蛋白是否具有同源性,分别用BLAST2SEQUENCES对具有相同信号肽的分泌蛋白进行了序列对比。结果表明,具有相同信号肽的分泌蛋白同源性非常高。同时还采用Sublocv1.0对1486个小蛋白的亚细胞位置进行了预测,结果显示小蛋白的可能功能场所包括细胞质、细胞外、线立体和细胞核,功能场所位于细胞核的小蛋白是最多的。
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粗糙脉孢菌基因组分泌蛋白的初步分析
《遗传 》 2006 北大核心 CSCD
摘要：利用信号肽预测软件SignalPv3.0和PSORT,跨膜螺旋结构预测软件TMHMMv2.0和THUMBUP,GPI锚定位点预测软件bigPIPredictor和亚细胞器中蛋白定位分布预测软件TargetPv1.01对粗糙脉孢菌全基因组数据库中已公布的10082个氨基酸序列进行预测分析。结果表明,在粗糙脉孢菌中有437个蛋白为分泌蛋白,编码这些蛋白最小的可读框(openreadingframe,ORF)为252bp,最大为6604bp,平均1433bp,分泌蛋白信号肽长度介于15～59个氨基酸之间。在437个分泌蛋白中,205个具有功能描述,主要包括各种酶类、细胞能量生成、运转以及自身修复、防卫等多种功能。这些蛋白所参与的生化过程可能发生在膜外的周质空间或是菌体外的场所,为该物种营养的摄取,以及对环境做出响应服务。
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酿酒酵母分泌蛋白组的计算机分析
《中国农业科学 》 2005 北大核心 CSCD
摘要：结合计算机技术和生物信息学的方法,采用组合的信号肽分析软件 SignalP v3.0、TargetP v1.01、Big-PI predictor 和 TMHMM v2.0 对已公布的 6 700 个酿酒酵母(Saccaromyces cerevieiae)基因的 N-端氨基酸序列进行信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构。结果表明,在 6 700 个酿酒酵母蛋白中,163 个为Sec-信号肽分泌蛋白,经 Sec 途径分泌。在 163 个分泌蛋白中,有 47 个的信号肽没有典型的 N-区,仅有 H-区和C-区,其余 116 个分泌蛋白的信号肽包含完整的 3 个区,即 N-区、H-区和 C-区。比较了酿酒酵母与白假丝酵母菌(Candida albicans)分泌蛋白信号肽的氨基酸组成顺序,表明酿酒酵母与白假丝酵母菌的信号肽的氨基酸组成和顺序差异很大,两者信号肽长度分布范围、氨基酸种类及其出现频率大体一致。在酿酒酵母分泌蛋白中出现了少数氨基酸组成完全一致的信号肽,为进一步确认具有相同信号肽的分泌蛋白是否具有同源性,分别采用 BLAST 2SEQUENECES 和 CLUSTAL W 对具有相同信号肽的分泌蛋白进行了序列比对。结果表明具有相同信号肽的分泌蛋白同源性非常高,氨基酸组成也非常保守。由此可以推断,编码这些分泌蛋白的基因属于旁系同源基因(paralogous)。酿酒酵母作为一种模式生物,以其诸多的优点,被认为是表达?
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