科研产出
甘蔗白叶病植原体PCR检测方法的建立与应用
《甘蔗糖业 》 2023
摘要：为建立简便、快速、特异性的甘蔗白叶病植原体检测方法，本研究根据甘蔗白叶病植原体sec A基因设计特异引物secA-F/secA-R，建立了甘蔗白叶病植原体PCR检测方法。使用该方法可以从含有甘蔗白叶病植原体的甘蔗样品中稳定扩增出目标基因片段，片段长度为350bp。本方法的最低检测浓度为50 fg/μL。应用该方法对云南耿马蔗区采集的7份甘蔗白叶病样品进行了检测鉴定，结果表明，所有样品均为阳性。以上结果表明，本研究建立的甘蔗白叶病植原体PCR检测方法特异性和敏感性好，操作简便，适用于甘蔗白叶病植原体的快速检测。
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耿马甘蔗白叶病植原体昆虫介体调查与检测
《农学学报 》 2022
摘要：为探明云南蔗区甘蔗白叶病植原体的昆虫介体及优势种群,丰富甘蔗植原体病害相关理论和技术基础,制定适用于甘蔗白叶病的综合防控措施,2019年采用寻集法和扫网法对甘蔗白叶病发病最为严重的云南省临沧市耿马蔗区进行甘蔗白叶病植原体昆虫介体调查和巢式PCR检测分析.调查检测结果显示,采集到的大青叶蝉(Tettigoniella viridis)和条纹平冠沫蝉(Clovia conifer)2种昆虫介体均被检测为阳性,是甘蔗白叶病植原体的自然携带者,说明2种叶蝉可能为甘蔗白叶病植原体潜在昆虫介体;大青叶蝉若虫呈强阳性,初步确定为优势种群.鉴于目前云南蔗区甘蔗白叶病植原体传播方式主要是带毒蔗种和叶蝉类昆虫介体,建议建立甘蔗无病健康种苗繁育基地,及时杀灭蔗园中叶蝉类昆虫介体,从源头上控制甘蔗白叶病的扩散蔓延,降低田间自然传播速度.
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云南芝麻丛枝和花变叶植原体16S rRNA和rp基因序列分析
《植物病理学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：本研究通过对表现出丛枝和花变叶症状的芝麻感病植株总DNA进行植原体16S rRNA和rp基因的PCR扩增、克隆、测序及序列分析,明确了两种病株的病原均为植原体,并将其命名为云南元谋芝麻丛枝植原体（SEWB-YNym）和云南元谋芝麻花变叶植原体（SEP-YNym）。两个株系的16S rRNA基因片段长度均为1 248 bp,并且碱基序列完全一致。通过与其他地区报道的芝麻植原体株系16S rRNA基因序列比对后发现这两个株系与来自缅甸的株系不存在位点差异,而与泰国、中国台湾、印度的株系分别存在3～6个位点差异。同时,还从两个株系中获得了长度均为1 171 bp并且碱基序列也完全一致的SEWB-YNym和SEP-YNym的rp基因序列。此rp基因序列包括全部rpl22基因（nt90-476）和部分rps3基因（nt550-1170）,分别编码128和206个氨基酸。通过对16S rRNA和rp基因的序列进行同源性比对、构建系统进化树等分析,表明两个株系与候选种‘Candidatus Phytoplasma aurantifolia’相关,为16SrII-A亚组成员,并归属于植原体rp-iii亚进化支。
关键词： 芝麻 丛枝 花变叶 植原体 16S rRNA基因 rp基因
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云南小驳骨丛枝植原体的分子鉴定及相关基因序列分析
《云南农业大学学报(自然科学版) 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：【目的】确定采自元谋地区自然表现丛枝病的小驳骨（Gendarussa vulgaris Nees）植株是否感染植原体。【方法】通过利用植原体16S组和亚组通用或半通用特异性引物分别对植原体16S rRNA、rp和secY基因序列进行PCR扩增、克隆及测序分析;此外还对secY蛋白的蛋白特性及其结构进行了分析和预测。【结果】本研究获得了基因片段长度分别为1 248 bp的16S rRNA基因（nested PCR）、1 171 bp的rp基因和1 425 bp的secY基因。基于rp和secY基因核苷酸序列的同源性比对及构建的进化树推断的植原体遗传分化关系几乎与16S rRNA基因的推断相一致,均与植原体16S rⅡ-A亚组各株系的遗传进化关系最为接近,但rp和secY基因序列比16S rRNA基因序列能够呈现出更大的遗传变异程度;此外,对secY蛋白进行了生物信息学分析和初步探讨,发现它具有10个明显且分布相对均匀的跨膜螺旋区域,无信号肽。【结论】小驳骨丛枝病（Gendarussa vulgaris witches’-broom phytoplasma,GvWB-YNym）是由植原体侵染而发生,该植原体株系被划分到16S rⅡ-A亚组,相关的候选种为Candidatus Phytoplasma aurantifolia;secY蛋白生物信息参数的分析表明:secY蛋白在感病小驳骨植株中以疏水性稳定跨膜蛋白的形式存在,含10个明显的疏水跨膜区域,该蛋白不存在信号肽。
关键词： 小驳骨丛枝病 植原体 16S rRNA基因 rp基因 secY基因 secY蛋白
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云南西盟蔗区发现检疫性病害甘蔗白叶病
《农学学报 》 2019
摘要：研究旨在明确2018年在云南西盟蔗区发现的甘蔗病害是否为植原体引起的甘蔗白叶病.使用植原体16S rRNA基因序列通用引物P1/P7和R16F2n/R16R2对10份采自云南西盟蔗区的疑似甘蔗白叶病样品进行巢氏PCR检测,并将巢氏PCR产物进行克隆测序和序列分析.巢氏PCR结果表明:所有10份样品均能扩增得到1240 bp左右的片段.测序结果表明所有获得的10条16S rRNA基因序列大小均为1247 bp,序列间的核苷酸一致性为100%.BLASTN分析表明,从病株扩增到的所有核苷酸序列与先前云南临沧甘蔗白叶病植原体分离物LC7和LC9的16S rRNA基因序列(Genbank登陆号:KR020691和KR020692)的核苷酸序列一致性为100%.虚拟RFLP分析表明,西盟分离物的16S r RNA基因序列的酶切图谱与16SrXI-B亚组植原体相同.本研究结果表明,云南西盟蔗区发现的甘蔗病害为16SrXI-B亚组植原体引起的甘蔗白叶病.
关键词： 云南 西盟 检疫性病害 植原体 甘蔗白叶病 16SrXI-B亚组
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云南蔓草虫豆丛枝植原体16S rDNA和secY基因序列分析
《云南农业大学学报(自然科学) 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】为确定在云南元谋地区蔓草虫豆上发生的疑似丛枝病的病原种类。【方法】利用植原体16S rDNA基因及secY基因通用引物对蔓草虫豆感病植株总DNA进行直接PCR和巢式PCR扩增、克隆和测序,分别获得1.8 kb和1.7 kb的16S rDNA、secY基因片段。【结果】16S rDNA片段i PhyClassifier在线虚拟RFLP及系统进化分析表明:蔓草虫豆丛枝植原体属于16SrII-A亚组成员(相似系数为1.00),与候选种Candidatus Phytoplasma australasiae相关。基于secY基因同源性比对及构建的系统进化树,表明该株系与来源于云南、台湾的花生丛枝植原体组各株系的亲缘关系最近,确定了该株系属于16SrII-A亚组成员。该分类结果与基于16S rDNA基因的分析结果一致。【结论】本研究首次采用分子生物技术确定了云南元谋蔓草虫豆丛枝病的病原是植原体,明确了其分类地位,该结果可为该病害的早期诊断、检测提供理论依据。
关键词： 蔓草虫豆丛枝病 植原体 16S rDNA secY基因 序列分析
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组培法保存花椰菜丛枝植原体的初步研究
《云南农业大学学报(自然科学) 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：对采自云南省元谋县的花椰菜丛枝病植原体感病植株进行组织培养。将带菌组培苗分别置于冰箱(4~8℃)低温保藏和光照培养箱中常温保藏,经定期观察和继代培养,结果表明:以感病植株的茎段作为组培材料,经丛生芽诱导培养可得到长势较好的花椰菜潜带植原体组培苗;同时,采用低温保藏可延长继代培养的间隔时间(每2~3月进行1次),期间每月在培养箱中补光3~7 d,在12个月后经PCR检测表明组培苗中仍含有植原体,达到植原体株系长期保存的目的。
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云南花生丛枝植原体16S rRNA和核糖体蛋白基因序列分析
《植物病理学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：利用植原体16S rRNA基因及核糖体蛋白基因(ribosomal protein,rp)通用引物对发生在云南元谋的花生丛枝病病株DNA进行PCR扩增,并对扩增片段进行序列测定。扩增获得的云南元谋花生丛枝植原体(PnWB-YNym)16S rDNA、16S-23S rDNA和23S DNA片段总长1 806 bp,rp基因扩增片段长1 171 bp。云南株系与来源于台湾和海南的花生丛枝植原体均有较高同源性。比较16S rDNA片段,发现云南株系在5个位点上与来自台湾或海南的株系存在碱基差异,其中有1个位点的差异是云南元谋株系特异的;再分别比较核糖体蛋白rplV-rpsC 2个基因所编码的氨基酸序列,发现云南株系rpsC编码的第194位氨基酸与台湾和海南的株系存在差异。经16S rDNA片段系统进化及iPhyClassifier在线分析,表明PnWBYNym在分类上属于16SrII-A亚组成员,与候选种‘Cand/datus Phytoplasma australasiae'相关;基于rp基因构建的系统进化树表明,PnWB-YNym与16SrII-A亚组各成员聚为同一亚进化支(iii)。
关键词： 云南元谋花生丛枝 植原体 16S rDNA 核糖体蛋白基因 序列分析
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温水处理对甘蔗白叶病植原体的脱除效果研究
《云南农业大学学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：甘蔗白叶病(SCWL)是一种易随种苗进行远距离传播的危险性检疫病害.近年从缅甸、菲律宾和法国等国引进的甘蔗品种/材料SCWL植原体阳性检出率高达78%,存在严重的引种安全隐患.本研究选择15个经巢式PCR检测确认带有SCWL植原体的引进甘蔗品种/材料进行温水(50±0.2)℃处理,采用巢式PCR检测SCWL植原体,研究温水处理对SCWL植原体的脱除效果.结果表明:温水处理2h不能有效脱除SCWL植原体,脱除率仅为26.7%.因此,今后在加强与东南亚国家合作深入开展甘蔗品种/材料交换工作中,要重点加强对SCWL植原体检疫检测,一旦发现带有SCWL植原体的品种/材料必须及时进行销毁处理,避免SC-WL植原体随引进品种/材料侵入我国境内扩散蔓延,确保我国蔗糖产业的安全可持续发展.
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黄槐丛枝病植原体的检测及鉴定
《植物病理学报 》 2005 北大核心 CSCD
摘要：应用植原体 16SrRNA基因通用引物,对自然表现丛枝的黄槐植株进行巢式PCR检测,得到约 1 2kb的特异片段,证明此植株中存在植原体。将此特异片段与pGEM TEasy载体连接并转化到大肠杆菌JM109感受态细胞中,通过PCR鉴定、序列测定及同源性比较分析,结果表明此植原体株系(STWB)16SrDNA片段G+C含量为 45 8%,与榆树黄化植原体组(Elmyellowsgroup, 16SrVgroup)中的各株系最高同源率可达 99 4%,而与其它组中的株系明显低于 97 0%,故认为该植原体株系为榆树黄化植原体组中的成员之一。
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