云南省稻瘟病菌无毒基因的地理分布(英文)

李进斌; 杨静; 刘林; 何汉明; 何霞红; 朱有勇; 李成云; 《Journal of Resources and Ecology 》 2011 CSCD

摘要：了解稻瘟病菌无毒基因的出现频率及分布,有助于制定有效的合理利用持有不同抗性基因的水稻品种及在多样性种植系统中抗性基因的组合的策略。本文对在云南省11个地(州)采集的稻瘟病菌中无毒基因的出现频率及地理分布进行分析,并利用持有20个抗性基因的水稻单基因系对供试的467个稻瘟病菌株的致病型进行鉴定。结果表明,稻瘟病菌无毒基因在云南省10个地(州)的出现频率差异不显著,而无毒基因在西双纳版纳的出现频率与其它10个地(州)的出现频率之间差异显著;无毒基因Avr-Pi9、Avr-Piz 和 Avr-Pizt 在11个地(州)的稻瘟病菌中出现频率最高,它们的平均检出率在80%以上。本研究结果表明,水稻遗传多样性的组成和分布对于水稻稻瘟病菌遗传多样性的形成和保持比气候和其它环境条件更重要。通过无毒基因的平均出现频率,可将无毒基因划分为4个类群,不同类群的无毒基因出现频率差异显著,而同一类群中的无毒基因出现频率的差异不显著。本研究结果将为水稻抗性基因的评价及稻瘟病有效防控提供有用的信息。

关键词： 稻瘟病菌 无毒基因 单基因系 频率 地理分布

灰盖鬼伞基因组中微卫星序列的组成

刘林; 李成云; 杨静; 业艳芬; 李进斌; 周晓罡; 王云月; 朱有勇; 《西南农业学报 》 2006 CSCD

摘要：本研究利用已公布的灰盖鬼伞基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(microsatellite)或简单重复序列(simplesequence repeats,SSRs)进行了系统分析。结果表明,在已公布的36.2 Mb的基因组序列中,共有7 859个SSR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%)。SSR的碱基总数达143 kb,约占整个基因组碱基数的0.40%,平均4.61 kb中就有1个大于15 bp的SSR序列。其中数量最多的是3碱基SSR,数量达到3 033个,其次为6碱基重复序列(2 121个)、5碱基重复序列(1 820个),这3种SSR总数达6 974个,占SSR总数的84.9%,单碱基重复序列数量最少,仅有285个。与子囊菌中的稻瘟病菌和粗糙脉孢菌相比,灰盖鬼伞菌基因组中每百万碱基中的SSR数量和密度都较小。这些研究结果可为该担子菌基因组的特征描述、注释及分子标记的筛选提供基础信息。

关键词： 微卫星或简单重复序列 频率 分布 分子标记

非洲菊ESTs-SSR标记的频率和分布特点

王继华; 瞿素萍; 唐开学; 李成云; 陈海如; 《园艺学报 》 2006 北大核心 CSCD

关键词： 非洲菊 表达序列标签 微卫星序列 频率 分布

构巢曲霉菌基因组中的数量可变重复序列的组成和分布

李成云; 李进斌; 周晓罡; 张绍松; 许明辉; 《遗传学报 》 2005 SCI 北大核心 CSCD

摘要：利用已经公布的构巢曲霉菌基因组测序结果,对该真菌已测序基因组(30.1Mb)中的数量可变重复(VNTR)序列进行了较为系统、全面地分析。结果表明,在已经公布的基因组序列中,共有4837个以1～6个核苷酸为基序的VNTR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%),其碱基总数占整个基因组碱基数的0.31%,平均6.2kb碱基中分布有一个大于15bp的VNTR。其中数量最多的五碱基VNTR,数量达到1386个,其次为六碱基VNTR(1228个),三碱基VNTR(1199个),这3种VNTR总数达3813个,占VNTR总数的78.8%。数量最少的是二碱基VNTR,只有144个。在9541个开放阅读框架(ORF)中的VNTR总数为1683个,共分布于1356个ORF中。其中只有1个VNTR的ORF为1117个。与其他生物内VNTR的分布类似,在基因编码区中,以三碱基VNTR和六碱基VNTR占绝对优势,在阅读框架中的VNTR中分别占到58.0%和52.9%。编码区的三碱基、六碱基VNTR分别为该菌基因组中相应VNTR总数的约44.4%和38.6%。由于编码区的碱基数占基因组碱基数的59.3%,所以这两种长度的VNTR在编码区中的密度略低于基因组中的平均密度。在编码区上下游300bp调控区,除在编码区数量较多的三碱基VNTR和六碱基VNTR外,其他各种长度的VNTR的比例都超过了10%。可见300bp的上下游调控区域是单碱基、二碱基、四碱基、五碱基VNTR的

关键词： 构巢曲霉菌 基因组 数量可变重复序列 频率 分布

粗糙脉孢菌基因组中的微卫星序列的组成和分布

李成云; 李进斌; 周晓罡; 张绍松; 许明辉; 《中国农业科学 》 2004 北大核心 CSCD

摘要：利用已经公布的粗糙脉孢菌基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(SSR)序列进行了系统分析。结果表明,在已经公布的38.0　Mb 的基因组序列中,共有14 788 个以1～6个核苷酸为基序的 SSR序列(长度大于15　bp,匹配值大于80%),其碱基总数占整个基因组碱基数的 0.95%,平均2.57　kb 就分布有一个大于15　bp的SSR。其中数量最多的三碱基 SSR,数量达到 4 729个,其次为六碱基 SSR　(2 940个)和单碱基 SSR(2 489 个),这3 类SSR 总数达10 158 个,占 SSR总数的68.7%。数量最少的是二碱基SSR,只有691 个。在可读框(ORF)中的SSR总数为 4 094个,共分布于2 373个 ORF中,其中只有1 个SSR 的ORF为 1 056个。与其它生物内 SSR的分布类似,在基因编码区中,以三碱基SSR和六碱基SSR占绝对优势,分别为基因组中三碱基和六碱基SSR总数的54.1%和48.8%,由于ORFs和编码区的碱基总数分别为该菌基因组碱基总数的约46%和38.3%,　所以这两种长度的SSR在编码区中的密度高于基因组中的平均密度。ORF上下游300　bp调控区域内是各类SSR相对的富集区。尤其是上游区域中的五碱基SSR,为平均密度的3倍,二碱基SSR和四碱基SSR的密度也是基因组中平均密度的2倍多。在下游调控序列中,五碱基、四碱基、二碱基、单碱基 SSR的密度,也大大超过了在基因?

关键词： 粗糙脉孢菌 基因组 微卫星序列 频率 分布 遗传标记

稻瘟病菌基因组中微卫星序列的频率和分布

李成云; 李进斌; 周晓罡; 董爱荣; 许明辉; 《中国水稻科学 》 2004 北大核心 CSCD

摘要：利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果 ,对该植物病原真菌基因组中的微卫星 (SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析。在已经公布的 37.89Mb的基因组序列中 ,共有 16 398个由 1～ 6个核苷酸为基序的SSR序列 (匹配值为80 % ) ,其总长度占整个基因组碱基数的 0 .87% ,平均 2 .31kb碱基中就分布有 1个大于 15bp的SSR。其中数量最多的是单碱基重复 ,达到 4 392个 ,其次为三碱基重复序列 (35 86个 ) ,五碱基重复序列 (344 2个 ) ,这 3种SSR总数达 114 2 0个 ,占SSR的 6 9.7%。数量最少的是二碱基重复序列 ,只有 6 80个。在整个基因组中的主要基序有A ,AG ,AC ,ACG ,AGC ,AAG ,GGC ,ACCT ,ATCC ,AAAG ,AAAAG ,AAAAT ,AAAAC ,AAAAAG ,AAAAAT和AACTAG。有的基序类型则完全没有出现。对不同超级连锁群的分析结果表明 ,各连锁群之间的SSR分布有一定差异 ,但总体上仍是较为均衡的。这些结果为稻瘟病菌的基因标记、群体结构研究、非编码区DNA序列的结构及功能研究提供了一个较好的基础。

关键词： 稻瘟病菌 基因组 微卫星序列 频率 分布 遗传标记