科研产出
滇魔芋与南蛇棒种间杂交种的遗传多样性研究
《曲靖师范学院学报 》 2024
摘要：由于魔芋葡甘聚糖在食品、医药等方面的重要价值，魔芋属(Amorphophallus)物种发展为我国西南地区重要的经济作物.为加快优质魔芋杂交种质资源的应用，通过简单重复序列(SSR)标记对滇魔芋(A.yunnanensis)、南蛇棒(A.dunnii)及其杂交种进行了基因分型，并评估了杂交种的遗传多样性，鉴定了杂交种与亲本的亲缘关系.研究结果显示，滇魔芋和杂交种的等位基因数最高，为1.750;而南蛇棒的Shannon指数(I)、表观杂合度(Ho)和预期杂合度(He)最高.杂交种与亲本物种的遗传多样性总体差异不大，这可能与野生亲本物种的遗传多样性较丰富有关.同时，SSR标记可以将杂交种完全鉴定出来，但杂交种与母本滇魔芋的亲缘关系更近，表明母本在杂交过程中产生了更大的遗传影响.这些发现为后续魔芋的分子辅助育种工作提供了新的思路和方向.
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利用SSR标记分析普通野生稻遗传多样性
《广东农业科学 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】揭示中国云南景洪、云南元江、江西东乡、缅甸普通野生稻(Oryza rufipogen Griff.)遗传多样性，以及云南景洪和元江普通野生稻原、异位保存下变异情况。【方法】利用36对SSR标记对来自云南景洪异位保护与原位保护区、云南元江异位保护与原位保护区、江西东乡及缅甸共102份普通野生稻进行检测，开展不同地理来源及不同保存方式下普通野生稻居群遗传多样性比较与聚类分析。【结果】供试普通野生稻检测出等位变异(Na)110个，平均3.056个，变幅为1～5个；Nei's基因多样性指数(I)平均为0.448。不同地理来源Nei’s基因多样性指数大小为：缅甸(0.561)>云南景洪(0.437)>云南元江(0.236)>江西东乡(0.230)，云南景洪和元江的普通野生稻Nei’s基因多样性指数均表现为异位保护区大于原位保护区(云南景洪：0.498>0.131，云南元江：0.264>0.035)。聚类与遗传分化分析显示，供试材料平均遗传相似系数为0.772，变幅0.260～1.000；在遗传相似系数0.635处可将供试材料划分为云南景洪、云南元江、江西东乡及缅甸居群。云南景洪原位保护区与缅甸的普通野生稻遗传距离较近(0.560)，云南元江原位保护区与江西东乡的普通野生稻遗传距离较近(0.552)；而云南元江原位保护区与景洪原位保护区的普通野生稻遗传距离为0.748，表明云南元江和景洪普通野生稻有明显的遗传分化。【结论】不同地区的普通野生稻遗传分化有明显的地域性，云南景洪和元江普通野生稻遗传多样性因原生境居群减少而下降。
关键词： 普通野生稻 SSR标记 遗传多样性 居群 原位保护 异位保护 遗传分化
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基于SSR标记与农艺性状对三七集团选择群体的评价
《植物遗传资源学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：三七为人参属多年生草本植物，生长和繁育周期长，群体间的遗传多样性低，但群体内单株间表型变异大，人参皂苷含量差异尤为明显。本研究根据三七中5种人参皂苷（三七皂苷R1、人参皂苷Rg1、人参皂苷Rb1、人参皂苷Re、人参皂苷Rd）含量构建了11份集团群体（SL1～SL11），对当代和第一代集团群体人参皂苷含量进行了比较分析。同时，基于三七基因组，使用MISA软件进行全基因组水平SSR标记开发，鉴定到255239个SSR标记，筛选出17对多态性SSR标记。使用SSR标记对第一代群体进行遗传多样性评价。结果表明，11份第一代集团群体观察杂合度Ho较高（0.4583～0.6042），遗传分化程度低（Fst=0.0447），且具有较高基因流（Nm=11.6189）；第一代群体间总皂苷含量无显著性差异而三七皂苷R1变异系数高于总皂苷和其他单体皂苷，且群体SL8三七皂苷R1含量显著高于其他群体。综上，本研究以皂苷含量为目标性状构建了高皂苷含量的集团群体，并利用SSR标记评价了群体遗传多样性，构建的三七皂苷R1高含量群体可作为后续育种材料。
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滇西地区小麦地方品种SSR分子标记遗传多样性及亲缘关系分析
《植物遗传资源学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：作物种质资源鉴定评价是种质资源保护与利用的重要环节。滇西地区是云南省小麦地方品种最重要的原产地，分布有类型多样数量丰富的资源。开展分子遗传多样性分析对明确其遗传背景、提高育种利用率具有重要意义。本研究利用65个SSR分子标记对186份来源于滇西地区的小麦地方品种进行遗传多态性分析。共检测出等位变异407个，平均为6.26个。主要等位基因频率共计为36.1077，平均为0.5555。基因多样性指数总计为37.5473，平均为0.5777。多态性信息含量（PIC）总计为34.9924，平均为0.5383，变幅为0.1465～0.8356之间，多态性达到高度水平（PIC≥0.5）。A、B、D亚基因组中，基因多样性指数的平均值从高到低依次为B＞ A＞ D;7个同源群中，基因多样性指数的平均值变幅为0.5202～0.6508，最高为第四同源群，最低为第七同源群。聚类分析表明共分为2大类群，其中5份材料为第Ⅰ类群，主要为四倍体材料；181份材料为第Ⅱ类群，全部为六倍体材料。第Ⅱ类群中的铁壳麦单独聚为一类，其他地方材料大致可按临沧、保山、大理等相同地理来源聚为一类。主成分分析结果与聚类分析一致。上述结果表明滇西小麦地方品种遗传多样性丰富，是未来小麦育种改良的宝贵基因库。
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云南不同稻区稻瘟病菌群体遗传结构的SSR分析
《中国农学通报 》 2023 CSCD
摘要：为了解稻瘟病菌的群体遗传结构，选用13对SSR标记对2007—2013年分离自云南省陆稻区、籼稻区和粳稻区（共计13个州）的125个稻瘟病菌单孢菌株的全基因组DNA进行PCR扩增及分析，结果13对引物共检测出128个等位基因；聚类分析表明，在相似系数为0.57时，125个供试菌株可划分为29个遗传宗谱，优势宗谱YN02包含了39个菌株，占总菌株数的31.20%，次优势宗谱YN08包含了15个菌株，占总菌株数的12.00%，其余71个菌株分属27个宗谱；表明云南省既有优势宗谱，又有较多遗传多样性的小宗谱，菌株群体遗传多样性丰富；比较不同稻区菌株群体的宗谱频率发现，陆稻区菌株的宗谱频率为65.52%，粳稻区和籼稻区菌株的宗谱频率分别为27.59%和13.79%，表明陆稻区菌株群体的遗传结构比粳稻区、籼稻区菌株复杂。因此，针对菌株群体宗谱较少，且优势宗谱突出的地方，应加强品种多样化种植，有利于稻瘟病菌群体的稳定化选择，降低病害流行风险。
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基于SSR标记的花菜类作物遗传多样性及群体结构分析
《西南农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]为了解花菜类种质的遗传基础,分析种质群体的亲缘关系,为花菜育种提供参考.[方法]选用22对SSR引物,利用毛细管电泳荧光检测技术对96份花菜类种质材料进行遗传多样性分析,根据Nei's遗传距离和非加权配对法(UPGMA)进行聚类分析以及以Structure软件的混合模型聚类法推断材料构成群体的遗传结构.[结果]22对引物在96份材料中共扩增出91个等位位点,平均每对引物为4.136个.从22对引物中筛选出了 10对条带清晰、稳定性好的多态性引物,可用于花菜类作物种质资源的鉴定和研究.根据花球性状,将材料分为青花菜(24份)以及花椰菜(72份)2个组群,经多态性分析,2个组群的观察等位基因数值(Na)分别为2.727和3.091;有效等位基因数(Ne)分别为1.910和1.841;Shannon's指数(I)分别为0.675和0.667,说明这2个组群的遗传多样性均不够丰富.聚类分析也将96份材料分为2个组群,第I组为24份青花菜材料,包括1份西兰苔杂交种和23份青花菜杂交种;第Ⅱ组为72份花椰菜材料,包括29份花椰菜自交系、36份花椰菜杂交种和7份花椰菜主栽品种.花椰菜自交系被分到了 4个亚群,但在各亚群中材料之间的遗传距离较小,杂交组配时,选用不同亚群的自交系进行组配,以获得更大的杂交优势.群体结构分析中,当K=2时,AK出现明显的峰值,最大值为1658.48,为最佳群体组群数,与聚类分析结果基本一致.且96份材料的Q值均大于0.6,说明该花菜资源的遗传结构较为单一.[结论]所参试材料种质群体内遗传多样性不够丰富,遗传背景单一,亟需重视对遗传背景差异大、亲缘关系远的种质资源的发掘利用,加强种质材料共享和交流,促进花菜种业发展.
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甘蔗抗褐锈病新基因抗感病池构建及SSR多态性引物筛选
《中国农学通报 》 2021 CSCD
摘要：由黑顶柄锈菌(Puccinia melanocephala H.Sydow&P.Sydow)引起的甘蔗褐锈病是危害中国甘蔗生产的主要病害之一.为了鉴定和发掘抗褐锈病新基因,防止褐锈病爆发流行和保证甘蔗安全生产,本研究以杂交组合'粤糖03-393'x'ROC 24'抗感分离真实性F,代群体为材料,构建抗感基因池,合成449对引物对抗感亲本及抗感基因池进行抗、感连锁SSR分子标记筛选.结果表明,25对引物在抗感亲本间有多态性,其中4对引物(SMC236CG、SCESSR0928、SCESSR0636、SCESSR2551)在抗感亲本及抗感池间有多态性,初步判定这4个SSR标记在染色体上的位点可能与抗褐锈病新基因存在连锁关系.研究结果为后续开展抗褐锈病新基因定位、为中国甘蔗褐锈病防控及抗病育种奠定了良好的基础.
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油菜Ogu CMS恢复系16C外源恢复基因染色体片段SSR标记图谱构建与比较
《中国油料作物学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为推进Ogu CMS不育系统杂种优势利用,探知甘蓝型油菜Ogu CMS优良恢复系16C外源导入恢复基因Rfo携带的染色体片段大小并比较其与欧洲Ogu CMS恢复系R2000的异同,以Ogu CMS不育系81A与恢复系16C为双亲构建F2分离群体,结合38对依据萝卜参考基因组开发的SSR引物进行育性性状差异标记筛选,并构建Rfo基因连锁标记图谱。SSR标记筛选结果显示:12对SSR引物在F2分离群体不育与可育DNA混合池间表现出差异,其中R9SSR2416与R9SSR3326为两侧边缘标记位点;16C与R2000差异比较结果显示:11对SSR标记在16C与R2000间扩增有差异,其中R9SSR2421与R9SSR3282为16C特有标记位点,其余9对为R2000特有标记位点。综上结果表明,甘蓝型油菜Ogu CMS恢复系16C外源导入恢复基因染色体片段来源于萝卜R9染色体,片段大小约为3.30 Mb（ChromosomeR9:8480586-11779992）,与欧洲Ogu CMS恢复系R2000恢复基因携带的外源染色体片段大小与来源均不同。
关键词： 甘蓝型油菜 Ogu CMS恢复系 SSR标记 分子标记图谱
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利用SSR标记构建青花菜的分子身份证
《中国蔬菜 》 2021 北大核心
摘要：为快速鉴别和利用青花菜品种资源,采用SSR分子标记荧光检测技术,对22个青花菜主要栽培品种进行等位基因多样性和聚类分析,筛选出最佳引物组合,构建22份青花菜品种的分子身份证。根据引物扩增等位基因数和多态性信息含量（PIC）,从1对引物开始逐步增加引物数量,筛选可将参试品种全部区分开的引物组合,最终确定了BoGMS0501、BoE718、BoGMS0941、BoE723等4对核心引物。通过对4个SSR标记在品种中的等位变异进行数字化赋值,构建了22份青花菜品种的分子身份证。利用SSR标记构建青花菜分子身份证操作简便可行,品种信息数据简洁直观,可以在青花菜品种的真实性鉴定和品种权益保护等方面提供技术支持。
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