科研产出
基于表型性状和SSR分子标记的云南省水稻主要育成品种(系)的遗传相似性分析
《植物遗传资源学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：利用株高等17个表型性状和48个SSR标记,对云南省18个育种部门(或课题组)自20世纪60年代以来选育的40个品种(系)进行遗传相似性分析。结果显示,基于17个表型性状,40个品种(系)间的遗传相似性系数值平均为0.244,籼型品种间为0.289,粳型为0.309,籼粳亚种间为0.162;基于48个SSR分子标记,40个品种(系)间的遗传相似性系数值平均为0.383,籼型为0.318,粳型为0.478,籼粳亚种间为0.267;表明表型遗传相似性低于DNA水平。48个SSR分子标记共检测到214个等位基因(Na),每个标记平均为4.458个,变幅为2～8个;有效等位基因数(Ne)平均值为2.8336,变幅为1.1515～5.2981;多态性信息含量(PIC)平均值为0.6058,变幅为0.2118～0.8816;基因型多样性指数(H′)平均值为1.1328,变幅为0.3768～1.8087;其中RM84、RM249、RM152、RM222和RM528是评价云南省水稻选育品种(系)遗传相似性比较理想的SSR标记。聚类分析显示,云南省水稻主要选育品种(系)表现为亚种间遗传差异明显,亚种内遗传差异较小,粳型品种间遗传相似性高于籼型,表明云南省选育的粳型品种(系)遗传多样性低,尤其是同一育种部门(或课题组)选育的品种间遗传相似度较高。
关键词： 水稻主要选育品种(系) 表型性状 微卫星标记 遗传相似性
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云南元江普通野生稻(Oryza rufipogon)群体籼粳分化的SSR分析
《中国水稻科学 》 2006 北大核心 CSCD
摘要：利用经测验可区分籼粳品种的19对SSR特异引物对来自云南元江普通野生稻自然居群的56个个体进行了SSR分析。19对引物中,有17对(占89.47%)在所有参试个体中仅能扩增出一种带型,而RM18和RM251能扩增出多态带型。RM4等16对(84.21%)引物扩增出的带与籼稻或粳稻特征带相同,其中11个位点偏粳而4个位点偏籼;RM18、RM202、RM205等3对引物扩增出的带型不同于籼稻或粳稻带型。结果表明,云南元江普通野生稻基因组DNA在所检测的19个位点上,多数位点(89.47%)上个体间无差异,84.21%的位点已有籼粳分化,13.79%的位点仍具有原始性。说明云南元江普通野生稻主体比较纯而原始,但已开始了籼粳的分化。
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禾谷镰刀菌和稻瘟病菌基因组中的微卫星序列比较
《植物保护学报 》 2005 北大核心 CSCD
摘要：利用禾谷镰刀菌 Fusarium graminearum 和稻瘟病菌 Magnaporthe grisea 基因组测序结果,对这两种植物病原真菌基因组中的微卫星(SSR)序列进行了系统地分析和比较。结果表明,在禾谷镰刀菌基因组中,共发现4679个 SSR 序列,总长度为96.2 kb,占基因组全长的0.27%。平均7.7kb 碱基中有一个大于15 bp 的 SSR 序列。在稻瘟病菌基因组中共发现16398个 SSR 系列,其总长度达到330 kb,约占整个基因全长的0.85%,平均2.36 kb 碱基中就分布有1个 SSR 序列。在禾谷镰刀菌基因组中,数量最多的是五碱基重复序列,其次是六碱基重复序列;稻瘟病菌基因组中数量最多的是单碱基重复序列,其次为三碱基重复序列和五碱基重复序列。两基因组中数量最少的都是二碱基重复序列。尽管这两种植物病原真菌都属子囊菌,基因组大小也十分接近,但无论是在SSR 的总体数量上,还是在各类 SSR 的分布上,两种植物病原真菌都存在十分显著的差别。
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粗糙脉孢菌基因组中的微卫星序列的组成和分布
《中国农业科学 》 2004 北大核心 CSCD
摘要：利用已经公布的粗糙脉孢菌基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(SSR)序列进行了系统分析。结果表明,在已经公布的38.0 Mb 的基因组序列中,共有14 788 个以1～6个核苷酸为基序的 SSR序列(长度大于15 bp,匹配值大于80%),其碱基总数占整个基因组碱基数的 0.95%,平均2.57 kb 就分布有一个大于15 bp的SSR。其中数量最多的三碱基 SSR,数量达到 4 729个,其次为六碱基 SSR (2 940个)和单碱基 SSR(2 489 个),这3 类SSR 总数达10 158 个,占 SSR总数的68.7%。数量最少的是二碱基SSR,只有691 个。在可读框(ORF)中的SSR总数为 4 094个,共分布于2 373个 ORF中,其中只有1 个SSR 的ORF为 1 056个。与其它生物内 SSR的分布类似,在基因编码区中,以三碱基SSR和六碱基SSR占绝对优势,分别为基因组中三碱基和六碱基SSR总数的54.1%和48.8%,由于ORFs和编码区的碱基总数分别为该菌基因组碱基总数的约46%和38.3%, 所以这两种长度的SSR在编码区中的密度高于基因组中的平均密度。ORF上下游300 bp调控区域内是各类SSR相对的富集区。尤其是上游区域中的五碱基SSR,为平均密度的3倍,二碱基SSR和四碱基SSR的密度也是基因组中平均密度的2倍多。在下游调控序列中,五碱基、四碱基、二碱基、单碱基 SSR的密度,也大大超过了在基因?
关键词： 粗糙脉孢菌 基因组 微卫星序列 频率 分布 遗传标记
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稻瘟病菌基因组中微卫星序列的频率和分布
《中国水稻科学 》 2004 北大核心 CSCD
摘要：利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果 ,对该植物病原真菌基因组中的微卫星 (SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析。在已经公布的 37.89Mb的基因组序列中 ,共有 16 398个由 1～ 6个核苷酸为基序的SSR序列 (匹配值为80 % ) ,其总长度占整个基因组碱基数的 0 .87% ,平均 2 .31kb碱基中就分布有 1个大于 15bp的SSR。其中数量最多的是单碱基重复 ,达到 4 392个 ,其次为三碱基重复序列 (35 86个 ) ,五碱基重复序列 (344 2个 ) ,这 3种SSR总数达 114 2 0个 ,占SSR的 6 9.7%。数量最少的是二碱基重复序列 ,只有 6 80个。在整个基因组中的主要基序有A ,AG ,AC ,ACG ,AGC ,AAG ,GGC ,ACCT ,ATCC ,AAAG ,AAAAG ,AAAAT ,AAAAC ,AAAAAG ,AAAAAT和AACTAG。有的基序类型则完全没有出现。对不同超级连锁群的分析结果表明 ,各连锁群之间的SSR分布有一定差异 ,但总体上仍是较为均衡的。这些结果为稻瘟病菌的基因标记、群体结构研究、非编码区DNA序列的结构及功能研究提供了一个较好的基础。
关键词： 稻瘟病菌 基因组 微卫星序列 频率 分布 遗传标记
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云南省梨属植物资源的微卫星分析研究
《西南农业学报 》 2004 CSCD
摘要：本研究利用在苹果(Malus×domesticaBorkh )研究中使用的27个微卫星标记,对云南省农业科学院园艺作物研究所种质资源圃中收集到的部分资源及昆明附近栽培的梨品种进行分析。结果表明这些标记可用于梨品种的研究,但不适于梨的野生近缘植物石屏海棠(MalushupehensisRehd)、腾冲海棠(MalussieboldiiRehd)和子(CotoneastermultifloraBge)的研究。由于本试验电泳时使用的是3%的琼脂糖凝胶,所以得到的等位位点数不如用聚丙稀酰胺凝胶进行电泳的多。根据27对微卫星引物对42个梨品种基因组DNA扩增的结果,可以将供试的42个梨品种分为5群。
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云南地方稻种资源核心种质的微卫星分析(英文)
《农业生物技术学报 》 2003 CSCD
摘要：以来自云南地方稻(Oryzasativa L.)种资源核心种质中的113份材料为研究对象,运用36对微卫星引物,研究了(indica )粳(japonica )两个亚种间和云南5个稻作生态区间的遗传多样性分布趋势,并筛选了籼粳亚种、水陆生态型和不同态区的特异指纹标记。结果表明,粳稻的遗传多样性大于籼稻,遗传分化水平较低;而5个生态区中滇西南水陆稻区遗传多性最大,遗传分化水平较低;滇东北高原粳稻区的遗传多样性最小。这种遗传多样性的分布趋势与前人在形态和同工酶水平对云南稻种资源多样性的考察,以及云南地方稻种资源核心种质在形态和同工酶水平上的遗传多样性分布趋势基本一致。外,在所出现的416个指纹标记中,分别发现籼粳特异指纹标记6个,水陆特异指纹标记15个,不同生态区特异指纹标记个。初步认为,云南地方稻种资源核心种质代表了云南省地方稻种资源的遗传多样性;从DNA水平上看,云南地方稻种资源遗传多样性中心在云南省的西南部,粳稻的分化水平低于籼稻。微卫星标记是种质资源遗传多样性检测、分类和生态型确认及核心种质研究中有用的工具。
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