非洲菊ESTs-SSR标记的频率和分布特点

王继华; 瞿素萍; 唐开学; 李成云; 陈海如; 《园艺学报 》 2006 北大核心 CSCD

关键词： 非洲菊 表达序列标签 微卫星序列 频率 分布

应用近等基因系初步定位粳稻孕穗期的耐冷基因

申时全; 曾亚文; 李绅崇; 文国松; 普晓英; 《中国水稻科学 》 2005 北大核心 CSCD

摘要：在昆明低温冷害条件下对十和田×(十和田5/昆明小白谷BC4F5)的BC5F2群体进行了耐冷性状的遗传研究。结果显示,穗期耐冷性受贡献率较大的基因控制。用平均分布于12条染色体的164个SSR标记对十和田、昆明小白谷、近等基因系池(NILP)进行筛选,在第5染色体长臂末端有2个SSR标记的扩增产物在十和田与昆明小白谷、NILP间有多态性。用这2个多态性标记对群体进行分子标记定位,单向方差分析表明RM31与耐冷基因连锁。再在RM31附近合成12个SSR标记在轮回亲本(RP)、近等基因系(NIL)间进行多态性筛选,只有RM7452有多态性,单向方差分析表明该标记与耐冷基因连锁。耐冷基因与RM7452、RM31的遗传距离分别为4.8cM和8.0cM,主穗结实率能解释表型变异的10.50%;实粒数能解释表型变异的5.10%。暂将这个耐冷基因定名为Ctb(t)。

关键词： 孕穗期 近等基因系 微卫星标记 遗传研究 耐冷基因

粗糙脉孢菌基因组中的微卫星序列的组成和分布

李成云; 李进斌; 周晓罡; 张绍松; 许明辉; 《中国农业科学 》 2004 北大核心 CSCD

摘要：利用已经公布的粗糙脉孢菌基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(SSR)序列进行了系统分析。结果表明,在已经公布的38.0　Mb 的基因组序列中,共有14 788 个以1～6个核苷酸为基序的 SSR序列(长度大于15　bp,匹配值大于80%),其碱基总数占整个基因组碱基数的 0.95%,平均2.57　kb 就分布有一个大于15　bp的SSR。其中数量最多的三碱基 SSR,数量达到 4 729个,其次为六碱基 SSR　(2 940个)和单碱基 SSR(2 489 个),这3 类SSR 总数达10 158 个,占 SSR总数的68.7%。数量最少的是二碱基SSR,只有691 个。在可读框(ORF)中的SSR总数为 4 094个,共分布于2 373个 ORF中,其中只有1 个SSR 的ORF为 1 056个。与其它生物内 SSR的分布类似,在基因编码区中,以三碱基SSR和六碱基SSR占绝对优势,分别为基因组中三碱基和六碱基SSR总数的54.1%和48.8%,由于ORFs和编码区的碱基总数分别为该菌基因组碱基总数的约46%和38.3%,　所以这两种长度的SSR在编码区中的密度高于基因组中的平均密度。ORF上下游300　bp调控区域内是各类SSR相对的富集区。尤其是上游区域中的五碱基SSR,为平均密度的3倍,二碱基SSR和四碱基SSR的密度也是基因组中平均密度的2倍多。在下游调控序列中,五碱基、四碱基、二碱基、单碱基 SSR的密度,也大大超过了在基因?

关键词： 粗糙脉孢菌 基因组 微卫星序列 频率 分布 遗传标记

稻瘟病菌基因组中微卫星序列的频率和分布

李成云; 李进斌; 周晓罡; 董爱荣; 许明辉; 《中国水稻科学 》 2004 北大核心 CSCD

摘要：利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果 ,对该植物病原真菌基因组中的微卫星 (SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析。在已经公布的 37.89Mb的基因组序列中 ,共有 16 398个由 1～ 6个核苷酸为基序的SSR序列 (匹配值为80 % ) ,其总长度占整个基因组碱基数的 0 .87% ,平均 2 .31kb碱基中就分布有 1个大于 15bp的SSR。其中数量最多的是单碱基重复 ,达到 4 392个 ,其次为三碱基重复序列 (35 86个 ) ,五碱基重复序列 (344 2个 ) ,这 3种SSR总数达 114 2 0个 ,占SSR的 6 9.7%。数量最少的是二碱基重复序列 ,只有 6 80个。在整个基因组中的主要基序有A ,AG ,AC ,ACG ,AGC ,AAG ,GGC ,ACCT ,ATCC ,AAAG ,AAAAG ,AAAAT ,AAAAC ,AAAAAG ,AAAAAT和AACTAG。有的基序类型则完全没有出现。对不同超级连锁群的分析结果表明 ,各连锁群之间的SSR分布有一定差异 ,但总体上仍是较为均衡的。这些结果为稻瘟病菌的基因标记、群体结构研究、非编码区DNA序列的结构及功能研究提供了一个较好的基础。

关键词： 稻瘟病菌 基因组 微卫星序列 频率 分布 遗传标记

云南省梨属植物资源的微卫星分析研究

易芍文; 李进斌; 周小罡; 袁媛; 胡忠荣; 《西南农业学报 》 2004 CSCD

摘要：本研究利用在苹果(Malus×domesticaBorkh )研究中使用的27个微卫星标记,对云南省农业科学院园艺作物研究所种质资源圃中收集到的部分资源及昆明附近栽培的梨品种进行分析。结果表明这些标记可用于梨品种的研究,但不适于梨的野生近缘植物石屏海棠(MalushupehensisRehd)、腾冲海棠(MalussieboldiiRehd)和子(CotoneastermultifloraBge)的研究。由于本试验电泳时使用的是3%的琼脂糖凝胶,所以得到的等位位点数不如用聚丙稀酰胺凝胶进行电泳的多。根据27对微卫星引物对42个梨品种基因组DNA扩增的结果,可以将供试的42个梨品种分为5群。

关键词： 梨 野生近缘种 微卫星标记 云南

云南地方稻种资源核心种质的微卫星分析(英文)

张洪亮; 李自超; 廖登群; 刘霞; 曾亚文; 申时全; 穆平; 杨忠义; 王象坤; 《农业生物技术学报 》 2003 CSCD

摘要：以来自云南地方稻(Oryzasativa L.)种资源核心种质中的113份材料为研究对象,运用36对微卫星引物,研究了(indica )粳(japonica )两个亚种间和云南5个稻作生态区间的遗传多样性分布趋势,并筛选了籼粳亚种、水陆生态型和不同态区的特异指纹标记。结果表明,粳稻的遗传多样性大于籼稻,遗传分化水平较低;而5个生态区中滇西南水陆稻区遗传多性最大,遗传分化水平较低;滇东北高原粳稻区的遗传多样性最小。这种遗传多样性的分布趋势与前人在形态和同工酶水平对云南稻种资源多样性的考察,以及云南地方稻种资源核心种质在形态和同工酶水平上的遗传多样性分布趋势基本一致。外,在所出现的416个指纹标记中,分别发现籼粳特异指纹标记6个,水陆特异指纹标记15个,不同生态区特异指纹标记个。初步认为,云南地方稻种资源核心种质代表了云南省地方稻种资源的遗传多样性;从DNA水平上看,云南地方稻种资源遗传多样性中心在云南省的西南部,粳稻的分化水平低于籼稻。微卫星标记是种质资源遗传多样性检测、分类和生态型确认及核心种质研究中有用的工具。

关键词： 核心种质 遗传多样性 微卫星标记 稻种资源