科研产出
云南省陆良县蚕区病蚕BmDNV VD1 ORF2 PCR检测及序列分析
《中国蚕业 》 2015
摘要：根据家蚕浓核病的典型病症,推测云南省陆良县蚕区病蚕感染该病毒;为进一步确认家蚕感染浓核病病毒,参照家蚕浓核病病毒-镇江株(Bombyx mori densonucleosis virus-3,Bm DNV-3)基因组VD1链非结构蛋白基因1ORF2序列设计特异性引物,以病蚕基因组为模板进行PCR扩增来检测该蚕区的病蚕是否感染Bm DNV,PCR检测结果得知,在陆良县收集的14户蚕农病蚕样品中有7组样品感染了Bm DNV;为进一步了解该地区病毒与已报道病毒株系间的进化关系,纯化该病毒并提取基因组,回收VD1 ORF2上下游引物扩增得到的PCR产物并克隆该基因片段(Gen Bank登录号:KR909094);收集NCBI已登录非结构蛋白1基因序列构建系统发生树,从进化树可以得知,Bm DNV-3与家蚕浓核病病毒-陆良株(Bombyx mori densonucleosis virus-Luliang,Bm DNV-Luliang)聚为1支,说明分离得到的Bm DNV为Bm DNV-3的1个分离株系,为下一步研究病毒与宿主间基因组进化提供理论依据。
关键词： 陆良县 家蚕浓核病 PCR VD1 ORF2 系统发生树 镇江株 陆良株
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蓟马科部分种类mtDNA-COⅠ序列变异及系统发育分析
《应用昆虫学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：【目的】蓟马科是一类重要的经济昆虫,目前一些种类的传统形态系统分类还存在争议,本研究采用分子标记对蓟马科的系统发育进行探讨。【方法】对蓟马科9属27种蓟马的mtDNA-COⅠ基因的变异进行分析,采用邻接法、最大似然法和贝叶斯法构建系统发育树。【结果】研究表明在比对的432 bp的序列中,有207个保守位点,222个变异位点,3个缺失位点,序列A+T含量为68.3%,具有A、T偏倚性;蓟马种间的序列分歧度变化在15.6~40.0之间。【结论】系统进化树支持针蓟马亚科为蓟马科最为原始的类群;棍蓟马亚科与绢蓟马亚科、蓟马亚科形成姐妹群;绢蓟马亚科与蓟马亚科有较近的亲缘关系,支持Mound四亚科的分类系统。
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家蚕B型清道夫受体基因的鉴定及系统发生与表达分析
《蚕业科学 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：B型清道夫受体(SR-B)是清道夫受体超基因家族成员,参与机体的脂类代谢、动脉粥样硬化形成或保护、宿主免疫损害防御、凋亡细胞清除和细胞粘附等重要生命过程。基于家蚕全基因组数据,利用比较基因组学方法,鉴定获得了14个家蚕B型清道夫受体基因,这些基因分布在至少5条染色体上,其内含子的大小从几十到近万个碱基对。系统发生分析表明,14个家蚕B型清道夫受体基因分布在3个类群:第1类群中分布的9个基因和第3类群中分布的3个基因,分别与类群中其它昆虫的同源基因形成明显的直系同源关系;第2类群中分布有2个基因,此类群中不同昆虫的同源基因之间的进化关系较为复杂。EST数据和芯片数据分析表明,多数家蚕B型清道夫受体基因具有转录活性。RT-PCR检测结果显示,有8个家蚕B型清道夫受体基因在5龄第3天幼虫组织中表达,并具有不同的表达模式,推测这些基因可能行使不同的功能。研究结果为进一步诠释家蚕B型清道夫受体基因的功能奠定了基础。
关键词： 家蚕 B型清道夫受体基因 生物信息学分析 系统发生 组织表达
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基于amy基因的中国野桑蚕遗传多样性及其与家蚕的系统发育关系
《昆虫学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：为探索中国野桑蚕Bombyx mandarina的遗传多样性及其与家蚕B.mori的系统发育关系,采用PCR产物直接测序法(少数样本克隆测序)获得34个家蚕和野桑蚕样本淀粉酶基因amy序列片段(715bp)。分析发现56个多态性位点,鉴定出28种单倍型(haplotype);核苷酸多样性π=0.01390±0.00103,单倍型多样度Hd=0.988±0.011。核苷酸不配对分析(mismatchan alysis)和Fu’sFs检测表明中国野桑蚕曾发生过种群扩张。分子方差分析(AMOVA)表明,遗野桑蚕传差异主要在种群内,种群间和地理组群间差异不显著。聚类树上34个样本聚为3枝/3蔟,野蚕和家蚕都不按地理区域或系统(类型)聚类,A枝由来自不同地区的野蚕和不同类型的家蚕混合构成,并且进一步分成3个亚枝,每一亚枝也同时包含家蚕和野蚕,B枝由3个家蚕和1个野蚕混合构成,C枝全部由来自不同地区的野蚕构成。网络分析没有发现"祖先单倍型"和优势单倍型。结果提示,淀粉酶基因是一个多态性丰富的分子标记,中国野桑蚕遗传多样性十分丰富,据此推测家蚕起源于多种生态类型混杂的野桑蚕。
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利用AFLP进行“甘蔗属复合体”系统演化和亲缘关系研究
《作物学报 》 2005 北大核心 CSCD
摘要：采用AFLP分子标记技术,对“甘蔗属复合体”中4个属16个种的6 9份来自中国和澳大利亚的甘蔗种质资源材料进行系统演化和亲缘关系分析。2对AFLP引物共检测到173个标记,其中172个为多态标记,多态率达99 4 % ;通过计算Jaccard相似性系数,用UPGMA和PCA法构建了分子系统树和效应图。结果表明:(1)属间亲缘关系中,甘蔗属与芒属较近,与河八王属和蔗茅属较远,而河八王属与蔗茅属较近;(2 )甘蔗属内,细茎野生种与其他种关系较远,其中,栽培品种与热带种关系较近,中国种和印度种关系较近,而大茎野生种自聚为一族,与上述4种分离;(3)蔗茅属内,除蔗茅种和滇蔗茅种外,无论是中国斑茅(云南、海南)还是印度尼西亚斑茅,都与蔗茅属其他种聚在一起,其中与E procerus的关系最近,与E bengalense和E sarpet种次之;由斑茅与这3个种构成的群体与由E elephantinus和E ravennae构成的群体相对分离,形成了明显的2个组群。再次表明斑茅应列入蔗茅属,建议我国甘蔗学者采纳国外分类命名(E arundinaceus) ,以能更好地开展斑茅的研究和杂交育种利用并与国际接轨;(4)蔗茅和滇蔗茅均没有聚类到蔗茅属类群中,而分别独立位于系统树2大枝系上。蔗茅与甘蔗属亲缘关系较近,与芒属亲缘关系次之,与蔗茅属和河八王属关系较远;滇蔗茅与河八王属亲缘关系?
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从核糖体DNA ITS区序列研究甘蔗属及其近缘属种的系统发育关系
《作物学报 》 2003 北大核心 CSCD
摘要：测定了甘蔗属及其近缘属的 13个种共 4 3个个体和 1个橡草 (Pennisetum schumach)外群的核糖体 DNA中的内转录间隔区 (ITS)及 5 .8S r DNA基因的序列。结果表明 :甘蔗属及其近缘属种的 ITS区 (含 ITS1,5 .8S r DNA和ITS2 )序列的长度范围为 5 89～ 5 91bp,变异位点为 14 0个 ,信息位点为 6 0个 ;其中 ,ITS1和 ITS2的长度范围分别为 2 0 5～ 2 0 8bp和 2 16～ 2 2 0 bp,变异位点分别为 6 4和 6 8个 ,信息位点分别为 33和 2 4个 ;5 .8S r DNA长度范围为 16 4 bp,变异位点为 8个 ,信息位点为 3个。以狼尾草属的橡草 (P.schumach)作为外群 ,运用 PAUP4 .0 b软件构建的系统发育 NJ树表明 :浙江果蔗 (R4 5 )应属于热带种 (S. officinarum ) ;河王八属与蔗茅属的亲缘关系较近 ,各自的金猫尾种与蔗茅种、河王八种与滇蔗茅种分别交叉聚在 2个不同的小分支中 ;斑茅 (S.arundinaceum或 E.arundinaceum)具有其他属不同的特异位点 ,是距甘蔗属较远的一个独立分支 ,从分子水平上提出了斑茅并不属于甘蔗属的观点 ,但其是否属于蔗茅属 ,还是应当立为单种属则需进一步的研究论证。
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甘蔗细茎野生种(Saccharum spontaneum L.)的遗传多样性和系统演化研究
《作物学报 》 2001 北大核心 CSCD
摘要：利用 RAPD技术 ,采用 2 5个随机引物对来自中国不同生态环境的 195份甘蔗细茎野生种材料进行了地理群体结构的遗传多样性研究。结果表明 :甘蔗细茎野生种的种内遗传变异较大 ,各地理类群的遗传分化明显 ,具有丰富的遗传多样性。基于分子聚类分析 ,推论中国甘蔗细茎野生种的起源演化方式为 :起源于云南 ,然后由云南→四川→贵州→广西→广东→海南→福建→江西 ;进一步证明了云南为野生甘蔗的起源中心之一的可能性
关键词： 甘蔗细茎野生种 RAPD分析 遗传多样性 系统演化
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