不同地理来源水稻品种的SSR分子标记遗传相似性分析

杨文毅; 严红梅; 董超; 张恩来; 阿新祥; 汤翠凤; 杨雅云; 张斐斐; 和建平; 徐福荣; 《中国农学通报 》 2011 北大核心 CSCD

摘要：为了评价云南水稻品种与国内外水稻品种间的遗传相似性,利用48个SSR分子标记对90个来自9个不同国家的水稻品种进行遗传相似性分析,结果共检测到269个等位基因(Na),平均每个SSR标记检测到5.604个,变幅为3～10;共检测到159.775个有效等位基因(Ne),平均为3.329,变幅为1.578～6.090;每个SSR标记的多态性信息含量(PIC)变幅为0.366～0.836,平均为0.661。90个水稻品种间的遗传相似系数(GS)变幅为0.021～0.875,平均为0.328。90个品种在相似系数0.212处分为籼、粳两亚种类群;聚类树形图能划分品种的地理来源;亚种内,粳型品种较籼型品种的遗传相似度高。云南粳稻育成品种的遗传相似性较高,云南水稻地方品种的遗传多样性较高,应加强对云南水稻地方品种的有效保护和籼粳分化等研究。

关键词： 水稻 SSR 遗传相似性 分析

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云南当前种植地方稻种SSR遗传多样性分析

张恩来; 徐福荣; 汤翠凤; 阿新祥; 杨雅云; 董超; 张斐斐; 徐安虎; 戴陆园; 《植物遗传资源学报 》 2011 北大核心 CSCD

摘要：选用20对SSR引物对2007-2008年间从云南省56个县(区)收集的416份地方稻种进行遗传多样性分析。共检测到116个等位变异,每个位点变幅为3～13,平均为5.8个;SSR引物多态性信息含量PIC指数平均为0.681,最小为RM18的0.349,最大的RM6748为0.891;56个县的PIC变幅为0.025～0.679,平均为0.381,勐海县的PIC最高,广南县等仅有1份参试材料的8个县的PIC最低。聚类结果表明,在遗传一致度为0.362处将56个县的稻种分为3个类群,第Ⅰ类包括勐海等54个县,在阈值为0.499处又分为2个亚类,其中亚类Ⅰ-1包括36个县,亚类Ⅰ-2包括18个县,第Ⅱ类仅包括思茅区,第Ⅲ类仅包括河口县;楚雄州的牟定县与姚安县的遗传一致度最大,为0.943,大姚县与姚安县的遗传一致度也较高,为0.925,思茅区与宁蒗县的遗传一致度最小,为0.033,各县(区)的遗传一致度与地理位置有一定的相关性。本研究结果表明,云南当前种植的地方稻种具有丰富的遗传多样性,但分布很不均匀,遗传多样性主要集中在西双版纳、德宏、普洱、临沧和红河5个州市。

关键词： SSR 遗传多样性 地方稻种 当前种植 云南

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绢毛蔷薇居群遗传多样性的SSR分析

周宁宁; 张颢; 杨春梅; 汪国鲜; 李绅崇; 单芹丽; 唐开学; 《西南农业学报 》 2011 北大核心 CSCD

摘要：以收集的8个绢毛蔷薇居群的80份样本为研究对象,利用SSR技术分析其遗传多样性。80个样本的多态位点百分率、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为69.66%、0.1425、0.2296。比较8个居群的遗传多样性指标,显示居群间遗传变异55.53%,居群内遗传变异44.47%。茂林居群的遗传多样性最高(H=0.0879,I=0.1331,多态位点百分率为25.84%)。聚类分析结果显示,8个居群可聚类为2组。居群遗传分化系数(Gst)和基因流(Nm)分别为0.5553和0.4005,表明绢毛蔷薇基因分化明显,基因交流受阻。

关键词： 绢毛蔷薇 居群 SSR 遗传多样性

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云南甘蔗自育品种DNA指纹身份证构建

刘新龙; 马丽; 陈学宽; 应雄美; 蔡青; 刘家勇; 吴才文; 《作物学报 》 2010 北大核心 CSCD

摘要：以云南27份甘蔗自育品种为材料,从国际微卫星协会提供的120对SSR引物中筛选出8对多态性丰富、品种聚类区分率高、易统计的引物组成核心引物。8对SSR引物共产生129条带,123个为多态带,多态条带比例为95.35%,多态信息量平均为0.9445,品种相似性系数在0.269~0.767之间,其中引物SMC1047HA,MSSCIR21不仅多态性丰富,而且单个引物就可区分所有品种,是最有效的核心引物。8对核心引物两两组合的效率分析表明,MSSCIR36/MSSCIR2、MSSCIR16/MSSCIR36和MSSCIR36/SMC336BS是高效引物组合,可以完全有效区分所有品种,且品种相似性系数较低;同时使用蔗区种植面积较大的10个主栽品种验证3个高效引物组合,结果表明,MSSCIR16/MSSCIR36是最佳引物组合,不仅能有效区分所有云南甘蔗自育品种,而且能将云南甘蔗自育品种与10个主栽品种最有效地区分开。使用品种的国圃号、国家地区代码、育种单位英文缩写、核心引物名称和分子数据组成云南甘蔗自育品种的DNA指纹身份证,不仅包含了品种的重要信息,而且其中的分子数据可用于品种的真伪鉴定和遗传关系分析,为品种的知识产权保护提供有效的科学依据。

关键词： 云南甘蔗品种 SSR DNA 指纹 身份证

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甘蔗SSR和AFLP分子遗传连锁图谱构建

刘新龙; 毛钧; 陆鑫; 马丽; Karen Sarah AITKEN; Phillip Andrew JACKSON; 蔡青; 范源洪; 《作物学报 》 2010 北大核心 CSCD

摘要：采用甘蔗商业品种Co419与野生种割手密Y75/1/2杂交,获得269个单株,组成F1群体,用F102/356与商业品种ROC25回交获得266个单株,组成BC1群体。利用筛选的多态性条带丰富的36对SSR引物和12对AFLP引物,对两个群体进行PCR扩增和分子遗传连锁分析,构建甘蔗分子遗传连锁图谱。用F1群体获得630个分离标记,经χ2检测,298个标记为单双剂量标记,占总标记数的47%;用BC1群体获得571个分离标记,有264个标记为单双剂量标记,占总标记数的46%;4个亲本获得单双剂量标记的数量依次为Co419>02/356>Y75/1/2>ROC25。在LOD≥5.0,相邻标记遗传距离≤40cM的条件下,F1群体有134个单双剂量标记被纳入55个连锁群,其中39个连锁群归属8个同源组,16个未列入,总遗传距离为1458.3cM,标记间平均图距为10.9cM;BC1群体有133个单双剂量标记被纳入47个连锁群,其中34个连锁群归属于8个同源组,13个连锁群未列入,总遗传距离为1059.6cM,标记间平均图距为8.0cM。从4个亲本单双剂量标记进入的连锁群数来看,Co419最多,归入34个连锁群,其次为Y75/1/2,归入20个连锁群,第3为02/356和ROC25,归入19个连锁群。研究结果表明,从单双剂量标记比例、形成连锁群数量、总遗传距离来看,F1群体构图质量要优于BC1群体。

关键词： 甘蔗 遗传连锁图谱 SSR AFLP 群体

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不同割手密杂交后的父性遗传分析

刘洪博; 桃联安; 懂立华; 安汝东; 吴才文; 经艳芬; 《中国农学通报 》 2010 北大核心

摘要：为了确定杂交后代遗传的真实性,分析父本在子代中的遗传比率,选用‘云割82-114’、‘云南1号’、‘云割83-184’、‘云割82-25’、‘云割82-160’、‘瑞割3号’等优良甘蔗细茎野生种作为父本,利用‘百眉蔗’、‘粤糖93-159’等作为母本,通过有性杂交,并利用SSR鉴定杂交后代的遗传关系。从140个后代材料中鉴定出109个真实杂种,27个是假阳性材料,4个自交材料。并对12个组合真实性达到6个以上的子代进行了父性遗传的评估,结果父本共检测出24个位点,各子代群体的平均父性多态性比率在33.33%～86.67%之间,平均基因杂合度较低,而父性遗传率相对较高,其中‘云割82-114’作为父本,与‘云割F180-189’杂交后代父性遗传率最低,与百眉蔗杂交后代父性遗传率较高;‘德蔗93-94’作为母本,与‘云南1号’杂交后代的父性遗传率最高,与‘云割83-174’杂交后代的父性遗传率最低。

关键词： 割手密 杂交 SSR 遗传分析

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甘蔗分离群体的构建和评价

刘新龙; 吴才文; 毛钧; 蔡青; 应雄美; 马丽; 陆鑫; 刘家勇; 赵俊; 赵培方; 范源洪; 《西南农业学报 》 2010 北大核心 CSCD

摘要：分离群体是甘蔗基因发掘的重要前提条件,开展甘蔗分离群体数量性状及分子标记数据的评价研究,为甘蔗遗传连锁图谱构建和数量性状基因定位及遗传育种提供依据。对甘蔗杂合商业品种与野生种割手密远缘杂交的F1群体(Co419×Y75/1/2)的产量性状(有效茎数、单茎重、株高、茎径、公顷产量)和糖分性状(蔗汁糖度、锤度、商业糖分)的频率分布、变异系数进行分析评价;同时对12对AFLP引物和36对SSR引物获得的505个分离标记进行χ2检测。研究结果表明,F1群体的产量和糖分性状符合正态分布,变异丰富,并表现为明显的超亲分离,属于多基因控制的数量性状。AFLP和SSR标记的分离比例检测表明,群体单双剂量标记的检出比例为52%,共获得179个单剂量标记和82个双剂量标记,其中有24对AFLP和SSR引物的单双剂量标记检出比例大于50%,属于比较有效的PCR引物。通过本研究,确认了该群体适合开展遗传连锁作图和数量性状基因定位研究;同时单双剂量标记的获得和高效引物的筛选都将为后续遗传学研究奠定基础条件。

关键词： 甘蔗 分离群体 数量性状 AFLP SSR

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甘蔗AFLP标记和SSR标记的PAGE胶快速银染检测方法

刘新龙; 蔡青; 毕燕; 陆鑫; 马丽; 应雄美; 毛钧; 《江苏农业学报 》 2009 北大核心 CSCD

关键词： 甘蔗 AFLP SSR 快速银染

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云南39个野生蔷薇种间遗传多样性的SSR分析

许凤; 李凌; 邱显钦; 唐开学; 蹇洪英; 李树发; 王其刚; 张颢; 《西南大学学报(自然科学版) 》 2009 北大核心 CSCD

摘要：利用简单重复序列SSR(Simple Sequence Repeat)标记技术对蔷薇属39份野生材料的遗传多样性进行了研究.用筛选出的20对SSR引物对39份材料DNA进行PCR扩增,在20个位点上共检测到249个等位基因,每一位点的等位基因变幅为6~19个,平均12.5个.材料间遗传相似系数变化范围为0.142~0.800,表明39个云南野生蔷薇种间具有丰富的遗传多样性.本研究发现,在相似系数为0.34时,基于SSR标记进行UPGMA的聚类分析将39份蔷薇野生种分为10个组,与植物形态学分类结果大体一致.

关键词： 蔷薇属 SSR 分类 遗传多样性

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利用SSR标记和产量对27份玉米自交系进行杂种优势群划分

姚文华; 罗黎明; 汪燕芬; 黄云霄; 段智利; 徐春霞; 陈洪梅; 谭静; 番兴明; 《玉米科学 》 2009 北大核心 CSCD

摘要：利用SSR标记技术对23份玉米自交系和4个测验种进行杂优类群研究。从117对引物中筛选出77对扩增带谱清晰且具有多态性的SSR引物,在供试材料中检测到398个等位基因变异,计算27个自交系间的遗传距离(GD)在0.1074～0.4380,平均0.2880。分析GD和产量发现,GD大于0.3100的组合具有明显产量优势,GD小于0.2880组合的产量优势较弱;根据分子聚群并结合产量和系谱来源分析,将27份自交系划分为3个杂种优势群A群、B群和C群。

关键词： 玉米自交系 SSR 遗传距离 杂种优势群

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