非洲菊ESTs-SSR标记的频率和分布特点

王继华; 瞿素萍; 唐开学; 李成云; 陈海如; 《园艺学报 》 2006 北大核心 CSCD

关键词： 非洲菊 表达序列标签 微卫星序列 频率 分布

禾谷镰刀菌和稻瘟病菌基因组中的微卫星序列比较

李成云; 李进斌; 刘林; 杨静; 周晓罡; 《植物保护学报 》 2005 北大核心 CSCD

摘要：利用禾谷镰刀菌 Fusarium graminearum 和稻瘟病菌 Magnaporthe grisea 基因组测序结果,对这两种植物病原真菌基因组中的微卫星(SSR)序列进行了系统地分析和比较。结果表明,在禾谷镰刀菌基因组中,共发现4679个 SSR 序列,总长度为96.2 kb,占基因组全长的0.27%。平均7.7kb 碱基中有一个大于15 bp 的 SSR 序列。在稻瘟病菌基因组中共发现16398个 SSR 系列,其总长度达到330 kb,约占整个基因全长的0.85%,平均2.36 kb 碱基中就分布有1个 SSR 序列。在禾谷镰刀菌基因组中,数量最多的是五碱基重复序列,其次是六碱基重复序列;稻瘟病菌基因组中数量最多的是单碱基重复序列,其次为三碱基重复序列和五碱基重复序列。两基因组中数量最少的都是二碱基重复序列。尽管这两种植物病原真菌都属子囊菌,基因组大小也十分接近,但无论是在SSR 的总体数量上,还是在各类 SSR 的分布上,两种植物病原真菌都存在十分显著的差别。

关键词： 禾谷镰刀菌 稻瘟病菌 基因组 微卫星序列 分布

稻瘟病菌阅读框架中SSR频率、分布及所在基因功能

李成云; 李进斌; 周晓罡; 张绍松; 董爱荣; 许明辉; 《中国水稻科学 》 2005 北大核心 CSCD

摘要：在对稻瘟病菌基因组中SSR分布进行了系统分析的基础上,对由1~6个碱基为重复单元的SSR在基因的蛋白质编码区中的分布进行了分析。结果表明,该病原菌的2 378 个基因的编码区中共分布有3 240 个SSR序列(标准是15bp以上,匹配值为80%)。在已经有注释的4 732个基因中,861个基因的编码区中有SSR。编码区中的SSR以三碱基重复和六碱基重复为主,其他类型的SSR则很少在编码区中出现。SSR在这些基因中很少有保守性,表明这些基因的高度变异,或者起源是较晚的。含有SSR的基因多为转录蛋白、信号传导的细胞调节基因这一现象表明,SSR在物种形成过程中有重要作用。利用基因编码区中丰富的SSR序列信息及其变化带来的功能变化的信息,将可以在该菌功能基因组的研究中发挥十分重要的作用。

关键词： 稻瘟病菌 基因组 微卫星序列 分布 蛋白质编码区 功能基因组学

粗糙脉孢菌基因组中的微卫星序列的组成和分布

李成云; 李进斌; 周晓罡; 张绍松; 许明辉; 《中国农业科学 》 2004 北大核心 CSCD

摘要：利用已经公布的粗糙脉孢菌基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(SSR)序列进行了系统分析。结果表明,在已经公布的38.0　Mb 的基因组序列中,共有14 788 个以1～6个核苷酸为基序的 SSR序列(长度大于15　bp,匹配值大于80%),其碱基总数占整个基因组碱基数的 0.95%,平均2.57　kb 就分布有一个大于15　bp的SSR。其中数量最多的三碱基 SSR,数量达到 4 729个,其次为六碱基 SSR　(2 940个)和单碱基 SSR(2 489 个),这3 类SSR 总数达10 158 个,占 SSR总数的68.7%。数量最少的是二碱基SSR,只有691 个。在可读框(ORF)中的SSR总数为 4 094个,共分布于2 373个 ORF中,其中只有1 个SSR 的ORF为 1 056个。与其它生物内 SSR的分布类似,在基因编码区中,以三碱基SSR和六碱基SSR占绝对优势,分别为基因组中三碱基和六碱基SSR总数的54.1%和48.8%,由于ORFs和编码区的碱基总数分别为该菌基因组碱基总数的约46%和38.3%,　所以这两种长度的SSR在编码区中的密度高于基因组中的平均密度。ORF上下游300　bp调控区域内是各类SSR相对的富集区。尤其是上游区域中的五碱基SSR,为平均密度的3倍,二碱基SSR和四碱基SSR的密度也是基因组中平均密度的2倍多。在下游调控序列中,五碱基、四碱基、二碱基、单碱基 SSR的密度,也大大超过了在基因?

关键词： 粗糙脉孢菌 基因组 微卫星序列 频率 分布 遗传标记

稻瘟病菌基因组中微卫星序列的频率和分布

李成云; 李进斌; 周晓罡; 董爱荣; 许明辉; 《中国水稻科学 》 2004 北大核心 CSCD

摘要：利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果 ,对该植物病原真菌基因组中的微卫星 (SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析。在已经公布的 37.89Mb的基因组序列中 ,共有 16 398个由 1～ 6个核苷酸为基序的SSR序列 (匹配值为80 % ) ,其总长度占整个基因组碱基数的 0 .87% ,平均 2 .31kb碱基中就分布有 1个大于 15bp的SSR。其中数量最多的是单碱基重复 ,达到 4 392个 ,其次为三碱基重复序列 (35 86个 ) ,五碱基重复序列 (344 2个 ) ,这 3种SSR总数达 114 2 0个 ,占SSR的 6 9.7%。数量最少的是二碱基重复序列 ,只有 6 80个。在整个基因组中的主要基序有A ,AG ,AC ,ACG ,AGC ,AAG ,GGC ,ACCT ,ATCC ,AAAG ,AAAAG ,AAAAT ,AAAAC ,AAAAAG ,AAAAAT和AACTAG。有的基序类型则完全没有出现。对不同超级连锁群的分析结果表明 ,各连锁群之间的SSR分布有一定差异 ,但总体上仍是较为均衡的。这些结果为稻瘟病菌的基因标记、群体结构研究、非编码区DNA序列的结构及功能研究提供了一个较好的基础。

关键词： 稻瘟病菌 基因组 微卫星序列 频率 分布 遗传标记