科研产出
利用正交实验设计优化马铃薯NBS-profiling反应体系
《分子植物育种 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：本研究以马铃薯品种自来洋芋为实验材料,利用正交试验的方法对影响马铃薯NBS profiling体系稳定性的7个主要因素:PCR Buffer体积、dNTP浓度、Taq酶活力、DNA模板浓度、引物浓度、引物接头浓度及稀释倍数,进行4水平设计,选用L32(47)正交表,以PCR产物的多态性为评价标准进行优化试验,从而建立多态性最高的反应体系。结果表明,马铃薯NBS profiling体系的优化反应体系最终确定为:在25μL体系中,10×PCR Buffer体积为2.5μL、dNTP浓度为250μmol/L、Taq酶活力为0.02 U、DNA模板浓度为400 ng、引物浓度为30μmol/L、引物接头浓度为20μmol/L,并将第1次PCR产物稀释10倍,该优化体系可有效提高NBS-Profiling的多态性。NBS-Profiling技术在马铃薯种质资源的抗病基因挖掘方面具有重要的应用价值,因此优化NBS-Profiling反应体系,确定多态性最高的反应体系对该方法的应用具有重要作用。
关键词： 马铃薯 NBS profiling 正交设计
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利用正交实验设计优化马铃薯NBS-profiling反应体系
《分子植物育种 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：本研究以马铃薯品种自来洋芋为实验材料,利用正交试验的方法对影响马铃薯NBS profiling体系稳定性的7个主要因素:PCR Buffer体积、dNTP浓度、Taq酶活力、DNA模板浓度、引物浓度、引物接头浓度及稀释倍数,进行4水平设计,选用L32(47)正交表,以PCR产物的多态性为评价标准进行优化试验,从而建立多态性最高的反应体系.结果表明,马铃薯NBS profiling体系的优化反应体系最终确定为:在25 μL体系中,10×PCR Buffer体积为2.5 μL、dNTP浓度为250 μmol/L、Taq酶活力为0.02 U、DNA模板浓度为400 ng、引物浓度为30 μmol/L、引物接头浓度为20μmol/L,并将第1次PCR产物稀释10倍,该优化体系可有效提高NBS-Profiling的多态性.NBS-Profiling技术在马铃薯种质资源的抗病基因挖掘方面具有重要的应用价值,因此优化NBS-Profiling反应体系,确定多态性最高的反应体系对该方法的应用具有重要作用.
关键词： 马铃薯 NBS profiling 正交设计
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民族药青叶胆EST-SSR反应体系建立及引物筛选
《时珍国医国药 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：目的采用EST-SSR标记遗传多样性能研究。方法以青叶胆叶片为材料,采用改良CTAB法提取DNA,通过单因素筛选法及L16(45)正交试验对模板DNA、d NTPs、引物、Taq酶及Mg~(2+) 5个因素进行优化试验。结果最佳反应体系为(20μl):50 ng模板DNA,150μmol/L d NTPs,0.1μmol/L引物,1.5 U Taq酶,2.5μmol/L Mg2+。从52对引物中初步筛选出10对条带清晰、多态性好的引物。结论本实验获得的优化体系能稳定用于青叶胆EST-SSR分子标记,为遗传多样性、亲缘关系分析及遗传作图等研究工作奠定了重要基础。
关键词： 青叶胆 EST-SSR 正交设计 体系优化 引物筛选
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割手密AFLP分子标记技术体系建立与优化
《南方农业学报 》 2013 CSCD
摘要：【目的】建立和优化割手密AFLP分子标记技术体系,为割手密遗传多样性分析、遗传图谱构建提供技术支持。【方法】以广西割手密GXS87-16、GXS85-30、GXS79-9、GXS96、GXS112、GXS212为材料,利用改良SDS法提取DNA,并用EcoRⅠ和MseⅠ酶切,连接接头后,采用正交试验设计对影响预扩增反应和选择性扩增反应的主要成分如Mg2+、模板DNA、引物、dNTP、Taq聚合酶浓度进行优化。【结果】样品DNA用限制性内切酶EcoRⅠ和MseⅠ各3U于PCR仪过夜可完全酶切。经正交设计优化,较佳的预扩增体系包含0.4μLdNTPs(20mmol/mL),1.6μLMg2+(25mmol/mL),2.0μLEcoRⅠ-P(5pmol/mL),2.0μLMseⅠ-P(5pmol/mL),1UTaq酶(1U/μL),DNA模板稀释10倍;选择性扩增体系包含0.4μLdNTPs(20mmol/mL),0.8μLMg2+(25mmol/mL),1.0μLEcoRⅠ-AAG(6pmol/mL),1.0μLMseⅠ-CAG(6pmol/mL),3UTaq酶(1U/μL),DNA模板稀释20倍。以对优化反应体系扩增获得的PCR产物用5%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染后,可获得清晰的多态性指纹图谱。【结论】建立的割手密AFLP分子标记技术体系具有扩增条带清晰、多态性丰富的特点,可为构建割手密高密度遗传图谱提供技术支持。
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利用正交设计优化甘蔗SRAP-PCR反应体系
《中国糖料 》 2011
摘要：利用正交设计L16(45)对甘蔗SRAP-PCR反应体系的五大因素(Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA、Taq酶)在4个水平上进行优化,得到如下结论:各因素水平变化对PCR反应的影响从大到小依次是:Mg2+、dNTPs、引物、Taq酶和模板DNA;通过对各因素进行筛选,建立甘蔗SRAP-PCR反应的最佳体系(20μL)为:dNTPs 0.25 mmol/L、引物0.1μmol/L、Mg2+2.5 mmol/L、Taq酶0.25U和模板DNA 60 ng。
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