科研产出
云南怒江番茄种植新区番茄病毒检测及病毒种传特性
《植物保护 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：病毒病对番茄生产造成严重危害，近年来在番茄种植新区发生严重，疑似为种子带毒传播。本研究通过对云南省怒江州番茄种植新区的番茄病毒病样品采用RNA-seq高通量测序，RT-PCR验证的方法检测病毒种类；对番茄病果种子进行超薄切片制样透射电子显微镜观察，将病果种子播种后对种苗进行RT-PCR带毒检测。结果表明，RNA-seq高通量测序及RT-PCR检测到的病毒有番茄环纹斑点病毒（tomato zonate spot orthotospovirus, TZSV）、番茄黄斑驳相关病毒（tomato yellow mottle-associated virus, TYMaV）、辣椒脉斑驳病毒（chili veinal mottle virus, ChiVMV）、南方番茄病毒（southern tomato virus, STV）。透射电镜观察到种胚细胞及胚乳细胞中分布典型的正番茄斑萎病毒属Orthotospovirus病毒粒体。病果种子播种28 d后的种苗具有病毒病症状，通过RT-PCR检出TZSV、ChiVMV、STV,检出率分别为60%、100%、80%。上述研究结果为TZSV通过种子传播提供了有利的证据，并为源头防控番茄病毒病提供了依据。
关键词： 番茄 番茄病毒 病毒检测 RNA-seq 种传病毒
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西方蜜蜂工蜂不同虫态发育的转录组学分析
《南方农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：【目的】基于转录组学对西方蜜蜂工蜂不同虫态间的差异表达基因（DEGs）进行筛选和功能注释分析，揭示与工蜂生长发育相关的信号通路，为深入解析工蜂生长发育的分子调控机理提供基础数据。【方法】以西方蜜蜂工蜂的3日龄幼虫、1日龄蛹和1日龄羽化工蜂3个虫态为研究对象，利用llumina NovaSeq 6000平台进行转录组测序，采用DESeq2筛选不同虫态样品间的表达差异基因，然后分别进行GO功能注释分析及KEGG信号通路富集分析，并通过实时荧光定量PCR进行验证。【结果】经转录组测序，在西方蜜蜂工蜂3日龄幼虫与1日龄蛹间筛选出4823个差异表达基因（51.86%上调，48.14%下调），在1日龄蛹与1日龄羽化工蜂间筛选出3295个差异表达基因（57.51%上调，42.49%下调），在3日龄幼虫与1日龄羽化工蜂间筛选出5267个差异表达基因（52.95%上调，47.05%下调）。GO功能注释分析结果显示，3日龄幼虫与1日龄蛹间的差异表达基因注释到43个GO功能条目，1日龄蛹与1日龄羽化工蜂间的差异表达基因注释到45个GO功能条目，3日龄幼虫与1日龄羽化工蜂间的差异表达基因注释到44个GO功能条目，主要涉及细胞过程、细胞部分及结合等。KEGG信号通路富集分析发现，3日龄幼虫与1日龄蛹间有2905个差异表达基因富集到332条KEGG信号通路上，其中17条KEGG信号通路呈显著富集，涉及核糖体、氧化磷酸化和昆虫激素生物合成等；1日龄蛹与1日龄羽化工蜂间有1644个差异表达基因富集到331条KEGG信号通路上，其中45条KEGG信号通路呈显著富集，涉及氧化磷酸化、生热作用和胰岛素分泌等；3日龄幼虫与1日龄羽化工蜂间有2958个差异表达基因富集到337条KEGG信号通路上，其中14条KEGG信号通路呈显著富集，涉及核糖体、蛋白酶体和胰岛素分泌等。6个随机挑选差异表达基因的实时荧光定量PCR检测结果与转录组测序结果相符，即转录组测序结果可靠。【结论】昆虫激素生物合成通路相关差异表达基因调控与西方蜜蜂工蜂各虫态JH滴度变化规律一致，氧化磷酸化信号通路则与各虫态的营养摄入和活动行为相关，而胰岛素分泌通路涉及各虫态的营养调控、脂肪体合成及细胞凋亡。可见，昆虫激素生物合成、胰岛素分泌和氧化磷酸化3种信号通路在西方蜜蜂工蜂幼虫、蛹和成虫的发育调控中发挥着重要作用。
关键词： 西方蜜蜂 工蜂 生长发育 差异表达基因 信号通路 转录组测序
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茶饼病诱导感、抗茶树品种的基因表达谱分析
《分子植物育种 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为揭示茶树被茶饼病危害诱导的防御反应机制,本研究选择抗病和感病茶树品种为材料,通过转录组测序和数字表达谱分析茶树叶片被茶饼病危害前后的基因表达差异。结果显示,共筛选出差异表达基因974条,其中共有的为122条,抗病品种中特异364条,感病品种中特异的为488条。对差异表达基因进行分析发现,茶饼病危害主要影响了茶树体内代谢途径、内质网蛋白质加工、次生代谢产物的生物合成、植物病原相互作用、植物激素信号转导途径、淀粉与蔗糖的代谢、苯丙醇生物合成等通路中关键基因的表达水平,这些差异基因包括抗病蛋白基因（R protein）、水解酶基因、细胞壁加固基因、转录因子基因、植物激素及其信号转导基因、次生代谢和氧化酶类、转运蛋白等。利用RT-qPCR对筛选的6个基因进行验证,其表达模式与测序结果一致。本研究初步明确了茶饼病侵染对茶树基因转录水平的影响,为揭示茶树抗病的分子机制奠定了基础。
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芸薹根肿菌侵染早期甘蓝型油菜转录组分析
《中国油料作物学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：根肿病是油菜最为严重的病害之一。为探索根肿病菌和油菜互作中的抗性分子机制,采用RNA-seq技术对根肿病早期侵染中抗病品系ZHE-226(R)和感病油菜10159(S)进行转录组分析。与感病材料S相比,在0、12、48和72h 4个接种时间点,抗性材料R中共有809个基因上调表达,1082个基因下调表达。模式识别受体、几丁质酶、R基因、WRKY、水杨酸和茉莉酸等抗性相关(PRR)基因在抗病材料R和感病材料S中诱导表达并表现出不同的表达模式。抗病材料R中PRR相关基因主要表现为下调表达,R基因上调表达,水杨酸表现为前期下调后期上调表达,茉莉酸、几丁质酶和WRKY因子在R和S中均诱导表达。结果表明PRR介导的PTI(病原相关分子模式触发的免疫反应)在感病材料S中显著诱导,在抗病材料R中作用不明显; R基因介导的ETI(效应蛋白触发的免疫反应)和水杨酸介导的抗病信号途径对根肿病抗性起重要作用。
关键词： 根肿病抗性 芸薹根肿菌 甘蓝型油菜 RNA-seq
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基于RNA-Seq的雌蕊缺失茶树花转录组分析
《分子植物育种 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：茶树是重要的叶用经济作物,但是茶树每年都要开花结实,消耗大量的养分,导致茶树鲜叶产量减少和品质降低。雌蕊缺失茶树资源是天然的不结实茶树品种。采用Illumina Hi Seq TM 2 500高通量测序技术,对雌蕊缺失茶树花花芽、花蕾、花进行转录组分析。经组装获得237 484条Transcripts,取最长Transcripts作为Unigene,有182 123条,将获得的Unigene与Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-prot、KEGG、GO等七种数据库进行注释,有22 049条Unigene被注释上26种KOG分类,注释到KEGG的Unigene条数为21 315,涉及的pathway有130条。此外,发掘出与花器官形态建成的ABCDE模型的功能基因31个,这些注释信息的完成为茶树花器官发育基因及性别决定相关基因的发掘提供了重要依据。
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基于RNA-Seq技术的茶树花转录组分析
《西南农业学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：本研究利用RNA-seq技术对父本、母本、子代不育茶树花三个样本花的转录组进行测定,经组装分析获得403 469条高质量的Unigenes。将获得的Unigenes与SWISS-PROT、TREMBL、CDD、PFAM、NR和KOG库进行blast,共注释到307 291条Unigenes。KOG功能分类显示,有23 739个Unigenes被分为25类。KEGG通路分析表明,共识别出26 967个Unigenes涉及的pathway有328个。SSR查找发现,从403 469个Unigenes中找到46 440个含有SSR序列。这些信息为茶树不育基因筛选、不育机理研究以及分子标记开发奠定了基础。
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基于RNA-Seq技术的“紫娟”茶树转录组分析
《分子植物育种 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：本研究基于RNA-seq技术对"紫娟"茶树芽、第二叶、开面叶、成熟叶四个时期的转录组进行测序以及生物信息学相关分析。研究结果表明,经组装分析获得268 172条transcript,进一步处理transcript获得206 210条Unigene,将获得的Unigene与Nr、SWISS-PROT、Tr EMBL、Cdd、pfam和KOG库进行blast,有19 379个Unigene被注释上25种KOG分类,注释到KEGG的Unigene个数为13 608,涉及的pathway有302个。SSR查找发现,从268 172个transcript中找到35 509个SSR位点。研究结果可为研究"紫娟"茶树叶片在不同生长期的差异基因表达和开发紫色基因的分子标记奠定基础。
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