科研产出
花魔芋软腐病原真菌分离鉴定
《广西植物 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：魔芋软腐病是魔芋生产过程中的重要病害,也是限制魔芋产业发展的主要因素.目前,已有报道魔芋软腐病主要由细菌引起,鲜有真菌引起魔芋球茎软腐发病的报道.为明确云南曲靖市花魔芋(Amorphophallus konjac)软腐病的病原种类和侵染特征,该研究通过组织分离法,对采集自云南曲靖市的花魔芋病样进行了真菌的分离,通过形态学结合基于ITS与LSU序列分析的分子鉴定方法对分离真菌进行鉴定,并根据柯赫氏法则进行致病性测定,并对鉴定出的病原真菌同魔芋软腐病原细菌进行了双回接试验分析.结果表明:(1)从形态学和分子水平鉴定了轮纹镰刀菌(Fusarium concentricum)、尖孢镰刀菌(F.oxysporum)和F.ambrosium 3 种镰刀菌,1 种毛霉属真菌(Mucor sp.),1 种根霉属真菌(Rhizopus sp.),1 种青霉属真菌(Penicillium sp.)和1 种粉红螺旋聚孢霉属真菌(Clonostachys sp.).(2)统计分析发现,轮纹镰刀菌的相对丰度最高,为 45.45%.(3)柯赫氏法则检测发现轮纹镰刀菌具有致病性.(4)轮纹镰刀菌和病原细菌胡萝卜果胶杆菌(Pectobacterium aroidearum)双接种魔芋球茎发现软腐病发病更快,病变组织重量显著高于单接种轮纹镰刀菌或果胶杆菌处理.综上表明,魔芋软腐病可能是由真菌和细菌复合侵染引发.该研究结果为魔芋软腐病的防治提供了理论依据.
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西方蜜蜂Sirtuin蛋白家族基因鉴定及表达分析
《西北农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：Sirtuin蛋白是一类进化保守的 NAD+依赖性脱酰基酶家族,可调控生物的新陈代谢、基因组稳定性和寿命.为探究西方蜜蜂 Sirtuin蛋白家族基因种类、分布和分子特征,以及不同级型、不同发育时期的表达模式,基于西方蜜蜂全基因组数据,采用生物信息学方法对西方蜜蜂 Sirtuin蛋白家族成员进行鉴定,预测家族基因的结构和染色体位置,分析家族基因的结构域和系统发育关系;采用 qRT-PCR 分析 Sirtuin蛋白家族基因在西方蜜蜂雌性蜂不同发育时期的表达情况.结果表明,在西方蜜蜂全基因组中鉴定出 10 个 Sirtuin蛋白基因,属于 6 个家族成员(AmSirt1、AmSirt2、AmSirt4~AmSirt7),AmSirt1 和 AmSirt2 家族成员各包含 3 个基因.6 个家族成员基因分别定位于不同的染色体上,其中 AmSirt1 和 AmSirt2 呈现典型的串联重复分布,AmSirt1、AmSirt6 和 AmSirt7 主要定位于胞质/细胞核,AmSirt2 和 AmSirt5 主要定位于胞质,AmSirt4 定位于线粒体.西方蜜蜂 Sirtuin 蛋白家族基因的编码氨基酸数为 265~899 个,分子质量为29.45~102.91 ku,等电点为 4.58~9.09,外显子数为 4~9 个,内含子长 56~2 719 bp,Sirtuin蛋白家族基因包含 12 个保守结构域,并发现 3 个西方蜜蜂所特有的保守氨基酸位点.Sirtuin蛋白家族基因鉴定和系统发育关系表明,西方蜜蜂缺少 Sirt3 基因,10 个 Sirtuin蛋白基因聚合为 4 类 6 个分支,与东方蜜蜂、大蜜蜂的同源性较高.6 个家族基因在蜂王和工蜂不同发育时期均有表达,蜂王整体基因表达量高于工蜂,各家族基因表达量均在 2 日龄蛹达到峰值.综上表明,西方蜜蜂有 6 个 Sirtuin蛋白家族成员,系统进化中分为 4 类,缺少 Sirt3 家族成员.推测在西方蜜蜂雌性蜂不同发育时期,Sirtuin蛋白基因表达受禁食行为、热量限制和器官分化的影响.
关键词： Sirtuin蛋白 西方蜜蜂 生物信息学 基因组 系统发育 表达模式
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濒危植物峨眉凤仙花叶绿体基因组分析
《福建农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】对峨眉凤仙花（Impatiens omeiana Hook.f.）叶绿体基因组的结构特征及系统发育进行研究，为其资源保护及开发利用提供理论依据。【方法】基于峨眉凤仙花叶绿体基因组序列，利用生物信息学软件，对叶绿体基因组进行组装、注释、基因特征、序列重复和系统发育分析。【结果】峨眉凤仙花完整的叶绿体基因组长度为152 527bp，共有130个基因，包括86个蛋白质编码基因、8个rRNA基因和36个tRNA基因，GC含量为37%，且具有保守的四分体结构，包括大单拷贝区、小单拷贝区各1个和2个相同的反向重复区域，其长度分别为83 150、17 903、25 737 bp，其中13个基因有1个内含子，2个基因有2个内含子。特征分析表明：峨眉凤仙花叶绿体全基因组中共检测到76个SSR序列，且多以A/T单核苷酸序列为主，其长度为10～91 bp；检测到50 842个密码子，其中以亮氨酸（Leu）最多，色氨酸（Tyr）最少；密码子偏好性分析显示33个RSCU≥1的密码子多数以A/U结尾。通过邻接法（NJ）构建系统发育树发现，峨眉凤仙花与贵州凤仙花亲缘关系最近，均属于棒凤仙花亚属植物。【结论】峨眉凤仙花叶绿体基因组呈典型的四分体结构，SSR序列以A/T单碱基为主；系统发育分析结果将其归为棒凤仙花亚属，上述结果为峨眉凤仙花系统发育学地位及物种鉴定工作提供了重要的分子信息。
关键词： 峨眉凤仙花 叶绿体基因组 序列结构与特征分析 系统发育
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广西宜州甘蔗白条病调查及分子检测
《植物检疫 》 2023 北大核心
摘要：甘蔗白条病是一种检疫性细菌病害,具有危害性大,潜伏期长的特点,由白条黄单胞菌(Xanthomonas albilineans)引起,在种植甘蔗的主要国家或地区均有发生.2020年在广西宜州蔗区发现疑似感染甘蔗白条病蔗株,为明确病原及发生情况,为其科学防控提供科学依据.本研究对不同甘蔗品种新植和宿根蔗进行发病率调查,并采集病样进行PCR检测分析.田间调查结果显示:不同品种自然发病率不同,桂糖44新植和宿根蔗均有白条病发生,且宿根蔗发病率高于新植蔗,其中新植蔗发病率为8%~18%,平均发病率为13.83%;宿根蔗发病率为18%~34%,平均发病率为24.71%.而桂糖42、桂糖55、柳城05-136等3个品种新植和宿根蔗均未发现白条病.PCR检测结果表明:有10份样品扩增出608bp的特异性条带,阳性检出率为90.9%,所得序列与X.albilineans序列同源性高达100%,且在构建的系统发育树处于同一分支.本研究结果表明,广西宜州蔗区发现由X.albilineans引起的甘蔗白条病.
关键词： 广西 甘蔗白条病 发病率 PCR检测 系统发育分析
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广西南宁甘蔗赤条病调查及分子检测
《植物保护 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：2020年在广西南宁市金光农场发现‘桂糖58’和‘柳城05-136’疑似感染甘蔗赤条病,为明确其病原,本研究对不同甘蔗品种进行了发病率调查,并采集病样进行了PCR检测分析。田间调查结果表明:不同品种自然发病率不同,‘桂糖58’发病率为29%～52.33%,发病严重田块平均发病率为49.67%,发病中等田块平均发病率为33.67%,发病较轻田块平均发病率为29.89%;‘柳城05-136’发病率为2%～27.67%,发病严重田块平均发病率为21.67%,发病中等田块平均发病率为21.22%,发病较轻田块平均发病率为4.67%。PCR检测分析表明:有19份样品扩增出550 bp的特异性条带,阳性检出率为95%,测序序列与Acidovorax avenae subsp.avenae序列同源性高达100%,且在构建的系统发育树上处于同一分支,证实检测样品为A.avenae subsp.avenae感染引起的甘蔗赤条病。本研究结果表明,‘桂糖58’为高感品种,‘柳城05-136’为感病品种,今后应积极采取相应防控措施,防治该细菌病害扩展蔓延,确保我国蔗糖产业安全可持续发展。
关键词： 广西 甘蔗赤条病 发病率 PCR检测 系统发育分析
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低纬高原甘蔗锈病病原菌鉴定及系统进化分析
《西南农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]明确低纬高原云南蔗区甘蔗锈病病原种类、发生分布特征、病原间及其与柄锈菌属其他锈菌的系统进化关系.[方法]通过症状观察,病原形态特征观察和分子检测对采自云南不同蔗区的57份锈病样品进行病原鉴定;并构建NJ树分析甘蔗锈病病原与其他柄锈菌的系统进化关系.[结果]云南勐海海引1号4份锈病样品的夏孢子堆桔黄色,夏孢子梨形,栗褐色或金黄色,表面有刺,壁顶端加厚10 μm,大小为(25~50)μm×(16~35)μm,具4~5个芽孔.核苷酸序列与已报道的屈恩柄锈菌(GU058021)同源性在99.9%以上,表明这些锈病样品是由屈恩柄锈菌引起的甘蔗黄锈病;其余53份锈病样品的夏孢子堆棕红色,夏孢子球形,棕色至深棕色,表面布满小刺,壁四周均匀加厚,大小为(20~40)μm×(13~25)μm,芽孔多4个;侧丝无色,匙形.核苷酸序列与已报道的黑顶柄锈菌(GU058001)同源性在99.8%以上,表明这些锈病样品都是由黑顶柄锈菌引起的甘蔗褐锈病.系统进化树显示,文章获得的4条屈恩柄锈菌与Puccinia polysora(GU058024)聚为1组,遗传关系近;53条黑顶柄锈菌与P.nakanishikii(GU058002)、P.rufipes(AJ296545)、Aecidium deutziae(KU309317)和 P.coronata(DQ354526)等柄锈菌属锈菌聚为 1组,遗传关系近;而2种甘蔗锈病菌的遗传关系相对较远.[结论]在低纬高原云南蔗区首次发现引起甘蔗黄锈病的屈恩柄锈菌,并证实引起褐锈病的黑顶柄锈菌是低纬高原甘蔗锈病的主要病原.
关键词： 甘蔗锈病 病原鉴定 黑顶柄锈菌 屈恩柄锈菌 系统进化
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变灰青霉线粒体基因组特征及系统发育分析
《菌物学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：本研究对一株分离自细虫草上的变灰青霉SFY00C3菌株线粒体基因组进行测定,分析其组成特征,并探究其与青霉属真菌的系统发育关系.结果表明,SFY00C3的线粒体基因组是一条长度为28 301 bp的环状DNA分子,共编码42个基因(15个蛋白编码基因、2个rRNA基因和25个tRNA基因),其碱基组成有显著的A-T偏好性,25个tRNA基因均可形成典型三叶草结构,并存在32处G-U错配.通过青霉属物种间共线性分析发现其线粒体基因组发生了基因重排;共有的14个蛋白编码基因的Ka/Ks值均小于1,表明受到了纯化选择压力的影响;系统发育分析表明:SFY00C3在青霉属中是一个独立的分支,应该是6种青霉祖先的姊妹.本研究丰富了变灰青霉的线粒体基因组序列信息,为青霉属的系统发育、资源保护及遗传多样性研究提供基础数据.
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野生柳生金针菇和金针菇的分离、生物学特性及驯化栽培
《菌物学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：采自滇西北地区的2份野生大型真菌标本,通过形态学及内转录间隔区(ITS)序列的分子系统发育分析鉴定为柳生金针菇Flammulina rossica和金针菇F.filiformis.以分离纯化保藏的菌株Mdr-02和Mdr-09作为实验材料,进行生物学特性和驯化栽培研究,采用碳源、氮源、无机盐、pH和温度5个因素进行单因素实验,从中挑选出4个较优因素的3个最优水平进行正交试验,研究不同培养条件对菌丝生长的影响.结果表明,柳生金针菇菌丝的最适生长碳源为麦芽浸粉,最适生长氮源为豆饼粉,最适无机盐为碳酸钙,最适生长温度为24℃,最适pH为6.0;金针菇菌丝最适碳源为麦芽浸粉,最适氮源为酵母粉,最适无机盐为硫酸镁,最适生长温度为24℃,最适pH为6.0.此外,本研究首次成功驯化了柳生金针菇并获得了一株可选育的金针菇菌株,为野生金针菇种质资源开发及新品种选育提供参考.
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云南弥勒甘蔗褐条病病原菌的分离鉴定
《植物保护 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：2019年10月,在云南弥勒甘蔗示范基地(23.92° N,103.33° E)发现'云瑞10-187'和'福农11-2907'高感甘蔗褐条病,发病率为50%~80%.为明确其病原,本研究采集病样进行了病原菌的分离、鉴定及系统发育分析,以期为该病害有效防控提供科学依据.依据形态特征、核糖体RNA的内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)和甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)分子鉴定及致病性测定,将病原菌鉴定为狗尾草平脐蠕孢Bipolaris setariae,是云南省甘蔗褐条病病原菌新记录种,丰富了甘蔗褐条病病原菌信息,为后续其他蔗区褐条病的研究奠定了基础.
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