科研产出
琥珀蚕线粒体全基因组测序及序列分析
《昆虫学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析昆虫的线粒体基因组能很好地指示昆虫物种的亲缘关系。本研究旨在探索琥珀蚕Antheraea assama线粒体基因组并在线粒体水平上了解大蚕蛾科(Saturniidae)属及种间的分子系统进化关系。【方法】采用PCR步移法并结合克隆测序的策略,测定了珍稀绢丝昆虫琥珀蚕的线粒体基因组全序列,分析其结构特点和碱基组成;采用邻近距离法(NJ)构建大蚕蛾科及外群共14种昆虫线粒体蛋白质编码基因的系统发育树,并分析琥珀蚕在大蚕蛾科中的系统发育关系。【结果】琥珀蚕线粒体基因组序列全长15 312 bp(Gen Bank登录号:KU301792),包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个核糖体rRNA基因和一段332 bp的A+T富集区,呈现典型的鳞翅目昆虫线粒体基因组的核苷酸组成及基因排布顺序。分析结果表明,琥珀蚕线粒体基因组中A+T含量高达80.18%,13个蛋白质编码基因中,除了COX1以CGA为起始密码子,其他均为典型的起始密码子ATN。COX1、COX2和ND5均以不完整的T为终止密码子,其余基因都是以典型的TAA或TAG为终止密码子。预测的22个tRNA二级结构中,除tRNASer(AGN)缺乏DHU臂外,其他21个tRNA均能形成典型的三叶草结构。由线粒体蛋白质基因串联序列构建的NJ系统发育树表明,琥珀蚕与柞蚕Antheraea pernyi、天蚕Antheraea yamamai、明目大蚕Antheraea frithi构成鳞翅目大蚕蛾科柞蚕属Antheraea这一分支。在9种大蚕蛾科昆虫中,琥珀蚕与柞蚕属的天蚕亲缘关系最近,与巨大蚕蛾属Attacus的乌桕大蚕Attacus atlas亲缘关系较远。【结论】琥珀蚕线粒体基因组的基因排列方式同其他已测定的鳞翅目昆虫的完全相同。基于线粒体基因组的大蚕蛾科昆虫系统发育关系与传统的形态分类学结果一致,即琥珀蚕隶属于柞蚕属Antheraea。
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云南蔗区甘蔗线条花叶病毒分离物NIa基因形成新簇
《微生物学报 》 2016 北大核心
摘要：【目的】利用NIa基因,阐明甘蔗线条花叶病毒(Sugarcane streak mosaic virus,SCSMV)的种系发生关系,为预测SCSMV流行变异趋势及科学防控提供理论依据。【方法】从云南蔗区和国家甘蔗种质资源圃采集感病样品,RT-PCR扩增获得SCSMV NIa基因序列后,使用Splits Tree、RDP、Phy ML、Dna SP等软件分析SCSMV中国分离物的系统发生、选择压力及基因流动等特征。【结果】共获得23条SCSMV NIa基因序列。这些序列间未发生重组,云南蔗区的部分序列形成1个新簇,且云南蔗区与国家甘蔗种质资源圃之间的基因交流不显著。此外,选择压力分析表明,NIa基因受很强的负选择压力作用。【结论】与P1、HC-Pro和CP等基因类似,SCSMV在NIa基因上也包含5个簇;SCSMV云南分离物具有较高的遗传多样性和清晰的地理相关性。
2012年云南省会泽县马铃薯晚疫病菌小种结构分析
《热带作物学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：利用11个含有不同单显性(R1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9、R10、R11)抗马铃薯晚疫病的鉴别寄主,对云南省会泽县村同一发病田块前、中、后期3个群体的马铃薯晚疫病菌59、158和75个菌株进行毒性频率和小种鉴定,分别鉴定出31、60和30个小种,大部分小种只检测到一次,其中优势小种为超级小种(含有11个毒性基因的晚疫病菌),占整个群体的53.33%;随着发病时间的推移,优势小种频率、小种复杂度呈上升趋势,但小种多样性呈降低趋势,在马铃薯生育期间除了avr4外,其它毒性基因的频率未发生显著变化。实验结果表明云南省马铃薯晚疫病菌小种演化速度快,小种结构复杂,在该地区种植起源于Solanum demission的R1~R11抗性基因存在较高的失效风险。
关键词： 马铃薯晚疫病菌 毒性基因 小种 进化 鉴别品种 病害防治
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甘蔗测土配方施肥系统的设计与实现
《农业网络信息 》 2016
摘要：结合我国目前的测土配方施肥技术,以测土配方施肥理论和技术体系为基础,建立了甘蔗测土配方施肥系统。该系统主要是基于Windows XP环境开发,以C++为程序设计语言,SQL Server为系统后台数据库,设置了测土配方施肥管理模块、土壤养分数据查询模块、用户管理模块和系统管理模块等,实现了智能化甘蔗测土配方施肥,对实现我国农业可持续发展具有深远意义。
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类重金属ATP酶基因序列遗传变异分析
《西南农业学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：OsHMA2是水稻根和地上部一个主要的Zn和Cd的转运蛋白,在水稻基因组OsHMA2位点存在OsHMA2类似基因OsHMA2-like,编码蛋白包含水稻P1B型ATP酶重金属转运蛋白的功能域。对来自世界不同稻区的27份亚洲栽培稻和8份野生稻基因OsHMA2-like编码区序列进行了测序分析,以了解水稻OsHMA2-like序列的多样性,为发掘基因资源提供信息。OsHMA2-like核苷酸序列和氨基酸序列分析表明,在471bp的编码序列内发现了6个变异位点;Tajima'sD检验表明均不显著,说明这些位点属中性进化状态;6个变异位点中,第15、78、132、214、417位点碱基不引起氨基酸的变异,而第457位的变异使得5个供试材料(1个O.nivara,4个ARO品种和1个粳稻品种)由于提前形成终止子在C末端少3个氨基酸,ARO类品种在此位点上与TRJ、IND、TEJ存在显著差异,这暗示ARO类品种可能由O.nivara演化而来。
关键词： 亚洲栽培稻 野生稻 OsHMA2-like基因 进化
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从云南蚕区分离BmCPV病毒株的全基因组克隆与系统发育分析
《蚕业科学 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：家蚕质型多角体病毒(BmCPV)是家蚕中肠型脓病的病原物。从云南蚕区的病蚕样品中分离到一株BmCPV病毒分离株,提取纯化该病毒粒子的总RNA并合成cDNA,克隆病毒全基因组序列,研究该病毒分离株的基因组结构与系统进化。克隆得到该病毒10条dsRNA序列(S1~S10)并提交至NCBI数据库中。序列分析表明该病毒基因组序列全长24810bp,S1~S10片段序列都具有完整的ORF。BLAST比对发现克隆的该病毒基因组各片段编码区序列与已报道的1型BmCPV片段的相似度达88%以上,氨基酸序列相似度达90%以上;10条dsRNA基因组片段末端均有保守帽子结构5'-AGUAA……GUUAGCC-3'。基于S2片段RdRp基因的系统进化分析发现,该病毒与其他3个1型BmCPV分离株BmCPV1-Suzhou、BmCPV1-China、BmCPV1-Ⅰ聚为一支,基于S10片段polh基因的系统进化分析也表明该病毒为1型BmCPV新的分离株系。根据上述研究结果将该病毒定名为BmCPV1-Yunnan。
关键词： 家蚕质型多角体病毒 分离株 基因组片段 系统进化 RNA聚合酶基因 多角体蛋白基因
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云南省区收集琥珀蚕的mtDNA COⅠ基因克隆和系统进化分析
《蚕业科学 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：从云南省文山地区收集到一种琥珀蚕(以下暂称云南琥珀蚕),其形态特征和生物学特性与印度琥珀蚕(Antheraea assama)及台湾红目大蚕(Antheraea formosana)极为相似。利用DNA条形码技术鉴定云南琥珀蚕与二者的亲缘关系。克隆了云南琥珀蚕线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mtDNA COⅠ)基因长约617 bp的片段(GenBank登录号:KJ146686),其序列特征与昆虫线粒体基因序列特征相符。基于mtDNA COⅠ基因序列比对云南琥珀蚕与印度琥珀蚕、台湾红目大蚕的序列相似度分别为99.3%、98.6%;应用Kimura-2-Parameter模型计算云南琥珀蚕与印度琥珀蚕、台湾红目大蚕的遗传距离分别为0.007、0.014,而与其它大蚕蛾科泌丝昆虫的遗传距离则在0.076~0.161之间;构建的NJ树中,云南琥珀蚕首先与印度琥珀蚕聚在一起,再与台湾红目大蚕聚在一起。以上分析结果从分子水平证实云南琥珀蚕与印度琥珀蚕属同一个种,而台湾红目大蚕可能是与之亲缘关系很近的新种或亚种。
关键词： 琥珀蚕 DNA条形码 mtDNA COⅠ基因 系统进化
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云南三种野生稻遗传多样性和系统进化研究
《中国稻米 》 2014
摘要：采用ISSR标记,对云南三种野生稻遗传多样性进行研究,并以竹类、栽培稻粳稻02428和籼稻金刚30以及非洲长雄野生稻为对照进行聚类分析,探讨云南三种野生稻遗传进化方向。结果表明,33条ISSR引物,在所有的材料中总共扩增出464个等位基因,平均每条引物扩增出多态性条带14.1条;从总体水平上看,云南三种野生稻具有丰富的遗传多样性,三种野生稻的多态位点数NP、多态位点百分率p、有效等位基因数Na、观察等位基因数Ne、Nei基因多样性指数H和香农指数I分别为357、76.74%、1.7694±0.4217、1.3391±0.3637、0.2037±0.1851和0.3180±0.2532;三种野生稻品种间基因分化系数Gst为0.5194,品种间的基因流Nm为0.4627,说明三种野生稻之间基因交流水平低,品种间存在较大的遗传分化。UPGMA聚类分析表明,在三种野生稻的进化过程中,疣粒野生稻分化最早,其次为药用野生稻,普通野生稻分化最晚。
关键词： 野生稻 ISSR标记 亲缘关系 遗传多样性 遗传进化
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蓟马科部分种类mtDNA-COⅠ序列变异及系统发育分析
《应用昆虫学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：【目的】蓟马科是一类重要的经济昆虫,目前一些种类的传统形态系统分类还存在争议,本研究采用分子标记对蓟马科的系统发育进行探讨。【方法】对蓟马科9属27种蓟马的mtDNA-COⅠ基因的变异进行分析,采用邻接法、最大似然法和贝叶斯法构建系统发育树。【结果】研究表明在比对的432 bp的序列中,有207个保守位点,222个变异位点,3个缺失位点,序列A+T含量为68.3%,具有A、T偏倚性;蓟马种间的序列分歧度变化在15.6~40.0之间。【结论】系统进化树支持针蓟马亚科为蓟马科最为原始的类群;棍蓟马亚科与绢蓟马亚科、蓟马亚科形成姐妹群;绢蓟马亚科与蓟马亚科有较近的亲缘关系,支持Mound四亚科的分类系统。
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云南马铃薯A病毒分布及其外壳蛋白分子变异分析
《西南农业学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：为研究云南马铃薯A病毒(PVA)分布及其外壳蛋白的分子变异,2007年至2011年分别从云南滇西北、滇东北、滇中及滇南马铃薯种植区采集381份马铃薯样品,进行马铃薯A病毒DAS-ELISA检测,结果表明,PVA阳性样品共43份,其中滇西北22份,滇中17份,滇东北4份,滇南未检出。对带有PVA的部分样品进行电镜负染色观察,电镜下观察到长约750 nm、直径约15 nm的线状粒子。根据已报道的PVA外壳蛋白基因(cp基因)序列设计合成特异性引物,以带毒样品总RNA为模板,RT-PCR扩增得到807 bp目的片段,克隆测序并对其推导的外壳蛋白(CP)氨基酸序列进行同源性分析,并比较分析了不同地区PVA分离物CP氨基酸序列分子变异。结果表明,云南不同地区PVA分离物与GenBank中登录的部分PVA分离物CP氨基酸序列同源性为93.3%～100%,依据不同PVA分离物CP氨基酸序列构建系统进化树,云南PVA分离物与中国福建分离物(AF483279)亲缘关系较近,形成一个进化簇。PVA不同分离物CP氨基酸序列分子变异分析表明,不同分离物CP氨基酸变异位点主要分布在氨基酸序列的N端。
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