科研产出
不同物种Mlo基因生物信息学分析
《西南农业学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：应用比较基因组学和生物信息学方法,比较了从藻类到高等植物Mlo基因的CDS序列,并对该基因的遗传多样性、氨基酸功能结构及分子系统发育进行分析。结果表明,85条基因序列共检测到57个多态位点,生成70个单倍型。物种间及物种内Mlo基因存在丰富的遗传多态性;氨基酸结构域分析发现,20个物种含有一段特定的Mlo结构域,其中低等植物的跨膜螺旋区域(1～5)明显比高等植物的跨膜螺旋区域(6～8)少;分子系统进化树结果显示,不同物种的聚类情况与植物学分类系统基本一致。本研究为进一步探索Mlo基因的生物学功能和确定该基因作为分子标记提供了基础依据。
关键词： 白粉病 Mlo基因 多态性 生物信息学 分子系统发育
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云南商品牛肝菌中易混淆毒牛肝系统学研究
《中国食用菌 》 2011 北大核心
摘要：基于ITS序列的分子系统学与形态分类学方法,对云南商品牛肝菌进行分子系统学研究。研究结果显示,易混淆毒牛肝菌不是一个自然类群,它们镶嵌在牛肝菌目的各分支中;牛肝菌属不是单系群;绿盖裘氏牛肝菌Chiua virens(W.F.Chiu)Y.C.Li&Z.L.Yang、圆花孢牛肝菌Heimioporus retisporus(Pat.&C.F.Baker)E.Horak、黄粉末牛肝菌Pulver-oboletus ravenelii(Berk.&M.A.Curtis)Murrill、紫盖牛肝菌Tylopilus eximius(Peck)Singer和小孢粉孢牛肝菌Tylopilusmicrosporus S.Z.Fu,Q.B.Wang&Y.J.Yao是云南商品牛肝菌中易混淆的5种毒牛肝菌。
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家蚕B型清道夫受体基因的鉴定及系统发生与表达分析
《蚕业科学 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：B型清道夫受体(SR-B)是清道夫受体超基因家族成员,参与机体的脂类代谢、动脉粥样硬化形成或保护、宿主免疫损害防御、凋亡细胞清除和细胞粘附等重要生命过程。基于家蚕全基因组数据,利用比较基因组学方法,鉴定获得了14个家蚕B型清道夫受体基因,这些基因分布在至少5条染色体上,其内含子的大小从几十到近万个碱基对。系统发生分析表明,14个家蚕B型清道夫受体基因分布在3个类群:第1类群中分布的9个基因和第3类群中分布的3个基因,分别与类群中其它昆虫的同源基因形成明显的直系同源关系;第2类群中分布有2个基因,此类群中不同昆虫的同源基因之间的进化关系较为复杂。EST数据和芯片数据分析表明,多数家蚕B型清道夫受体基因具有转录活性。RT-PCR检测结果显示,有8个家蚕B型清道夫受体基因在5龄第3天幼虫组织中表达,并具有不同的表达模式,推测这些基因可能行使不同的功能。研究结果为进一步诠释家蚕B型清道夫受体基因的功能奠定了基础。
关键词： 家蚕 B型清道夫受体基因 生物信息学分析 系统发生 组织表达
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基于rDNA-ITS序列探讨甘蔗近缘属种的系统进化关系
《作物学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：以狼尾草属(PennisetumRich.)的象草(P.purpureum)为外群体,依据rDNA-ITS序列探讨了甘蔗亚族(Saccharinae)内与甘蔗植物分类关系较近的8属37种120份材料的系统进化关系,结果表明,ITS1序列长度为200~208bp,变异位点91个,简约信息位点70个,GC含量为60.4%~69.1%;ITS2序列长度为215~220bp,变异位点93个,简约信息位点68个,GC含量为66.1%~73.4%;5.8sDNA序列长度为164bp,变异位点18个,简约信息位点9个,GC含量为54.1%~58.0%;根据变异位点,简约信息位点占总位点的比例可以看出,ITS序列比5.8sDNA序列变异程度高,其中ITS1序列又较ITS2序列变异丰富。属种间遗传距离表明芒属(Miscanthus)和荻属(Triarrhena)与甘蔗属(Saccharum)的亲缘关系最近,其次为蔗茅属(Erianthus)和河八王属(Narenga);而莠竹属(Microstegium)、大油芒属(Spodiopogon)、白茅属(Imperata)与甘蔗属亲缘关系较远。根据甘蔗近缘属种的NJ和MP系统发育关系,支持将斑茅(E.arundinaceus)归入蔗茅属,荻属归入芒属的观点;河八王属的河八王(N.porphyrocoma)与滇蔗茅(E.rockii)亲缘关系较近,而与同属的金猫尾(N.fallax)亲缘关系较远;蔗茅属和芒属属种系统进化关系较其他属种复杂;有4份材料被发现鉴定有误,不应用于后续研究。
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制糖企业物资库存管理系统设计
《甘蔗糖业 》 2009
摘要：本文分析了制糖企业物资库存管理工作存在的问题,结合企业的实际需求,提出了一个采用微机系统参与制糖企业物资库存管理的解决方案。
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水稻稻瘟病菌基因组中疏水蛋白的分布与聚类分析
《分子植物育种 》 2009 CSCD
摘要：病原菌中的疏水蛋白在病原菌与寄主植物互作的过程中起着重要的作用。本研究利用BLAST工具从NCBI数据库公布的58个疏水蛋白序列中筛选得到18条稻瘟病病原菌基因组中具有潜在疏水蛋白功能的ORF,选取其中的11条ORF设计特异引物,检测其在17个稻瘟病病原菌中的分布状况。同时,利用序列比对工具ClustalX和Mega3.0软件的邻接法,对筛选的58条已知疏水蛋白序列构建疏水蛋白的系统进化树。研究结果表明:经PCR检测,在11对引物中有4对引物高度专一且所得片断与预期大小基本一致,6对引物扩增不特异,1对引物扩增无特异条带。通过系统进化树分析得知,疏水蛋白间的平均分离度为0.62,筛选的58条疏水蛋白可分为两大类:ClusterⅠ和ClusterⅡ,分别与真菌疏水蛋白Ⅰ型和Ⅱ型相对应;所有的担子菌、稻瘟菌和绿僵菌中的疏水蛋白构成ClusterⅠ,其它真菌的疏水蛋白构成ClusterⅡ。本试验的研究将为进一步明确稻瘟病病原菌中的疏水蛋白分布状况,以及相关基因的功能验证奠定基础。
基于amy基因的中国野桑蚕遗传多样性及其与家蚕的系统发育关系
《昆虫学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：为探索中国野桑蚕Bombyx mandarina的遗传多样性及其与家蚕B.mori的系统发育关系,采用PCR产物直接测序法(少数样本克隆测序)获得34个家蚕和野桑蚕样本淀粉酶基因amy序列片段(715bp)。分析发现56个多态性位点,鉴定出28种单倍型(haplotype);核苷酸多样性π=0.01390±0.00103,单倍型多样度Hd=0.988±0.011。核苷酸不配对分析(mismatchan alysis)和Fu’sFs检测表明中国野桑蚕曾发生过种群扩张。分子方差分析(AMOVA)表明,遗野桑蚕传差异主要在种群内,种群间和地理组群间差异不显著。聚类树上34个样本聚为3枝/3蔟,野蚕和家蚕都不按地理区域或系统(类型)聚类,A枝由来自不同地区的野蚕和不同类型的家蚕混合构成,并且进一步分成3个亚枝,每一亚枝也同时包含家蚕和野蚕,B枝由3个家蚕和1个野蚕混合构成,C枝全部由来自不同地区的野蚕构成。网络分析没有发现"祖先单倍型"和优势单倍型。结果提示,淀粉酶基因是一个多态性丰富的分子标记,中国野桑蚕遗传多样性十分丰富,据此推测家蚕起源于多种生态类型混杂的野桑蚕。
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甘蔗糖厂短信服务系统的开发研究
《甘蔗糖业 》 2008
摘要：分析了我国甘蔗糖厂信息传递存在的主要问题,提出了开发甘蔗短信服务系统的解决方案,并从系统的原理、结构、功能及开发应用前景进行了阐述。
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番茄斑萎病毒属病毒的多样性
《云南农业大学学报 》 2007 CSCD
摘要：番茄斑萎病毒属(Tospovirus)病毒属于布尼亚病毒科(Bunyaviridae),是一类世界性分布的具有重要经济价值的植物病毒。到目前为止,该属已报道了至少28个Tospovirus病毒种或分离物,但少数分离物之间关系不清楚,甚至同种病毒的不同分离物被命名为两种不同的病毒。本文从种类、血清学、寄主范围、地理分布、传播介体以及核壳体蛋白基因(N)核甘酸序列及其推导的氨基酸序列的相似性等方面分析了所有分离物之间的关系,并通过N基因推导的氨基酸序列分析了Tospovirus病毒的遗传多样性,最后推测Tospovirus病毒起源于南亚及东南亚地区。
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